如题,我们继续介绍“用好数据库,亲戚们再也不用担心我毕业”系列,前面已经介绍过三期:
有了这个数据库,我反手就是一批课题!
有了这个数据库,我顺手又是一批课题!
有了这个数据库,妈妈再也不用担心我的毕业!
下面我们介绍第四期,介绍的数据库是TRRUST v2,我们可以看到这是2.0版本,网址是:http://www.grnpedia.org/trrust/
TRRUST全称是Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining,即根据文献挖掘建立的转录调控关系,特别是转录因子。所以我们可以设计一批转录因子的课题。
下面开始介绍,可以从Search进行搜索,包括了两种模式:
既可以进行单个基因搜索,也可以进行多个基因,我们先看单个基因,以转录 因子FOXO3为例:
我们可以看到FOXO3的靶基因、调控关系和参考文献:
调节FOXO3的转录因子
与FOXO3有共同靶基因的转录因子:
FOXO3相关信号通路和疾病:
所以我们就可以先组合一个课题出来:
SIRT3-FOXO3-BIRC5信号轴在胃癌细胞凋亡中的功能和机制研究
当然,多个基因搜索功能可以找到共同调控某些基因的转录因子,比如给出的案例:
输入的33个基因是转录因子ESR1被干预后显著差异表达的基因,我们可以看到TRRUST v2共识别了33个基因中的12个,其中6个基因被识别到受到ESR1调控:
所以,这里有一个非常好用的用法,当你研究某个疾病找到很多差异基因的时候,可以把差异基因放进来进行预测,当这些基因共同富集到某个转录因子X,而X又在疾病显著表达的时候,你就可以提这样的假说了:
转录因子X通过调控差异基因和细胞表型参与疾病发生发展,当然,假说容易提,后面就要靠大家验证了。
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