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乙腈和甲醇在色谱分析中有着显著的区别，这些差异主要体现在它们的化学性质、动力学性能、洗脱强度、紫外吸收截止波长、溶解能力、经济成本以及对色谱柱背压的影响上
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化学性质与氢键形成
乙腈是一种极性的不可电离非质子酸，由于存在C≡N三键，它可以带来π-π相互作用，同时，氮原子的高电负性使其能够作为氢键的受体与另一分子形成氢键。
甲醇是一种极性的可电离质子酸，它的-OH基团上的氧原子具有高电负性，可以部分极化分子，产生微负电荷，而氢原子则产生微正电荷，这使得甲醇能够与另一个分子相互作用形成氢键。
案例：下面这对异构体化合物，有机相选用乙腈无法有效分离，用甲醇后则可以达到基线分离。甲醇作为质子供体，提供质子环境，增强氢键作用。
洗脱强度
在反相色谱中，乙腈的洗脱强度大约是甲醇的1.25倍，也就是说通常情况下，乙腈的比例大约是甲醇的比例的80%时，样品峰的保留强度比较接近，在方法开发更换有机相时可以参考，
当然也会有对有机相比例特殊敏感的样品。比如最近分析一个样品，乙腈梯度30%就下来了，甲醇梯度80%才出峰。
紫外吸
收截止波长
乙腈的紫外截止波长较低，约为190nm，而甲醇的截止波长约为210nm。
这意味着使用乙腈时可以在更低的波长下进行检测，而使用甲醇作为有机溶剂，尽可能使用高于210nm的波长，因为210nm以下，甲醇会有紫外吸收，会产生更多的基线噪音或基线漂移。
溶解能力
甲醇总体上具有更好的溶解度特性，这意味着较高比例的甲醇水溶液能更好地溶解大多数盐。在样品的溶解度方面，甲醇也优于乙腈，能完全溶解更多类型的样品，这可能会带来更好的整体峰形和选择性。
