MSA 格式转换：protein MSA to codon-based DNA MSA

之前讲了多序列比对 的分析步骤，简单描述了软件 mafft 的安装和使用方法。

由于同源序列随时间的演化，基因的某些位点特别是密码子第2位和3位，会发生分化。而密码子具有简并性，即多个密码子对应同一个氨基酸，这样，基于蛋白质序列的多序列比对会更准确一些，并且不会在 MSA 中引入移码突变（frame shifts）。所以我们常用氨基酸序列进行多序列比对。

而一些分析，如 kaks 分析，用更精确的模型构建系统发育树，则需要用到核苷酸水平的 MSA。

这里推荐使用的软件是 pal2nal（http://www.bork.embl-heidelberg.de/pal2nal/），可以将蛋白质水平的 MSA 转换成核苷酸水平的 MSA。

要求输入的文件：

1. 蛋白质序列的 MSA

2. 蛋白质序列对应的 cds 序列（即  cds 序列的长度是蛋白质序列的 3 倍，且两者的 id 号要一致）
   

pal2nal 的下载与安装

wget http://www.bork.embl-heidelberg.de/pal2nal/distribution/pal2nal.v14.tar.gz
tar -zxvf pal2nal.v14.tar.gz
export PATH=$PATH:'/home/liuhui/bin/pal2nal.v14' # 按实际情况改成自己计算机上的路径

运行

• 获取蛋白质序列的 MSA

  mafft-linsi HLA_DQB1.aa.fasta > HLA_DQB1.aa.mafft.fasta

• protein MSA to codon-based MSA

  perl pal2nal.pl 请到「今天看啥」查看全文 推荐文章 FM1007福建交通广播  ·  乌干达启动针对埃博拉病毒的疫苗试验 昨天 医学影像沙龙  ·  正常关节磁共振解剖图谱汇总... 昨天 蒲公英Ouryao  ·  2024年FDA批准的50个“创新药”（下载｜中英文翻译版完整报告） 3 天前 drpei  ·  过年回家发现父母会忘记小辈名字，这种程度需要担心吗？ 5 天前 丁香园  ·  面部长满「泥巴」8 年，越洗脸反而越严重，是怎么回事？ 5 天前 江门广播电视台  ·  【实用】她把这东西放在卧室，一夏天不被蚊子咬！不信你试试！ 7 年前 杭州日报  ·  超杭州40%!江苏一城市叫板杭州斑马线让行率!我们微微一笑很倾城… 7 年前 Foodaily每日食品  ·  哈根达斯推纯素冰淇淋，风味与口感毫不逊色 7 年前 齐网网络  ·  冻饺子这么煮，和新包的一样，很多人不知道！ 7 年前 正商听潮  ·  白岩松：任何一个单位，只要到了开始强调考勤、打卡的时候，一定是它走下坡路的时候 7 年前 Sov5搜索   ·   小百科   ·   今天看啥   ·   移动版 51好读 - 好文章就要读起来!