找差异分子案例实践——万能芯片数据分析（五）

以还原文献的GSE35306为例，是一个3 ICC, 7 HCC 和20cHCC-ICC数据集，采用的芯片型号是Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array。

在通过cel导入时GeneSpring无法识别这种芯片型号，即无法采用原始数据导入，如下图。所以同样要以矩阵文本的万能导入GeneSpring才能进行分析。

1. 首先要新建一个自制的平台型号。

2. 导入矩阵格式的文件。（记得下载的文件要把多余的标题删除，保持矩阵形式）

3. 导入平台注释文件。（记得下载的文件要把多余的标题删除，保持矩阵形式）

4. 文本格式调整，第二行设置为“。

5. 标题格式调整，默认即可。

6. 定义信号行，先输入GSM,再刷新下。

7．平台注释文件调整，默认即可。

8. 平台注释文件标题调整，默认即可。

9. 定义列的注释数据信息。通过下拉菜单把关联数据库相对应的起来。

10.这里根据注释文件信息选择下图三个注释列。

11. 回到新建实验页面，选择芯片平台为genenic single color，即选择自制芯片类型。

12．导入矩阵文件即可。

13. 由于GEO下载的矩阵文件已经是经过RMA算法标准化后取过对数了，无需做任何处理了。