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宏基因组与宏蛋白质组联合,带动绿色能源开发

VG生信软件  · 公众号  ·  · 2018-05-03 17:30

正文

由于受到很多测序、分析等技术方面的限制,在寻找新的细菌催化剂方面一直止步不前。然后,多组学技术被应用环境领域的研究中,大大加快了基础研究的进程,为环境治理和经济发展提供了有力的理论依据。

多组学的应用期间,很多的研究流程及方法值得我们借鉴,比如下面这篇文章。研究者将宏基因组和宏蛋白质组结合使用,建立了一种简单的工作流,成功在环境样本中发现了多个能够分解食用油的细菌催化剂,并对其催化活性进行了验证。



标题:Simple discovery of bacterial biocatalysts from environmental samples

through functional metaproteomics (通过宏蛋白质组学技术在环境样本中发现细菌生物催化剂)

网址:https://link.springer.com/article/10.1186%2Fs40168-017-0247-9

期刊名称:《Microbiome》  IF:8.496

发表时间:2017年5月

样本类型:土壤中分离出的菌群

技术手段:宏基因组、宏蛋白质组、基因克隆


1.取食用油污染严重地的土壤,以食用油作为惟一的碳源进行培养,达到富集分解食用油的菌体的效果,并收集菌体进行宏基因组测序;

2.收集的菌体提取蛋白,通过2D凝胶电泳分离,然后利用pMUB(带有荧光标记的脂肪酶底物)进行胶内脂肪酶分解测试,找到了14个具有分解活性的蛋白点,其中ML-005是未报道过的蛋白;

3.将ML-005进行了基因克隆,在大肠杆菌体内进行了表达并对其分解脂肪能力进行了验证。







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