经典入门 | 高级转录组分析和R数据可视化 （2025.3）

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、临床基因组、单菌基因组、转录组线上线下同步开始（线上采用腾讯会议同步直播线下）。报名 参加线上直播课的老师可在365天内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下相识。

• 转录组线上/线下开课时间：

  2025/03/21-22

• 临床基因组学线上/线下开课时间：

  2025/2/21-23

• 单菌基因组线上/线下开课时间：

  2025/3/28-30

• 宏基因组线上/线下开课时间：

  2025年5月9-11

• 扩增子线上/线下开课时间：

  2025/4/11-13

报名链接：http://www.ehbio.com/Training/

常规转录组是我们常接触到的一种高通量测序数据类型，其实验方法成熟，花费较低，是大部分CNS必备的技术，现在就如做个PCR一样常见。而且分析思路简洁清晰，是入门生信，学习生信分析思路和数据可视化的首选。

数据分析是相通的，通过一个简单的课程理解其中的原理，就可以推而广之，延伸到其它类型的数据分析，如扩增子、宏基因组、单细胞等。

高级转录组分析和R数据可视化** 线上线下**同步开课，将系统讲述基于和不基于比对的转录组分析流程，从原始数据到表达矩阵、差异基因、转录组拼装、可变剪接、非编码RNA、ceRNA、转录因子调控网络、富集分析、加权共表达网络、通路分析、可视化绘图、机器学习等一系列常见操作，理论和实践兼备，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个转录组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(2天集中授课+自行练习+讨论群讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。

关于学习生物信息学分析的重要性，请阅读 《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》 。生信分析离不开程序写作，这部分没想象的难，只要跟着我们操作下来，就可以理解，具体见《 生物信息中的程序学习心得 》。

往期课程节选。

部分视频可在B站空间免费查看：https://www.bilibili.com/video/BV1rD4y1272a

课程大纲

请详细阅读课程简介，如果以下内容您全精通，不必参加此培训。

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验、流程和代码的无私分享，手把手带您快速入门、节约宝贵的时间，助力科研成果早日产出。

下面是课程安排，本课程一共2天，每天6-8节课，共14节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以学会并自己实现的分析)。如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课。更有多节视频课处理特定问题和后续的讨论群永久答疑。

该课程为第23期，经过22次迭代更新，整个过程都比较成熟，可以在短时间学习更多知识。2-3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路，助力您真正玩转转录组分析，并根据自己课题的背景优化分析方案。

教程内容简介如下：

转录组分析平台搭建

服务器平台：没有软件的计算机只是一堆废铁，没有转录组分析系统的服务器也和你的数据分析没有半毛钱关系。想要搭建整套的转录组分析流程，网上的资源即零散、又稀少。易生信团队将分享多年经验摸索优秀软件和布置技巧，并 分享全部源代码 ，让你在主流Linux服务器系统(Ubuntu 16/18.04，CentOS7等主流发行版)上快速布置专注组分析流程依赖的几十款常用软件、几百个依赖的R和Python包，轻松拥有专业分析平台。转录组分析计算需求不大，目前一台办公笔记本或工作站就可以满足要求。

个人计算机平台：高通量测序所谓的大数据，都是在原始数据和分析过程中体量大，计算资源需求多，但结果文件不大。通常转录组分析会获得样品基因表达表、新转录本和非编码基因，这些表格是下游分析、高级分析以及个性分析的起点，绝大部分工作在我们的笔记本上是可以搞定的，只是很多人并不知道如何入手。

其实你的个人电脑就是数据表(丰度矩阵)统计分析的利器。易生信团队独创实现了跨平台的分析流程，在大家的Windows笔记本上可以轻松实现转录组统计、可视化的绝大多数分析，课程带你轻松在自己的本本上搭建数据表统计分析与可视化平台，基于目前主流的Win10进行优化和测试，让笔记本秒变数据分析可视化平台。

生信基础知识

有了生信分析平台，如何灵活运用还是要学点独门绝学的。21世纪最重要的是人才，人才最好掌握三门语言，将让你人生立于不败之地，在任何团队中都是不可或缺的人才。这三门语言就是 中文、英文和计算机语言 。中文每天都在用在学，英文对于博士也至少接触了10年以上并能应用于阅读和写作文献，而编程语言大家大学阶段都学过Visual Basic、Visual Foxpro、或C语言，但能在工作中应用的绝对凤毛麟角。更何况这些语言在生命科学领域是非常低效的，不提倡学习。生信中常用的三类语言是·Shell + R + Python/Perl·，前两门是基础，生物学家必要掌握的 Shell 和 R语言 基础知识，保证你完成项目分析。

我们在课上将同时讲解生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识，保证你高效、稳定的使用转录组分析平台、保证大数据分析和后期可视化至发表阶段所需的技能。我们在文后提供了学习视频供提前预习。

当你利用几个小时，走进大数据分析和可视化的大门后，你将发现一个全新的世界。很多人会感觉相见恨晚，爱上分析，从此走向人生的快车道。即使你对编程不感兴趣，这里面用到的理念也定能让你受益终身，在今后相关分析中事半功倍，比别人更胜一筹。再说现在连 小学生都学Python 了，再不会，孩子都带不好了。

(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费 领取基础程序课 ，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石 。)

图表解读和绘制专题

针对很多老师缺少系统的生信背景，看不懂分析文章图表，更对绘制各式图表手足无措的情况，在培训时，我们将结合发表的高水平文章，进一步讲解16种常用分析图的原理和使用范围，让你不仅读懂图，更知道如何应用于自己的研究，并亲自轻松完成绘图。

针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题，易生信团队针对常用16种图开发了 免费绘图网站 ，一键出图，更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。

成果发表是科研过程中不可缺的一部分，发表成果又少不了图形展示。文章图表排版是否整齐规范、协调一致、重点突出对一篇文章的发表也是有不少贡献的。之前推出的 文章发表图的修改和排版 讲演了部分图形编辑和排版操作，本次培训也会实践从原始图形、到细节修饰再到排版发表的整个过程和注意事项。

转录组高级分析

1. WGCNA基因共表达分析,WGCNA基因、表型关联分析

2. Cytoscape绘制ceRNA、转录调控、蛋白蛋白互作网络

3. Cytoscape 共表达网络绘制

4. KEGG/Reactome通路图表达映射

5. 基因互作的文献挖掘和数据库挖掘 展示

6. GO/GSEA（普通分组、数量形状和时间序列）的定制分析

转录组的应用、设计和案例分享

转录组是很常规的分析，也是入门高通量测序分析的基础。这部分涵盖整个高通量测序技术的应用，高通量测序技术的实验原则包括测序通量、测序批次、测序原理等。