hello呀我的老baby们。牛马限时回归大放送了。是不是好久没有看到我了，现在我确实没有做临床医生岗位了，但是也不重要，临床医生也不是我的宿命。有的人说你学了10多年的医生，你不干医生了，balabala，但是又能怎么样呢？此十年，彼十年，人生又有多少个十年？或许激流勇进是个褒义词，可以比喻一个人的斗志非常的厉害，说明他有上进心，但是激流勇退难道不是吗？这需要一定的思考。至于这种思考是什么样的，或许只有我自己才知道吧。好了，三言两语无法说出自己的选择，至于每个人的选择究竟是啥，我想还是应该由每个人自己来决定。只选你想做的，你喜欢的，至于撞不撞墙，再说，先去做，即使是一坨屎，但是至少开始了，不是么？
大家都知道我选择了新的行业，药学研究，所以呢，今天分享点和本专业相关的内容，就是如何进行molecular docking
经过我的摸索和总结，我把这个也总结出一个套路：查-变-接。
查：通过网站查询你感兴趣的药物，比如简单的例子，我举一个，陈皮，毕竟在广东来说这个很常见。
1.1 在tcmsp数据库查找到陈皮的数据结构和分子式
选择OB大于等于30%，DL≥0.18的化合物，至于为啥这么做，感兴趣的可以看看下面的这篇综述。↓↓↓
简单的举例子，在这个陈皮的药物中我们就选择一下，操作完之后是这样的。
才5个有效成分可以被我们应用。这个里面我们就选择第二个，很常见的一个东西：naringenin，他的中文名字叫做柚皮素，大家应该都听过吧，这个东西。就是点这个蓝色的柚皮素的字体就好了。然后注意一下我的下面这个图，一个方框一个圈↓↓↓
这里注意一下，一个是那个号码，这个号码挺关键的，因为在计算机领域，你可以根据这个号码得到这个SMILES，这个里面你点开看一下就知道了，这里面是一堆关于这个成分的结构的描述。找到下面的这个↓
这个就是这个陈皮中柚皮素的有效成分的SMILES号了，当然也有的有效成分不提取，这时候我们就要下载一下那个结构图形，然后去navopro网站进行查找，类似于这样的↓ https://www.novopro.cn/tools/
这里可以找到一个小工具
然后上传到我们刚才下载的分子结构图就可以了，得到了这个SMILES号：O=C1C[C@@H](c2ccc(O)cc2)Oc2cc(O)cc(O)c21其实跟前面的那个样子式一样的。得到这个之后，我们才完成了第一步，就是陈皮中有一个成分是柚皮素，但柚皮素中有哪些有效成分发挥作用呢？是不是还需要继续研究一下？于是我们可以在swissadme这个网站里面，输入刚才搞好的smiles号，↓↓ 然后点击RUN
搞好了之后发现是不是有很多内容，所以我们有两个评判标准，跟下图的圈圈一样，药代动力学这个地方得是high，就是你得是高发挥效用得，然后下面得药物相似性至少有两个以上得yes，想想看如果不满足这两个条件，那还做个毛线啊？
通过这种方式呢，可以知道总共有几个成分是有效的，还记得我们刚才选了5个，分别跑一下就知道了，但我懒得跑了。你们可以自己研究研究。至少我可以告诉你们，第二个就不行，他的药代动力学是low的。
这属于第一部的操作流程，先整理到这，当然了这只是第一步的第一步，因为找到了有效成分还不行，还要找到对应的基因吧？毕竟我们对基因比较熟悉。在哪里找呢，在下面的网站swisstargetpredication寻找基因。注意一下这个基因是这个有效成分的靶点基因啊。你要理解一下这个内容。
这一步骤是相对来说较慢的，等一会就会出现一个图，
然后把他下载下来，保存为excel格式。但是其实这里是有个问题的，因为这个基因很多，我在这里做了一个步骤就是用自己数据集取了差异基因。这样我缩小了很大的范围，鉴于是我们课题组自己的数据，我就不给大家展示了。总之就是可以画出来一个简单的韦恩图交集。然后准备工作做完了，我们就可以准备画图了。好了今天先分享这么多吧。后面等我慢慢的进行整理，太累了，疲惫不堪的学生狗。明天主要讲cytoscope软件的画图。okay，拜拜。
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