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馆长今天要向大家分享这篇是发表在《JHEP Reports》（IF=9.5）的题为“Investigating shared genetic architecture between inflammatory bowel diseases and primary biliary cholangitis ”的文章。这篇文章通过大量的数据库统计数据 揭示IBD和PBC共病的生物学基础，并为这两种疾病的干预和治疗靶点提供了重要的启示。仅4张图＋两张表就发了一篇9+的高分文章，它是如何做的呢?快和馆长一起来看看吧！

1.本研究 使用来自 全基因组关联研究（GWAS） 的汇总统计数据，通过 孟德尔随机化 研究PBC和IBD（包括克罗恩病[CD]和溃疡性结肠炎[UC]）之间的因果效应。

2.本研究利用 GWAS数据、bulk组织RNA测序和单细胞RNA测序数据 ，分析IBD和PBC之间的共享遗传结构，探索潜在的功能基因。结果发现10个共享风险单核苷酸多态性（SNPs），以及与两种性状均相关的9个新SNPs。 PS:想让你的研究课题精准命中，论文发表如探囊取物？馆长这里有独具一格的生信分析方法，还有一大波的可复现的高分文章思路，感兴趣的直接扫码咨询馆长噢~

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题目：Investigating shared genetic architecture between inflammatory bowel diseases and primary biliary cholangitis

杂志：JHEP Reports

表2 MTAG、CPASSOC和p-HESS显示的与跨性状PBC和IBD(或UC或CD)相关的共有风险SNP。

LDSC-SEG用于研究IBD,CD,UC和PBC的组织特异性SNP遗传力富集。在FDR>0.05阈值处检测到显著富集。 IBD,CD和UC在肺，脾，全血和小肠-回肠末端组织中表现出FDR显著的富集 。Epstein-Barr病毒(EBV)转化淋巴细胞中富集CD，横结肠细胞中富集UC和CD。对于PBC， 在肺、脾和EBV转化淋巴细胞三个组织中观察到显著的富集 。小肠-回肠末端和全血提示阳性。 肺和脾是与IBD、CD、UC和PBC相关的常见组织，图中显示这些组织中SNP遗传力富集的程度 (图4)。

为鉴定脾脏、肺、小肠-末端回肠和全血组织中细胞类型的富集，研究人员使用MAGMA测试IBD、CD、UC和PBC的细胞类型表达特异性与GWAS汇总统计数据之间的相关性(图5)。在 肺组织中，CD4+T细胞、2型树突状细胞(DC2)、单核细胞、自然杀伤细胞(NK)细胞和CD8+细胞毒性T淋巴细胞中在IBD中观察到富集 ； DC2、CD4+T细胞、NK细胞、单核细胞、1型树突状细胞(DC1)、调节性T细胞和CD8+细胞毒性T淋巴细胞富集在CD中 ； UC的CD4+T细胞、DC2和单核细胞,激活树突状细胞(DC)、DC1、CD8+细胞毒性T淋巴细胞和NK细胞富集PBC 。在脾脏组织中， NK_FCGR3Apos活化的CD8+T细胞和CD8+细胞毒性T淋巴细胞富集于IBD;NK_FCGR3Apos和活化的CD8+T细胞富集在CD中;CD8+黏膜相关不变T细胞和活化的CD8+T细胞富集PBC 。综上所述， IBD、CD、UC和PBC在肺中的DC1、DC2、NK细胞和CD8+细胞毒性T淋巴细胞以及脾脏中活化的CD8+T细胞中都有相同的细胞类型水平富集。