“泥丸九真皆有房，方圆一寸处此中”“九原之山何亭亭，中有真人可使令”。
记曰：“不灭之道，存思泥丸九真”，并谓“脑有九辨，房有一寸”。九真为：高真、天真、神真、上真、玄真、仙真、虚真、太真、至真。
“头中有九宫：两眉间上却入一寸为明堂宫，却入二寸为洞房宫，却入三寸为丹田宫，却入四寸为流珠宫，却入五寸为玉帝宫；
明堂上一寸为天庭宫，洞房上一寸为极真宫，丹田上一寸为玄丹宫，流珠上一寸为太皇宫。”
“头有九宫，上应九天，中间一宫，谓之泥丸，亦曰黄庭、又曰昆仑、又名天谷，其名颇多。”泥丸宫即上丹田宫。居九宫之中央。近于泥丸宫之四宫，称为四方，远于泥丸宫之边缘区域称为四隅。
道家对泥丸宫之称颇多，有天脑、黄庭、昆仑、天谷等几十种之称。又有一说：泥丸宫有上元真君居之。上元真君古代医籍中多称为泥丸君，亦有称之太乙帝君、太乙元真者。今多称元神和脑神。如张景岳《类经》注道：“人之脑为髓海，是谓上丹田，太乙帝君所居。”所谓“太乙”，即一身之祖宫，位居至尊无尚，是诸阳之会，万神总会之都。《修真十书》云：“天脑者，一身之宗，百神之会，道合太玄，故曰泥丸。”
《道枢.平都篇》亦云：“天脑者，一身之灵也，百神之命窟，津液之山源，魂精之玉室也。夫能脑中园虚以灌真，万空真立，千孔生烟，德备天地，洞同大方，故曰泥丸。泥丸者，形之上神也。”九宫虽各有神君居之，又各自司命，然均听命于泥丸君。泥丸君统帅诸神。
“太乙帝君在头，曰泥丸君，总众神也。照生识神，人之魂也。司命处心，纳生之也。元英居左，制三魂也。白元居右，构三魄也。桃核住脐，深精根也。照诸百节。生百神也。所以周身不空也。文气入鼻，灌泥丸也。所以神形固安也。运动住止，关其心也。所以谓生由然也。”各宫神君，上下左右互用而相应，均在泥丸神君统一协调下发挥整体神明之德。
《指玄篇.修仙辨惑论》称泥丸君在人之机体生命活动中有至关重要作用，故《云笈七签.元气论》把它与人体健康联系在一起：“脑实则神全，神全则气全，气全则形全，形全则百关调于内，八邪消于外。”把泥丸宫与生死联系在一起，故曰：“中间一宫，谓之泥丸。乃元神所住之宫，其空如谷，而神居之，故曰谷神。神存则健，神去则死，日则接于物，夜则接于梦，神不能安其居也。”
正因为泥丸宫有神所居，真气存于内，为人生命中枢，所以《素问·刺禁论篇》强调指出：“刺脑，中脑户，入脑立死。”现代医学称脑死亡才是生命真正终结。
泥丸君与各神君之所以能发挥神明作用，还有下列两个原因：
一为泥丸与全身百节相通。
《黄庭经医疏 · 至道章 · 第七疏注》“至道不烦存决真，泥丸百节皆有神”时云：“在这一大泥丸之中，其中不同节度，皆能与全身各部的神气息息相通。”
各脏腑之神气通过“息息相通”之路，上朝泥丸，同时，泥丸之神明又能通过“息息相通”之路，下行脏腑和各节度，从而形成上通下达之传达通路，而效神明之德。
二为泥丸与肾气相通。
《道枢·黄庭篇》云：“肾者，其左少阴，其右太阳，上通诸气，常随呼吸而出焉，内灌于生门，上入于泥丸，上下流通，如日月之运行。心之动静、呼吸、心宫常存诸也。气者出入于下丹田，流注于身。”
从而形成肾→脑→肾→全身神气之路，以致肾气随呼吸出入，上朝于脑，使脑效其神明之德。
松果体位于人脑百会穴之下，双眉之间，印堂之后深处，西医言松果体，道家言天眼。丹功有成者每日以气温养之，久而能视人身之气，人有五脏六腑，各属五行，开窍于五官，气华于面，因此能望其表而知其里，气机交感，因此能望其色而断其病。古时的神职人员常在头冠上对应松果体的部位镶嵌较大颗粒的宝石，进行占卜等仪式时，会让光线射向印堂或眉心天灵等处，皆指向松果体；眉心一直被当作精神力集中的地方，当人遇厄运时会称其人印堂发黑。
据现代科学研究表明：
松果体掌管人体的生理时钟。松果体在维持人类睡眠的正常运作中扮演着重要的角色 , 它会在适当的时候分泌一种称为 “褪黑激素”的神秘荷尔蒙。“褪黑激素”分泌多的时候，人们自然就会想睡觉，而“褪黑激素”分泌少的时候，人们就会醒过来。
松果体是人体的第三只眼睛，说人体有第三只眼睛，似乎是不可思议。其实，生物学家早就发现，早已绝灭的古代动物头骨上有一个洞。起初生物学家对此迷惑不解，后来证实这正是第三只眼睛的眼框。
研究表明，不论是飞禽走兽，还是蛙鱼龟蛇，甚至人类的祖先，都曾有过第三只眼睛。只不过随着生物的进化，这第三只眼睛逐渐从颅骨外移到了脑内，成了“隐秘的”第三只眼。
尽管松果体移入了黑洞洞的颅腔内，不能直接观察五光十色的大千世界，但由于它曾经执行过人类第三只眼晴的功能，凭着它原来的功能，仍然能感受光的信号并作出反应。
例如人们在阳光明媚的日子里会感到心情舒畅、精力充沛、睡眠减少。
反之，遇到细雨连绵的阴霾天气则会情绪低沉、郁郁寡欢、常思睡眠。这一现象正是松果体功能所起的作用。
因为松果体细胞内含有丰富的化学物质，它在特殊酶的作用下转变为褪黑激素，这是松果体分泌的一种激素。研究者发现，褪黑激素的分泌受到光照的制约。当强光照射时，褪黑激素分泌减少；在暗光下褪黑激素分泌增加。而人体内褪黑激素多时会心情压抑，反之，人体内的褪黑激素少时则“人逢喜事精神爽”。由此看来，人的情绪受光的影响就不足为奇了。
松果体又是人体的调控中心，曰：“生物钟”。
由于褪黑激素的分泌受光照和黑暗的调节，因此，昼夜周期中光照与黑暗的周期性交替就会引起褪黑激素的分泌量相应地出现昼夜周期性变化。实验证实，褪黑激素在血浆中的浓度白昼降低，夜晚升高。松果体通过褪黑激素的这种昼夜分泌周期，向中枢神经系统发放“时间信号”，转而引发若干与时间或年龄有关的“生物钟”现象。如人类的睡眠与觉醒、月经周期中的排卵以及青春期的到来。
人体的智力“生物钟”以33为周期进行运转，情绪“生物钟”为28天，体力“生物钟”为23天。
这三大生物钟的调拨也是由松果体来执行的褪黑激素具有抑制生殖腺发育的效应，主要是通过抑制垂体促性腺激素而间接影响生殖腺的活动。
近年研究报道，褪黑激素的合成分泌不足，可能会引起睡眠紊乱、情感障碍、肿瘤发生等。经予外源性褪黑激素，可见其具有抗紧张、抗高血压、抗衰老、抗肿瘤、增强免疫力和促进睡眠等效应。
