空间转录组学（Spatial Transcriptomics）技术近年来飞速发展，凭借其“基因表达+空间定位”的双重优势，成为解析组织微环境、探索细胞间相互作用和疾病发生发展机制的重要工具。然而，面对市场上琳琅满目的产品（如10x Genomics的Visium FF、CytAssist、HD和Xenium以及华大的Stereo-seq），它们都各自有哪些特点？如何根据我们的样本特性和研究目标选择最合适的技术？本文将从分辨率、样本类型、物种兼容性等核心维度，为您详细梳理空间转录组平台选择逻辑！
1. Visium FF
[1]
：科研界的“万金油”
核心优势：
适用
全物种
（动植物通吃），技术成熟，发文量（占比70%+）和项目经验最多。
短板：
分辨率低（100 μm），每个spot覆盖多个细胞。
适用场景：
新鲜冷冻（FF）样本、动植物器官发育全景扫描、肿瘤微环境初筛。
2. Visium CytAssist：临床样本的“救星”
核心优势：
兼容福尔马林固定石蜡包埋（
FFPE
）样本，无需组织优化，人和小鼠全转录组分析。
短板：
分辨率低（100 μm），物种仅限人和小鼠。
适用场景：
无法获取新鲜样本的临床研究，对分辨率要求不高的课题。
核心优势：
单细胞分辨率（
2 μm
），连续无间隙捕获。
短板：
基因检测依赖探针设计，物种仅限人和小鼠。
适用场景：
精细解剖结构研究（如脑区划分、肿瘤异质性研究）。
2. Stereo-seq
[2-3]
：生物组织的“超清扫描仪”
核心优势：
亚细胞分辨率（
0.5 μm
），适用物种广泛（人、动植物、微生物等），可定制芯片尺寸。
短板：
项目经验和发文量相对较少。
适用场景：
非模式物种研究、动植物器官空间图谱构建、宿主-微生物互作。
3. Xenium
[4]
：靶向验证的“狙击枪”
核心优势：
亚细胞级分辨率（
0.2 μm
），基于成像技术，灵敏度和特异性高，可定制基因组合。
短板：
靶基因需预先设计，成本较高。
适用场景：
关键基因的高精度空间验证（如肿瘤标志物研究、药物靶点验证）。
表1 空间转录组不同平台比较
低分辨率需求：
FF样本 → Visium FF
FFPE样本 → Visium CytAssist
高分辨率需求：
探索性研究 → Visium HD（连续组织覆盖）或 Stereo-seq（更大捕获区域）
靶向验证 → Xenium（定制基因组合，亚细胞定位）
低分辨率需求 → Visium FF
高分辨率需求 → Stereo-seq
靶向分析 → Xenium（需物种注释完整）
大组织全景分析 → Stereo-seq（可定制芯片尺寸，厘米级视场）
多模态数据整合 → Xenium（支持同切片H&E/IF染色）
微生物互作研究 → Stereo-seq FFPE（同时捕获宿主和微生物RNA）
空间转录组的实验难度大、数据分析复杂，因此，在选择好合适的研究平台后，接着最重要的便是选择一家靠谱的测序公司。目前，基迪奥已完成
191个空间转录组项目
的数据交付，覆盖
43个物种，194种组织
，从低分辨率的Visium FF和CytAssist平台到高分辨率的Visium HD和Stereo-seq平台都均具备成熟经验。
在物种类型方面，除了医学类的人和小鼠外，农学类的如植物、水产、禽畜类等项目也信手拈来（图1）。
图1 基迪奥空间转录组物种经验
空间转录组从组织切片、染色到组织透化和表达的过程直接关系到实验的成功与否，经过多年潜心研发与经验总结，基迪奥不仅已具备大量物种经验，而且创建了动植物组织优化标准体系，提供高质量的实验和分析数据。目前，基迪奥已有
人鼠151种组织
的项目经验，比如脑、肺、肝脏、睾丸、卵巢等（表2）。
此外，基迪奥在农学领域不同的物种类型中也有丰富的项目经验。比如禽畜类的猪、羊、鸡等；水产类的鲤鱼、青鳉等；以及植物如大豆种子、小麦籽粒等难以制备组织切片的样本。
表2 基迪奥空间转录组组织经验汇总（持续增加中）
