【分子动力学特训营】GROMACS：建模+MD+分析

顶刊收割机 · 公众号 · · 2024-10-14 08:18

正文

GROMACS每年发表文章10000篇+，在分子动力学领域的扛把子地位无可撼动。为让大家尽快了解和上手GROMACS，杨站长特此推出了这期GROMACS特训营！

本期主题： GROMACS建模 + MD + 分析！

本次特训营中，将包括GROMACS拓扑文件介绍，从根本上了解GROMACS，从而实现快速入门、多种建模方式和VMD展示模型！

特训收获

1. GROMACS快速入门；

2. PACKMOL建模和VMD展示；

3. 使用Materials Studio构建二氧化硅纳米孔道；

4. GROMACS拓扑文件构建；

5. 使用GROMACS模拟油塞在纳米孔道内的形成；

6. DNA在金属表面+葡萄糖在纳米管的吸附、解离、聚集；

7. RMSD、RMSF、RDF、SDF、MSD；

8. H-bonds 、 π-π 、 salt-bridge、密度、粘度、相互作用能。

依然免费！入群听课，直播+回放，互动答疑！

10月15日晚19:00 ，不见不散！

上课方式 ：添加下方微信好友，加入课程群，具体上课方式会在群内发布。

添加微信时备注 “GRO” 即可！

GROMACS是一款用于分子动力学模拟的高性能开源软件包，它适用于从笔记本电脑到超级计算机的各种硬件。它的优势在于其 高性能的计算能力 ，能够处理大规模生物分子系统；它 支持多种力场 ，适用于广泛的研究领域；具有出色的 可扩展性 ，可以很好地利用并行计算资源；以及拥有活跃的社区支持和丰富的 文档资源 ，便于用户学习和使用。

GROMACS在生物、医药、材料、化学等众多学科领域均有广泛的应用。 主要用来模拟蛋白质、脂质、核酸等生物大分子体系，也可以用于非生物体系模拟，如聚合物、有机溶液等。可调用多种势函数/力场，支持各种系综、粗粒化，能够实现对百万级原子分子体系的计算。并且基于算法上的优化，其计算效率很高。

GROMACS被广泛用于发表在顶级科学期刊的研究中，例如 Nature 、 Nat. Nanotechnol. 、 Nat. Commun. 、 Nat. Sustain. 、 J. Am. Chem. Soc. 、 Angew. Chem. Int. Edit. 、 Adv. Mater. 、 Bioinformatics 等。这些出版物证明了GROMACS在学术界的影响力和认可度。

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