达尔文主张「自然淘汰」（Natural Selection）的生物进化论，认为目前生存的一百五十万种以上的动植物都由很久以前少数或单一的生物代代些微修改，聚积无数有利变化而来。每代较前一代更适应生存的环境，需要极悠久时间的历史。至于原初的少数或单一的生物，达尔文本人认为是「造物主」的创造。
达尔文的臆测，经一个半世纪的大力宣传，并且利用生物学课室作为宣站，成了今日心理学、社会学、人传种学中的基要理论，使许多青年学生置信不疑；但是，达尔文本人却自感疑难重重。从他下列一些言论中可见一斑：
「首先，若生物物种从别的物种经过些微递变遗传，为甚么我们都见不到，到处有无数过度中间型生物？为甚么整个自然界不都是混乱，不如我们所见种与种之间可明晰区分（的现象）？ 「其次，一个动物，例如蝙蝠的构造与习性，可能由于与牠们全然不同构造与习性的动物变更而形成吗？我们可能相信『自然淘汰』能产生一个无关重要的器官，例如长颈鹿的尾巴只为赶走飞蝇；但在另一方面却能产生如眼睛的奇妙器官吗？ 「第三，动物的本能（instinct）可能由自然淘汰获得并修改吗？对蜜蜂建造蜂房的本能，确先于数学家深奥的思想，又作何解释？ 「第四，至于生物异种杂交后不能生育，或产生不能生育的后裔，但变种（varieties）彼此交配后则生殖能力不受损害，又作何解？」「眼睛有无比的技巧，如调整焦距，容纳不同光量，或矫正色差及球面像差，若能由自然淘汰形成，我坦白承认，似乎是极端荒唐的。至于一根神经怎样会发生对光的敏感性，几乎与生命的来源一样，我们不需关心。」 「许多生物的本能是很奇妙的，它们的产生或许对读者已是足够困难，可将我的整个理论推翻。在此让我先说，我对智能的来源，甚或生命的来源，都不加干涉。」
「一个很严重的难题是中性（无性别）的昆虫。牠们常与雄性的，或雌性能生育的，结构不同……。鱼的发电器官是另一难题。这些奇妙的器官由甚么步骤产生实在无法想象。」「在很相异的（生物分类）科中，少数昆虫在生物体的不同部位，有发光的器官，因我们目前知识的幼稚阶段，它所引起的困难正如发电器官一样。」「自然淘汰以生与死运作；适者生存而较难适应的个体受到淘汰。所以我有时对不重要的局部构造的来源或形成，极难了解，正如对极其完善与复杂的器官一样。只不过是性质不同。」「整个不同种类的物种，骤然在某地层中出现的事实，多为化石学专家（Agassiz, Pictet, Sedgwick）认为是种的变迁说（进化论）的致命打击。若多种生物，同归一属或一科，真正在某地层中同时出现，那么确是对自然淘汰的进化论致命的打击。因为一群不同生物的发展，从同一祖先由进化产生，必是非常缓慢的过程，祖先必须生存于在由它进化而来的后裔久远之前。」达尔文又说：「若能证明复杂器官，不可能由许多微小改良逐渐而产生，则我的理论便完全失败了。我寻不到这样事例。」
达尔文寻不到的事例，今日分子生物学发达，已成为众所周知的事实了。
因为细胞内蛋白质的机器世界是个「不可缺一」的设计系统，蛋白质机器常由数十种或更多零件组成，缺少一种零件便无法运作，失却功能，需要全部同时配搭，才能生效。故此，生物蛋白质机器系统绝非经过悠长时间逐步成全，必须同时出现。
再者，例如DNA与蛋白质分子，两者必须同时存在，方能彼此运作。没有DNA，蛋白质分子无法产生；没有蛋白质分子，DNA也无法产生。这一点便确令达尔文的进化论「完全失败」了。
生物能遗传下代的突变（Mutation），百分之九十九以上是有害的，有利的突变不到百分之一。并且突变是罕有的，「某一基因在微生物中自动突变，在一百万次至十亿次细胞分裂中仅有一次。」所以，有利的突变是来之不易的意外，不是常规，怎可成为生物界普遍继续不息进行的运作？
若目前这么众多的生物类别是由代代一丝一毫，为了适应环境条件修改，经过极久时间进化的，至少产生两个问题：
其一，环境条件种类稀少，可分空中、水内、地面三大区域。空中与水内的环境都有很大均一性（Homogeneity），地面的环境有高山、平原、热带、温带、寒带、干旱及近南北极等有限之分。并且在同一环境中有许多大异其趣的生物共同生活。若各种生物的形体皆为适应某种特殊环境，请问是甚么环境？环境一般是季节循环性改变，不是直线继续改变的。
其二，动物在环境变为不适生活时，或会死去，或会逃避至较适宜环境生活。哪会代代呆在原处数十万年或更久，让环境带动种族一代代的改变？植物虽不如动物活动，但种子散布广泛。若无适宜环境，停在休眠状态，等候温度、湿度适宜时才发芽生长，避免灭种之灾。
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美国哈佛大学著名动物学教授阿加西（Agassiz）说：「关于动物的种源，达尔文与他的附从者没有给我们一点的新知识……它只是一个解释的问题，并不是有新事实的发现……进化论实则与地壳岩层中动物的埋没与分布情况相冲突……高等的鱼反是先有，低等的鱼反是后来……。」
著名工程学教授钱氏（Fleming Jenkin）说：「单由一个种类的存在，便可证明牠们与环境已是相适应的了，所以许多变异乃是变坏并非变好，自然淘汰无疑地可以将牠们消灭……虽然我们承认自然淘汰或可改进一个已为许多物种利用的器官，但并不即是承认它能产生新器官，因而产生新物种。」
英国比较解剖学教授美氏（Jackson Mivart）说：「极微、偶然而无定的变异能产生如此众多特殊形态的生物……似非与想象矛盾，但与理智冲突。」这些难题，以逐步微变的「进化」产生作为解释，确难成功。
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达尔文虽明知这些困难存在，可惜没有诚实表白他无法作出合理的回答，反用许多推测、推搪的繁言赘述，企图自圆其说，又要说服别人。
所以一位学者说：「达尔文……跳进了一个结论，远在他所有的证据园地之外，并且不顾合理的反驳而顽固坚持自己的立场。」他又说：「达尔文写种源论不是来证明乃是来说服……所以他不犹豫地取用任何的比喻、类型与辩论。」
又有评论家说：「达尔文已将种源论搞到一团的怀疑，意见的遁辞，言语的混乱，围堵之言，自相矛盾，不绝更改字句，不决，踌躇，龃龉。」
又有人说：「在强烈的批判之下，达尔文于一八八二年寿终的时候，仍不能证明自然淘汰是唯一或主要的进化方法，可使他同时代的科学家满意，自感沮丧不堪。」
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达尔文在出版《物种原始》十二年后，再出版《人种来源》（The Descent of Man）主张人也由动物进化而来。
当时许多学者予以驳斥，例如著名生物学家贝氏（Karl Ernst Von Baer）说：「达尔文的书有关人种来源已经出版，但并不能说服我。人种由似猿动物所进化的言论是我所不能想象的。不论从哪一方面着眼，猿的构造是适于树上生活的，人的构造则是适于直立在地的……莫非爬树动物的少数子孙热衷于进步而克制自己不再爬树，因此过了百万年的时间，下肢才渐渐成为适应直立行走的呢？……」
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为甚么达尔文不顾同时代科学家合理的反驳，规避他们的问题，顽固坚持自己的主张？
他的动机可在他的自传中窥悉。
他说：「我也有一个雄心，要在科学上占一席可观的地位。」
又说：「……我对自然科学的爱好……加以有一个雄心要得自然科学家同僚的器重。」
所以对他而言，是个人名利的问题。所以有人说他是个机会主义者。
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纳粹主义以战争决定优胜劣败，共产主义认为阶级斗争是社会进化规律，都基于错误的唯物进化论。
将这错误的臆测应用在人类社会上，称为「社会达尔文主义」，已导致前世纪人类的大灾难，令二亿以上的宝贵生命涂炭。
可谓悲矣！
若有人能答复达尔文本人所提出的疑难问题，他才有资格接受进化论，否则不慎思明辨便成为盲从自欺了。
生物学老师更不该将这错误幻想作为事实传授，贻误后学，为害无穷。
排版 © 刘微 校对 © 邵亚歌
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