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bioRxiv:萝芙木中利血平生物合成途径的阐明

synbio深波  · 公众号  ·  · 2025-02-16 20:08

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利血平(Reserpine)是一种结构复杂的单萜吲哚生物碱(MIAs),具有多种药理活性,已作为抗高血压和抗精神病药物等治疗应用。其复杂结构激发了一代又一代合成化学家的广泛研究,并成功开发了多种创新合成策略。尽管如此,自然界组装这一复杂分子的生物合成逻辑仍然难以捉摸。
图1 | 利血平的结构特征、合成历史和生物合成途径
近日, 中科院深圳先进院合成所江寅迪研究团队 bioRxiv 在线发表了研究论文 Elucidation of the biosynthetic pathway of reserpine ,通过整合转录组挖掘、异源表达等方法,解码了萝芙木中利血平的生物合成途径,并成功重构了利血平生物合成中的关键中间体Rauvomitorine G。该研究促进了对复杂生物碱生物合成的理解,揭示了利血平生物合成的酶促逻辑,并为复杂分子支架的选择性功能化提供了重要的生物催化工具。
图2 | 萝芙木中利血平的生物合成途径
通过异胡豆苷途径合成α-育亨宾
研究首先探讨了α-育亨宾( α-Yohimbine, 2 )的生物合成途径,特别是其通过异胡豆苷(Strictosidine, 1 )途径转化为3-表-α-育亨宾(3-Epi-a-yohimbine, 4 )。利血平的β-构型与大多数MIAs的α-构型不同,而Vincoside和长春花甙内酰胺的β-构型提示Vincoside可能是利血平的前体,但具体转化过程未明。异胡豆苷是MIAs的共同前体,由异胡豆苷合成酶(STR)合成,经异胡豆苷葡萄糖苷酶(SGD)去糖基化后生成反应性亚胺中间体,进一步转化为多种吲哚生物碱。因此,研究提出了两种可能的生物合成途径:途径A通过未鉴定的SGD和MDR将Vincoside转化为 4 ;途径B则通过STR、SGD和YOS酶将异胡豆苷转化为 2 ,再通过差向异构酶将 2 的C-3位置翻转为 4
为了验证途径A ,研究化学合成了异胡豆苷和Vincoside的混合物,并在萝芙木转录组中鉴定出可能的Vincoside去糖基化候选基因,实验表明Vincoside不是 4 的来源。随后,研究通过在植物体内重构 2 来探索途径B。实验表明,共表达RvYOS、CrSTR和RvSGD的系统成功产生了 2 2a 。尽管RvYOS生成了 2 ,但由于缺乏产物特异性,研究未能找到特异性生成 2 的酶,因此后续实验使用了 2 的化学标准品。
图3 | 参与 α-育亨宾差向异构化的酶的鉴定和表征
α-育亨宾的酶促差向异构化
研究接着探讨了 2 4 的酶促差向异构化,假设该过程涉及 2 氧化为亚胺中间体3-脱氢-α-育亨宾(3-Dehydro-a-yohimbine, 3 ),再还原生成 4 。研究在萝芙木转录组中鉴定出了α-育亨宾氧化酶(RvYOO),它能将 2 氧化为 3 。进一步通过3-脱氢-α-育亨宾还原酶(RvDYR)催化 3 生成 4 ,表明 RvDYR 酶对 C3β 立体选择性的偏好。
体专一性C18羟基化建立E环中第五个手性中心
在利血平生物合成的下一阶段中,涉及在C11和C18位置的两次羟基化以及在O11和O17位置的两次甲基化。从萝芙木中分离出的18β-羟基-3-表-α-育亨宾(18β-Hydroxy-3-epi-a-yohimbine, 5 )和Rauvomitorine G( 9 )表明,C18位置的立体专一性羟基化先于C11位置的甲氧基化。由于缺乏已知的C18羟化酶,研究通过共表达分析策略,以RvDYR1为诱饵,基于上游生物合成基因表达模式的相似性和高相关性筛选出了30个P450酶进行功能鉴定。
图4 | 发现和表征负责C11和C18羟基化和O甲基化的酶
瞬时表达RvCYP71D820在烟草中产生了预期的羟基化产物,并通过酵母微粒体组分验证。质谱分析确认羟基化发生在吲哚环外,产物身份通过化学合成标准品验证。这些结果确立了RvCYP71D820是负责 4 的立体专一性C18羟基化的酶,完成了利血平E环中五个连续手性中心的构建
酶促晚期甲氧基化
研究接着寻找负责化合物 5 的C11甲氧基化的氧化酶和甲基转移酶。通过共表达分析策略,筛选出了与RvDYR1共表达的P450候选基因。其中,RvCYP72A270与RvCYP71D820共表达在烟草中产生了与合成的11,18β-二羟基-3-表-α-育亨宾(11, 18β-Hydroxy-3-epi-a-yohimbine, 6 )共洗脱的产物。进一步筛选发现,只有Rv11OMT能催化 6 形成 9 。最后,RvCYP71D820、RvCYP72A270和Rv11OMT的共表达成功产生了 9 ,证实了这些酶在途径中的顺序活性。
分支途径
在RvCYP72A270和RvCYP71D820共表达时,研究观察到一个与化合物 5 具有相同质量但保留时间不同的小峰。MS/MS分析表明吲哚环上发生了羟基化。因此,研究提出RvCYP72A270也可能氧化4形成11-羟基-3-表-α-育亨宾(11-Hydroxy-3-epi-a-yohimbine, 7 )。在烟草中表达RvCYP72A270并处理 4 后检测到 7 ,证实了这一假设。基于Rv11OMT已知能甲基化 6 的C11羟基,研究接着探索了其对 7 的活性。RvCYP72A270和Rv11OMT共表达产生了对应甲氧基衍生物( 8 )的产物峰。这些发现表明从 4 9 可能存在一个分支途径,增加了生物合成途径的复杂性。
剩余生物合成步骤
根据研究的生物合成假设,下一步是 9 的C17羟基O-甲基化以产生利血平酸甲酯(Reserpic acid methyl ester, 10 )。尽管研究尝试通过共表达分析鉴定相关的C17O-甲基转移酶,但未发现具有此活性的候选酶。这可能与 9 中C17羟基的高pKa值有关,使其不易形成适合甲基化的氧阴离子。
最后一步是将TMB基团转移到 10 上,研究推测这一过程可能涉及UGT和SCPL酶的催化。研究鉴定了能够催化TMBA糖基化的UGT酶,但在SCPL介导的酰化步骤中,尽管共表达了多个候选基因,仍未检测到利血平的形成。这可能是由于SCPL酶在异源宿主中翻译后修饰的复杂性。这些步骤的挑战表明,可能需要优化表达条件或使用更接近天然细胞环境的表达系统。
Rauvomitorine G的重建
在烟草中重建Rauvomitorine G( 9 )时,研究过表达了从STR到Rv11OMT的八个基因,并添加色胺和裂环马钱子苷作为底物。LC-MS分析显示,仅检测到微量的 3 4 5 9 9 的生产效率可能因生物合成途径过长和某些酶(特别是RvYOS)的低效而受到显著影响。
图5 | Rauvomitorine G生物合成的重建
为了更好地验证整个途径,研究将途径分为两段分别验证:从色胺和裂环马钱子苷到 2 的第一段,以及从 2 9 的第二段。单独测试时,两段都表现出显著提高的性能。第一段包含CrSTR、RvSGD和RvYOS,成功产生了 2 。同样,第二段包含RvYOO、RvDYR1、RvCYP72A270、RvCYP71D820和Rv11OMT,有效地将外部供应的 2 转化为 9 。这些结果证实了所有生物合成步骤的功能,并表明通过蛋白工程优化RvYOS和平衡表达途径基因等途径优化策略可以提高 9 的总产量。
小结
本研究揭示了萝芙木中利血平的生物合成途径,解决了天然产物化学的一个难题,不仅增进了对复杂生物碱生物合成的理解,也为生产利血平和相关药物化合物的代谢工程提供了基础,同时为开发新的化学酶法提供了可能。

资料来源:

https://doi.org/10.1101/2025.01.23.634628









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