一般业务能力精湛的医生通常会被任命为科主任。成为科主任之后，他们与院长的目标又时常不一致。科主任更多站在自己科室的角度思考，希望科室获得更多资源；而一个医院有十几个、甚至几十个科室和部门，院长要从全院的整体情况来考虑每个科室的发展。
一个医院管理得好不好，临床学科发展的好不好，战略很重要。但是最重要的并不是战略，而是执行。有时候，临床做得好的科主任管理不一定做得好。那么，院长如何用好科主任这张“大牌”？可从三个方面来看。
1.从周期科室管理的主要目标、任务完成情况来进行判断。
医院对科室都会有定期的工作目标与任务，这些指标与目标大多是可量化的，有对比的工作目标体系。院长和医院主要应从上述内容对各科周期工作进行评价和对比，这其中要注意的问题是尽可能要避免“鞭打快牛”的现象，否则往往会让先进感觉不公平、不合理。
医院管理其实也和社会管理一样，总是有些地区贡献大，有些地区贡献小，有些地区感觉合理，有些地区感觉不合理，这是与评价者所处的位置、所站的角度有关联的。可能并非是领导者对管理对象的好恶。
当然，科主任应当高度重视周期科室管理的目标、任务的完成，这是科主任最基本的管理职责，很难想象一位好的科主任工作目标和任务却完成不好，这是不对称、不均衡的表现。也就是说，好的科主任首先应当完成工作目标和任务。
2.从重点工作和重要工作任务完成情况来进行判断。
医院和科室管理工作的每一阶段都会有一些标志性工作或核心性工作，需要保质保量保期来完成。这些工作所占的比重高、影响大，具有非常重要的意义，有时完成了很多一般性工作，也不如完成一项重点工作意义重大。这需要科主任具有一定的战略眼光，能从繁忙的事务性工作中筛选出重点，并且合理地将管理精力放在重点工作上。
重点工作任务的完成情况是科主任周期管理工作的核心，它主要表现为学科建设的情况、人才培养的情况、新技术新项目的开展情况以及一些医疗质量管理、医院经济管理和医保政策执行的情况，还有上级的重要指示完成情况等。
3.从危机状况和应急公关的情况来进行判断。
医院和科室的运行与发展都会有机遇和危机，要从科室的摆脱危机和抢抓机遇的应急能力上来进行科室管理的业绩判断。
