我原以为在Molecular Cancer上,我只能看到circRNA或者m6A甲基化的文章,但事实上我错了。今天这篇郑州大学第一附属医院的博士生,发表在27.7分的Mol Cancer上的文章,就和circRNA以及m6A甲基化没啥关系。但这篇文章,从文章的逻辑性以及推理过程而言,又和普通的circRNA文章差不多,就是不够严谨(
科研课题的关键,就在于科研课题推进的过程中,合理的假设,以及严谨的推理,但这篇文章里,的确存在着很多逻辑问题,不清楚科研推理以及科研假设的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》
)。我们就一起来看看他们都做了点啥吧:
首先他们挖掘了TCGA和CPTAC数据库,分析了消化系统肿瘤中,差异表达的基因。他们发现THBS家族的基因都发生了高表达,而在CRC(结直肠癌)中,THBS2的表达明显增加了。接着他们通过单细胞测序,对高表达THBS2的细胞亚群进行了分析,结果发现THBS2主要是在肿瘤相关呈现为细胞中表达,同时THBS2的表达又与EMT相关(
这部分的验证他们都是通过数据分析,以及高通量的单细胞测序分析获得的,实际上就是通过归纳法,首先将基因的表达与细胞进行了关联,在这个关联过程中,并没有涉及基因表达与表型之间的因果关联性,这也是归纳法统计的一个缺陷,不清楚归纳法的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》和《列文虎克读文献》
):
他们发现THBS2的表达,主要是在CAFs(肿瘤相关成纤维细胞)中,且免疫组化显示THBS2+的CAFs主要分布在奥沙利铂耐药的肿瘤细胞附近,于是他们提出了假设,假设THBS2+的CAFs与CRC的奥沙利铂耐药相关(
这就是假设的提出,当课题通过归纳法获得了基因与表型之间的相关性后,得到了相关的证据,就可以根据这些证据提出一个合理的可证伪命题,这里他们发现了THBS2+的CAFs对于CRC细胞奥沙利铂耐药的相关性,于是就提出了因果性的假设,科研的假设提出,就是一个课题真正的开始,不清楚科研推理或者科研假设的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼?》系列
)。他们提出假设后,通过给小鼠同时注射THBS2+的CAFs以及CRC肿瘤细胞,分析了THBS2+的CAFs对CRC细胞奥沙利铂耐药的影响:
那么THBS2+的CAFs是通过什么影响肿瘤细胞的呢?他们分析了THBS2+的CAFs中高表达的蛋白,同时分析了奥沙利铂耐药组织中高表达的蛋白,并取了交集,发现COL8A1可能是潜在的THBS2+的CAFs影响CRC细胞的关键因子。通过给CRC肿瘤细胞外源加入COL8A1后,发现COL8A1的确可以促进CRC细胞的奥沙利铂耐药(
这个部分的研究其实就已经产生了逻辑漏洞了,因为这样的外源引入了COL8A1只能说明COL8A1本身对CRC细胞有促进耐药的作用,而不能说明是THBS2+的CAFs产生的COL8A1对CRC细胞有促进耐药的作用,这里就存在了肯定后件的逻辑谬误,不清楚肯定后件逻辑谬误的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》
)。
那么COL8A1是通过什么影响CRC细胞的EMT恶化的呢(
EMT信号通路,其实就是上皮-间质转化通路,这个通路会导致细胞的上皮表型转化为间质细胞表型,与肿瘤的迁移侵袭,有着密切的联系,不记得的话,可以去看看《信号通路是什么鬼?》系列
),他们发现COL8A1与肿瘤细胞的EMT有正相关性,而外源COL8A1的确能促进CRC细胞的迁移侵袭能力。免疫组化也显示,奥沙利铂的耐药也与EMT有着相关性。通过coIP,他们找到了能与COL8A1结合的受体蛋白ITGB1。敲减了ITGB1,则能抑制COL8A1引发的EMT:
通过对奥沙利铂耐药和敏感的CRC测序,并进行归纳聚类,他们发现耐药的细胞中PI3K-AKT信号通路明显增强(
PI3K-AKT信号通路是块砖,哪里需要哪里搬,大家要是熟悉PI3K-AKT信号通路的话,应该知道AKT作为激酶,是呈辐射状对其他蛋白进行磷酸化激活或者抑制的,所以涉及的面会很广,不熟悉的话可以去看看《信号通路是什么鬼?》系列
)。通过对AKT的敲减,他们确定COL8A1是通过AKT信号通路影响EMT的:
最后就形成了这样的信号通路(
这个示意图是夏老师随便画的,具体画法在《夏老师带你读文献》里都介绍过,不清楚的话可以去看看复习下
),THBS2+的CAFs通过表达COL8A1,使得ITGB1被激活,促进了PI3K-AKT信号通路,导致了肿瘤细胞EMT信号通路激活,引发了肿瘤细胞的奥沙利铂耐药:
这篇文章真的是一言难尽,虽然说各个节点都算是勉强有验证,但在各个环节的验证,都没有切中要害。如果是THBS2+的CAFs和肿瘤细胞共培养的过程中,加入抗COL8A1的拮抗剂,倒是能说明一些问题,但他们直接敲减了ITGB1,这就会有逻辑漏洞(这篇文章所犯的肯定后件逻辑谬误真的是很多,几乎穿插在机制验证之中)。反正这篇文章在验证过程中,还是有很多七七八八的漏洞的,需要仔细分析,再进一步设计实验,才能更好。好了,今天就先策到这里吧,有兴趣的话可以看看原文,祝你们心明眼亮。
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