测序数据堆到Nucleic Acids Research

今天给大家介绍一篇RNA测序的文章，将6个时间点的mRNA–miRNA–circRNA的测序数据堆到一起，堆出一篇Nucleic Acids Research。本文的投稿日期：December 01, 2014，修回日期：February 02, 2015，接收日期：February 03, 2015，还算比较快。这篇文章研究的是苯并芘导致肝癌的机理。让我们先看看文章的结构。

“Experimental design”

本文的实验设计被单独拿出来，作为“RESULTS”的第一部分。

“RNA expressionlevels of BaP-exposed cells”

这一部分是mRNA测序数据，表达定量，差异筛选，GO，都是常规分析。本部分的后半部分充分展示了作者们强大的背景知识或文献积累，下面就直接落脚在某些重要基因上，对这些基因的表达变化趋势做了分析，如下图：

“Expression profleof mitochondrial genes”

除了上面部分提到的某些重要基因，作者引用文献中“苯并芘损伤线粒体”的报道，过渡到线粒体基因，并做了表达量分析，如下图，这部分内容比较少，仅仅一小段。

“Effect of BaP onmiRNA expression on HepG2 cells”

没有任何过渡或提示，直接进入miRNA测序的内容，这部分做了表达定量，差异筛选，和isomiR分析。只挑选了表达最高或变化最明显的几个miRNA，正文中只展示了一下，如下图：

“circRNA prediction”

同样的，没有任何过渡或提示，直接进入circRNA的内容。这部分主要是预测circRNA，文字挺多但干货很少，正文中没有图片和表格。

“Time seriesanalysis”

这部分是mRNAs, miRNAs和circRNAs在6个时间点的连续比较，筛选出了差异的mRNA和miRNA，做了GO。也没有干货，正文中没有图片和表格。

“miRNAs targetprediction for mRNA and circRNAs”

对差异的miRNA预测靶基因，也没有干货，正文中没有图片和表格。

“Case study:mir-181b, DNA repair genes and circRNA”

这一部分是本文的重点了，基于前面的差异miRNA及靶基因预测，发现了mir-181b家族，单独拿出来重点分析。对其靶基因做了GO，靶基因中差异表达的mRNA重点关注，发现了DNA repair genes相关的功能。重点中的重点是发现了MGMT这个靶基因，如下图：

circRNA没有明显变化，如图：

最后做了总结，发现了可能的致癌机制，如图：

整个文章没有测序数据常见的高大上的

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