小白做差异分析

今天跟大家分享下小编使用 GEO 转化工具， DEC 差异筛选工具，火山图工具，热图工具的试用经过。

（PS之前重来木有做过差异分析的我，完全利用小工具实现~~~）

昨天有一个学姐让我分析下 GSE79737 这套数据。

视频版下载：https://pan.baidu.com/s/1i5tKlnv

一、数据下载

首先打开 GEO 网站，搜索 GSE79737 ，点击 GPL16570 参考数据信息。

可以知道，样本的第一列是探针信息， gene_assignment 是比对上的基因 id ，不过比对上的 id 有很多种，这里需要用后面简单处理下。

按照教程下载

二、格式转换

然后打开生信人 GEO_Convert.exe 工具。

点击选择文件读入 GSE79737_family.xml.tgz

注意此处选择的时候，要看数据列是第二列（一般都是），然后看他其实是已经取过 log 了。

然后 ID 处要注意，选择刚才看到的 gene_assignment 列。

然后点击导出样本信息，导出数据矩阵。

三、筛选差异

然后打开 DECenter 筛选差异。

并将刚才导出的数据矩阵，样本信息和输出目录选择好。

点击样本信息按钮，查看信息

看是配对样本。可以选择 limma 进行分析。（由于我这个数据质量不是很好，所以这里我选择 P<1 ）， abs(log2 （ FC ）） >1 。

然后样本类型列选择 treatment ，运行导出。

如果结果不好，可以反复的调整 p 和 lfc 进行结果优化。

结果会有三个文件，第一个 limma.txt 格式如下

第一列是基因 id ，第二列是 log2(FC) ，第三列是表达值，第四列是 t 值，第五列是 p 值，第六列是调整之后的 p 值（ fdr ），第七列是 B 值。 这个文件可以用于后面绘制火山图。

其中第一列、第二列，第六列是比较重要的指标。

然后看筛选出来的差异基因。也就是 Diff.txt.

重要的信息是第二列，第六列和最后一列。

然后看下 TopExp.txt 。这些是差异基因在各个样本中的表达情况，可以用于后面绘制热图。

四、绘制火山图

打开生信人绘制火山图工具，选择 PBS;-vs-MG;.limma.txt 文件（因为我这个显著的不多，所以用全部的来绘制。）

然后通过调整点的大小调整图片，还是可以看到零星的几个点。

五、绘制热图