专栏名称: 生信百科

依托高校科研平台，面向生物信息科研工作者。生物信息学习资料；常见数据分析技巧、流程；公共数据库分享；科研思路分享；

高速下载NCBI上的sra数据

生信百科 · 公众号 · 医学 · 2017-09-26 07:00

正文

下载

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

安装

tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh

环境变量：

其中，username 改为服务器上的你自己用户名

export PATH=$PATH:/home/username/.aspera/connect/bin

单个sra下载示例

ascp -QT -l 100M -i /home/liuhui/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \

anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR292/SRR292241/SRR292241.sra .

批量下载示例

$ head accession

SRR3089510

SRR3089511

SRR3089512

SRR3089513

SRR2163235

SRR2163234

SRR2163233

SRR2163232

SRR1734725

SRR1734724

for i in `cat accession`
do
x=$(echo $i | cut -b1-6)
y=$(echo $i | cut -b1-3)
ascp -QT -l 100M -i /home/liuhui/bin/aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$y/$x/$i/$i.sra .
done

注：对于下载识别的sra文件，重复上述操作，重新下载即可。

关于NCBI — SRA数据的利用TOOLkit批量下载

请到「今天看啥」查看全文

推荐文章

肿瘤资讯 · 【4193】ASCO GI｜冷雪峰教授：III期SCIENCE研究初步结果全球首发，为ESCC新辅助免疫+放化疗添高质量循证依据

12 小时前

常观 · 流感为何会致命？出现这些症状千万别拖→

2 天前

常观 · 流感为何会致命？出现这些症状千万别拖→

2 天前

丁香园 · 教授们一直在打滑结，是教科书错了吗？

2 天前

丁香园 · 本月起实行！取消医院用药数量限制，又一地发文

3 天前

E药经理人 · 印度制药巨头凭啥冲进全球“TOP10”？专访瑞迪博士中国区沙伊斯•科玛

4 天前

科研圈 · 奔三了？你的大脑或许还未停止发育（附维持大脑健康的7种方法）

8 年前

百姓关注 · 高考家长必看！大数据帮你填志愿这样的“神器”你一定要有！

7 年前

精英点评江西 · 回归匠心|持之以恒做一件事儿是人生的艺术！

7 年前

小钱大玩at北美 · 母亲节快乐！Deal要抓紧。

7 年前

心情聊伤话 · 他撩你，只是因为睡你比别人便宜！

7 年前