看到棕榈酰化的SCI文章，我这博士生就深深自责！即使看完这重庆大学27.7分的SCI文章，就我这水平也做不了这么严谨……

棕榈酰化其实也算是近几年来比较热的研究方向，今天要看的这篇文章就是重庆大学肿瘤医院，发表在27.7分的Mol Cancer上的文章。虽然是一篇机制比较简单的棕榈酰化研究，但他们的这篇文章在验证的过程中，却有效地避免了肯定后件的逻辑谬误（ 肯定后件逻辑谬误是充分条件假言推理过程中常见的逻辑谬误，不清楚的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列 ），相对来说算是比较严谨的论证。我们就来看看他们都做了点什么吧：

要分析棕榈酰化，他们就是从ZDHHC家族开始的，ZDHHC是棕榈酰转移酶。他们首先分析的是HCC（肝细胞癌）中ZDHHC家族各个蛋白的表达情况，结果发现ZDHHC20的表达与HCC的预后负相关（ 这其实就是归纳法的研究，通过归纳法的米勒五法，将ZDHHC的表达与HCC的预后相关联，然后进一步分析棕榈酰化对于HCC的影响，不清楚归纳法和米勒五法的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《列文虎克读文献》 ）。接着他们构建了ZDHHC20缺失的小鼠，通过缺失ZDHHC20，来分析ZDHHC20对于化学诱导HCC的影响，结果发现ZDHHC20缺失后HCC形成也受到了抑制。这就更进一步确定了两者的关联性：

ZDHHC20的关键作用，在于对蛋白的棕榈酰化，那么ZDHHC20的底物可能才是导致HCC进展的关键。于是他们通过对ZDHHC20缺失后的蛋白棕榈酰化水平分析，他们发现脂肪酸代谢相关的蛋白棕榈酰化产生了变化。而这些脂肪酸代谢产生变化的蛋白中，有很多是mRNA本身就产生差异的。也就是说，这些mRNA就产生差异的潜在底物，可以不作为关键因素选择（ 这个假设的提出，大家一般都会觉得有点怪异，但为啥他们要选择mRNA表达差异不大的基因作为ZDHHC20底物呢？因为缺失ZDHHC20后，mRNA产生变化，那么造成蛋白棕榈酰化差异的，可能是由于表达差异导致的，看到了吧，假设的迭代其实就是在这些信息的综合分析下得出的，而假设的迭代也是推进课题进展的关键，不清楚假设迭代的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）于是他们选择了缺失ZDHHC20后mRNA表达没有差异的FASN作为了ZDHHC20的底物。他们发现ZDHHC20与FASN在细胞中存在共定位，并且有相互作用，同时ZDHHC20介导了FASN的棕榈酰化：

通过质谱，他们进一步分析得出了FASN具体被棕榈酰修饰的半胱氨酸，为了验证这一点，他们对这两个半胱氨酸位点，及C1471和C1881进行了突变，然后分析FASN棕榈酰化的情况（ 这里其实就是柯霍氏法则的验证，也就是去除某个因素，查看棕榈酰化表型的变化，而通过突变潜在的半胱氨酸，则能更有效地避免肯定后件的逻辑谬误，不清楚肯定后件逻辑谬误和柯霍氏法则的话，可以去看看《轻松的文献导读》和《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》 ），这里图上可以看到他们加了HAM（羟胺），这个是棕榈酰化验证ABE（酰基生物素交换）的方法，首先对未棕榈酰化的巯基位点通过不可逆的烷基化进行修饰，然后再用HAM去除半胱氨酸上棕榈酰化的巯基，最后用生物素交换进行检测的过程。可以看出突变了半胱氨酸位点C1471和C1881后，FASN的棕榈酰化降低了：

那么棕榈酰化为什么会影响FASN的蛋白表达差异呢（之前也确定了mRNA表达没差异）？他们使用了2-BP（棕榈酰化抑制剂）以及MG132（蛋白酶抑制剂）后发现，FASN在棕榈酰化修饰被抑制后，泛素化明显增多，蛋白降解增多。而这个过程和ZDHHC20有着密切关系：

于是他们就根据这个实验结果，迭代了假设，假设可能是由于FASN的棕榈酰化，竞争性抑制了FASN的泛素化，从而维持了FASN的稳定性（ 假设的迭代，就是通过已知的结果，以及可能性判断，对原有的假设进行更新的过程，通过假设的迭代，设计新的实验进行验证，从而才能推动课题不断地进展，不清楚假设和假设迭代的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。通过coIP的实验结果发现，FASN与ZDHHC20的结合，的确会阻止FASN与E3泛素化连接酶TRIM28和SNX8的结合，从而抑制FASN的泛素化降解：

而FASN的泛素化过程，收到了棕榈酰化的影响，于是他们就对FASN的C1471和C1881位点进行了突变，阻碍了FASN的棕榈酰化。通过这样的突变，FASN的稳定性明显下降，泛素化增加，导致了FASN的表达下降，在体外抑制了HCC的增殖和克隆形成：

最后就形成了这样的示意图，FASN通过ZDHHC20对其C1471和C1881位点的棕榈酰化，抑制了FASN与TRIM28和SNX8的结合，降低了FASN的泛素化降解，维持了FASN的稳定性，从而促进 了HCC的进展：

这篇文章有点就是明确了FASN的泛素化位点C1471和C1881，而最终通过这两个位点的突变，来分析棕榈酰化对于FASN稳定性，以及促进HCC进展表型的影响（ 这其实就是将验证的命题的概念锁定在了FASN的C1471和C1881位点的棕榈酰化，对于HCC表型的影响，而不是将外延扩大到ZDHHC20或是FASN的表达上，也就避免了肯定后件的逻辑谬误，不清楚概念的外延和内涵，以及肯定后件逻辑谬误的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《信号通路是什么鬼？》系列 ），总的来说这篇文章做得还是不错的，逻辑上也都在线，要是再补充一点动物体内实验的话，可能就更好了。好了，今天就先策到这里吧，有兴趣的话，可以看看原文，祝你们心明眼亮。

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