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重要降维分析方法PCA、Bray-Curtis PCoA和 Bray-Curtis NMDS分析你会了吗？视频教程看一下！

代谢组metabolome · 公众号 · · 2024-12-01 08:00

主要观点总结

本文介绍了微科盟生科云平台的功能和特点，包括一键式批量宏基因组数据分析流程、单个分析小程序、PCA、Bray-Curtis PCoA和Bray-Curtis NMDS等重要降维分析方法，以及分析方法的具体操作步骤和教程。文章还提供了如何导入丰度表和分组信息表，如何选择分组方案和颜色等操作的详细说明。此外，文章还介绍了该平台持续升级中，多个组学将陆续投入使用，并提供了相关阅读推荐。

关键观点总结

关键观点1: 微科盟生科云平台的功能和特点

该平台旨在帮助客户简化分析流程，助力科研。不仅开发了自动化的一键式批量宏基因组数据分析流程，还提供了单个分析小程序，可灵活分析。

关键观点2: PCA、Bray-Curtis PCoA和Bray-Curtis NMDS分析的重要性

PCA等降维分析方法适用于生态学研究的重降维分析，能够提取数据中的主要元素和结构，揭示复杂数据背后的简单规律。

关键观点3: 分析流程和操作方法的详细说明

文章提供了详细的操作步骤和教程，包括导入丰度表和分组信息表、选定分组方案和颜色、提交任务等。

关键观点4: 平台的持续升级和多个组学的使用

平台持续升级中，多个组学将陆续投入使用，用户需关注平台以获取最新信息。

正文

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生科云网址： https://www.bioincloud.tech/

微科盟生科云 (https://www.bioincloud.tech) 旨在帮助客户简化分析流程，助力科研的基础上，不仅开发了 全自动化 的 一键式 批量 宏基因组 数据分析流程，还开发了单个分析 小程序 ，可大大方便客户灵活分析。

PCA 、 Bray-Curtis PCoA 和 Bray-Curtis NMDS分析 是一类适用于 生态学 研究的 重要降维分析 方法。其中， PCA （基于欧式距离的 PCoA ）是基于 线型模型 的一种降维分析，它应用 方差分解 的方法对 多维数据 进行降维，从而提取出数据中 最主要的元素 和结构 , PCA 能够提取出 最大程度反映样品间差异 的两个 坐标轴 ，从而将多维数据的差异反映在 二维坐标图 上，进而揭示 复杂数据 背景下的 简单规律 。

Bray-Curtis NMDS 是 非线性模型 ，更好地反映 生态学 数据的 非线性结构 ，可根据样本中包含的 物种信息 ，以点的形式反映在 多维空间 上，而不同样本间的差异程度则是通过 点与点间的距离 体现，能够反映样本的组间或 组内差异 等。两者都是基于 不同分类层级 的 物种丰度表 进行分析，样品的 物种组成 越相似，则它们在 PCA 和 NMDS 图中的距离则越接近。

分析流程只需准备好 丰度表 和 分组信息表 两个输入文件，便可完成主成分分析 ( PCA) 、主坐标分析（PCoA）和无度量多维标定法（NMDS）的制作，更高效的挖掘基因的信息！

结果展示

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

接下来我们一起来看看我们的 视频 讲解吧！

微科盟生科云平台—— PCA 的实操讲解

微科盟生科云平台—— PCoA 的实操讲解

微科盟生科云平台—— NMDS 的实操讲解

操作方法也可以看我们下面的说明哦~

一、导入丰度表

制表符分隔的文本文件表格；第一行应包含 样本名 ，唯一 (不可重复)，与分组信息表第一列 相对应 (顺序可以不一样)；第一列为 组学feature名 (如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一 (不可重复)，推荐使用 绝对丰度表 ，reads数表等， 总体数值过小 （小于１）可能导致 无法出图 ，示例表格以功能丰度表为例：

二、导入分组信息表

制表符分隔的文本文件表格；行名为 样本名 ，列名为 分组方案 。分组信息表中的行名 (第一列) 必须和丰度表的列名 相对应 ，示例文件如下：

注： 1.输入文件不应该包含 特殊字符 ，推荐使用字母数字下划线和点编辑表格；2. 输入文件行名 (第一列)，和列名 (第一行) 不能有重复的值；3. 表格中有 缺失值 的地方可以空着，但行名 (第一列) 和列名 (第一行) 以及最后一列不能有 缺失值 (不能空着)，否则无法通过客户端检查。

三、选定分组方案

可选择分组信息表中的某一的分组方案，示例如下：

四、选定分组对应的颜色

可选择 默认值 ，也可以按照 个人需要 进行调整颜色及明亮程度，示例如下：

分组对应颜色：

五、是否标注样本名、是否画置信椭圆、3D图中是否画垂直虚线以及字体大小

可根据 个人需求 以及 图片美观度 进行选择，对于样本点较少的情况可选择 标注样本名 。

六、提交任务

点击 提交任务 ，可选择任务完成时发邮件提醒，可避免等待运行时间，运行结束后可预览结果图，并下载结果文件。

更多小工具和一键化程序上线

我们的云平台 持续升级 中，多个组学会陆续投入使用，请多多关注我们哦！

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