10分的SCI也并非都讲了什么高大上的故事,甚至有的文章就完整性而言都还有些欠缺。今天讲的这篇文章就是一个例子,这篇文章是华中科技大学的博士生,发表在10.3分的J Immunother Cancer上的文章,讲的是Treg细胞的乳酰化。整篇文章,在论证的过程中,就是因为没有明确所论证命题中各个概念的内涵和外延,导致了很多无效的论证(
科研的推理过程中,论证的其实是一个个命题,而命题中的关键就是概念,概念又是由内涵和外延所组成的,由于概念的外延和内涵的不明确,就会导致很多不必要的逻辑谬误,不清楚科研推理,以及命题和概念的内涵、外延,或者逻辑谬误的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼?》系列
)。我们就来看看他们这篇文章,都做了哪些验证吧:
他们研究的是MPE(恶性胸腔积液)中的Treg,Treg细胞大家都熟悉,就是对免疫产生抑制的细胞。对于MPE中的Treg细胞而言,他们发现高表达TNFR2的Treg细胞,会在MPE中表现出更强的免疫抑制功能
。而在MPE中,也发现有大量的LA(乳酸)含量:
而乳酸的浓度,与Treg细胞中TNFR2的表达成正比(
这里其实是归纳法中,米勒五法的共变法验证,通过改变乳酸浓度,观察TNFR2的表达变化,这里我们可以看到,他们试图将乳酰化和TNFR2的表达串联起来,不清楚归纳法和米勒五法的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》和《列文虎克读文献》
)。
为了验证乳酸的功能,他们使用抗TNFR2抗体,以及摄入乳酸的MCT1的抑制剂,来进行分析。这个步骤实际上是无效验证,通过抑制TNFR2或者抑制乳酸摄入,查看Treg细胞的表型变化,无法证明乳酸是通过TNFR2起到作用的(
这就是由于“乳酸导致的Treg细胞表型变化”和“TNFR2导致的Treg细胞表型变化”这俩概念外延不同,在这里通过抑制表达,或者抑制乳酸摄入,无法将两者的具体机制体现出来,就造成了中项不周延的逻辑谬误,不清楚的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》
):
乳酸增多,他们就提出了新的假设,假设乳酸会造成乳酰化影响。而他们并没有直接去分析组蛋白乳酰化对于TNFR2的表达造成的影响,而是越过了一级,去分析可能参与TNFR2的转录因子,可能的乳酰化变化。从中找出了NFκB信号通路中的p65(
NFκB信号通路中的p65是和p50结合,磷酸化后入核启动转录的,对于NFκB信号通路来说,p65这个转录因子是十分关键的因子,不清楚NFκB信号通路的话,可以去看看《信号通路是什么鬼?》系列
)。这一部分假设迭代,显得有些突兀了,他们使用了PMA激活p65,或者用鱼藤酮刺激乳酸产生,用这些手段来说明p65的乳酰化导致TNFR2的表达增加,这其实又是一次无效的验证:
这里如果想要验证p65的乳酰化是TNFR2转录激活的关键,实验设计根本不是这么草率的抑制剂或者促进剂。应该是利用CRISPR系统,特异性地清除p65启动子区域的H3K18组蛋白赖氨酸乳酰化,然后分析乳酸过量后,对于TNFR2的影响(
这样才能把所验证的命题中概念的外延缩小在“p65启动子区域的H3K18组蛋白赖氨酸乳酰化”上,缩小了外延后的验证,才是有效的,不清楚概念的外延和内涵的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》
)。
验证到这里,其实就他们已经得到结果而言,并不是特别有说服力,表示抑制乳酸代谢就可以通过影响TNFR2的表达,减轻Treg细胞的免疫抑制,增强对MPE的ICB(免疫检查点阻断)治疗的反应。这里也对也不对,对的是抑制乳酸代谢的确能减轻MPE的免疫抑制,同时增强对ICB治疗的敏感性。而问题在于,这个实验并不能证明乳酸是通过TNFR2达到的这个效果:
按照这个的思路,画出来的示意图差不多就是这样的,乳酸通过MCT1摄入Treg细胞后,促进了p65的组蛋白H3K18乳酰化,引发了p65表达增加,从而促进了TNFR2的表达,导致了Treg细胞的免疫抑制增加:
如果大家有认真思考过,应该不会得到这样的结论。虽然抑制乳酸代谢可能是有一定的临床作用,但其间的机制却又有很多漏洞没有办法说明。这可能是参考了所谓的“科研套路”进行设计的(
所谓的“科研套路”,表面光鲜,仿佛是让人掌握了一个什么捷径,但实际上就是一个欠拟合的模型,存在逻辑谬误的概率被大大提高了,不清楚科研逻辑和科研套路的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》
)。好了,今天就先策到这里吧,有兴趣的话可以去看看原文,祝你们心明眼亮。
喜欢夏老师讲文献
的话,
可以点点星标,点点赞,点点“在看
”,多分享多转发。
目前夏老师已正式出版11本书,想要的可直接点以下微店小程序直接购买: