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基因组文章迅速贬值,甚至发到三区,哪里出了问题?

植物科学最前沿  · 公众号  ·  · 2024-04-29 14:55

正文

随着Pacbio最新测序仪Revio的全面商用,普通基因组物种测二代+三代HIFI+HIC的实验费用已不足2万,可以预见高质量染色体水平的基因组将越来越多。这对该领域的发文趋势有何影响呢?

15年前基因组可以发CNS

10年前基因组可以发NG,NC

5年前至今,基因组文章只发个三区也不罕见

引起基因组文章 迅速贬值的重要原因 之一,

就是测序技术的突飞猛进

第一个人类基因组投入了38亿美元,

而现在这个数字降到了数千美元!

所以说,

没有一直能发大文章的技术,

只有一直能发大文章的投入!

那现在顶刊上的基因组文章都做些什么呢?

两种情况:

一是物种 基因组难度极大 ,比如超大基因组,倍性复杂物种。今年3月甘蔗栽培种12倍体基因组就发表在 Nature正刊 上;

二是 基因组+大规模重测序遗传进化或者GWAS 。这种情况更为常见,也更合适大部分研究者去借鉴思路。今年4月豇豆基因组+重测序遗传进化+GWAS发表在了 Nature Gentics 上。

不管哪种情况,投入都远超做个简单基因组。

那是否有办法可以降低投入又发大文章呢?

有的!

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