TACO：多样本转录本组装的利器

对于RNA-seq来说，获得转录本的结构与丰度是很关键的。新工具TACO采用新颖的change-point探测法来区分转录起点和终点，大幅提高了转录本组装的精度。目前，人和小鼠等多种参考基因组的注释都不完整，TACO（Transcriptome Assemblies Combined into One）是发现新的isoform和新基因的好工具。TACO还能很容易的嵌入其他分析流程。

TACO组装转录本的流程

第一，  各个样本的reads分别map到基因组上（如STAR软件）。

第二，  各个样本分别组装转录本，产生GTF文件（如StringTie软件）。

第三，  TACO将上述多个样本的GTF文件进行合并，输出一个GTF文件。其实，TACO的作用类似于HISAT+StringTie+Ballgown套餐中的StringTie–merge。

TACO的命令

第一步，转录本组装

./taco_run

注意，gtf_files.txt里面包含着ab initio assembler软件（如StringTie）产生的gtf文件及文件路径，每行一个gtf文件。格式如下，

/path/to/my/assemblies/mcf7.gtf

/path/to/my/assemblies/bt474.gtf

/path/to/my/assemblies/hela.gtf

第二步，与reference比较

./taco_ref_comp -o -r -t --cpat (optionalflag to run coding potential prediction)

TACO与Cuffmerge/StringTie的比较

当样本较少的时候（少于10个），TACO与Cuffmerge/StringTie在敏感性（Recall）、精确度（precision）和调和平均数（F-measure：harmonicmean of precision and recall）三个指标上十分接近；然而，当样本量较大，尤其是多余50个样本时，TACO的优势就很明显了。

举个例子

没有对比就没有伤害，50，100，500，随着样本量的增多，TACO组装转录本的准确性越发明显。遥遥领先另外两个软件。

该文章能发在Nature Methods上，也说明了TACO是个不错的工具。

TACO produces robust multi-sample transcriptome assemblies from RNA-seq. Nature methods. 2017;14(1):68-70.