随着Pacbio最新测序仪Revio的全面商用,普通基因组物种测二代+三代HIFI+HIC的实验费用已不足2万,可以预见高质量染色体水平的基因组将越来越多。这对该领域的发文趋势有何影响呢?
15年前基因组可以发CNS
10年前基因组可以发NG,NC
5年前至今,基因组文章只发个三区也不罕见
引起基因组文章
迅速贬值的重要原因
之一,
就是测序技术的突飞猛进
第一个人类基因组投入了38亿美元,
而现在这个数字降到了数千美元!
所以说,
没有一直能发大文章的技术,
只有一直能发大文章的投入!
那现在顶刊上的基因组文章都做些什么呢?
两种情况:
一是物种
基因组难度极大
,比如超大基因组,倍性复杂物种。今年3月甘蔗栽培种12倍体基因组就发表在
Nature正刊
上;
二是
基因组+大规模重测序遗传进化或者GWAS
。这种情况更为常见,也更合适大部分研究者去借鉴思路。今年4月豇豆基因组+重测序遗传进化+GWAS发表在了
Nature Gentics
上。
不管哪种情况,投入都远超做个简单基因组。
那是否有办法可以降低投入又发大文章呢?
有的!
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