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验证过的microRNA靶基因哪里看？

弗雷赛斯 · 公众号 · 科研 · 2017-07-07 22:58

正文

今天，亲爱的师妹很烦恼，实验室测序了一个样品，公司发回来一个列表，上面是一堆microRAN,老板希望知道这些microRAN已经被验证过的功能，然后可怜的师妹就开始在pubmed里搜文献，最后发现每一个microRNA都有好几页的靶基因，顿时崩溃了。。。。

师妹不懂啥R语言，怎么教他个简（tou）单（lan）的方法完成老板的任务呢？！

首先我们要知道：miRNA是非编码的，所以要知道其功能，需要先知道其靶基因，而目前靶基因有2种来源，一类是通过实验做出来的，可以从 miRTarBase和TarBase 获得，这类数据库是通过整理发表文献而来，假阳性低但有实验偏好的差异。另一类是通过算法预测的，这样的数据库和算法有很多，比如 TargetScan, miranda, PicTar 等等，但毕竟是通过特点预测的，假阳性率就非常高。所以有人建议整合多个靶基因预测数据库会显著降低假阳性率，整合数据库如 mirDIP 等。

在通过以上方法获得靶基因后，就可以用之前我们提到的很多方法，经典的是寻找差异分子案例实践——富集分析上（七）寻找差异分子案例实践——富集分析下（八）把靶基因富集到相应的功能通路上，那些通路上有越多的基因在上面，越说明这个样品有可能是在这条通路上起作用，并具有该功能！

师妹实在不想查文献，那就用 miRTarBase和TarBase 吧，两者都直接整合了文献已经证明的靶基因（包括qPCR、Western blot、Reporter assay等方法）。

以miRTarBase做个简单介绍， miRTaebase是台湾同胞搞的一个专门收集有实验证据支持microRNA及其靶基因间关系的数据库。目前更新到 2015年9月 。

靶基因可以根据实际需求多种方式进行检索：

1.以microRNA名字，人性化的是可以以 miRNA Family的形式，你懂得，像Let7，真TMD有的太多了。