专栏名称: VG生信软件
国内首家从事Windows平台、可视化生物信息学桌面软件开发的公司。致力于提供领先的生物信息学软件产品和系统服务。产品和业务包括:微生物多样性分析软件、转录组分析软件、重测序分析软件、细菌基因组分析系统。
目录
相关文章推荐
蔚来  ·  Tech Talk | ... ·  3 天前  
中国土木工程集团有限公司  ·  青春中土|大干一百天,奏响青春奋进最强音② ·  3 天前  
小米汽车  ·  小米汽车答网友问(第九十五集) ·  4 天前  
高工智能汽车  ·  倒计时4天!16家智能汽车产业链头部玩家,太 ... ·  5 天前  
农业守望者  ·  小麦“一夜反转”,最高价格1.515元,要大 ... ·  1 周前  
51好读  ›  专栏  ›  VG生信软件

Trinity(无参)

VG生信软件  · 公众号  ·  · 2017-07-14 17:11

正文

step1.Inchworm

  1. 分解测序reads,构建k-mer字典

  2. 从k-mer字典中移除error-containing k-mer

  3. 选择seed k-mer

  4. seed k-mer延伸,构成contig

  5. 重复seed selection和bidirectional k-mer extension直到k-mer字典耗尽

  6. 过滤contig

step2.Chrysalis

   1. 将contigs组合成connected components

   2.将每个component构成一个de Bruijn graph

   3.reads回比

   4.过滤

step3.Butterfly

   1.图形化简

   2.解图,确定转录本序列


Trinity参数

Trinity示例

Trinity拼接结果解读