作为近年最受欢迎的新技术，单细胞转录组测序在水产研究中有着广泛的应用，而基迪奥生物有着丰富的项目经验，且已有大量单细胞高分文章产出，发表文章研究物种包括沙塘鳢、贻贝、刺参、脊尾白虾、石斑鱼、深海贻贝、南美白对虾、罗非鱼等，而牡蛎、龟、海参、中华鳖、扇贝几个物种为基迪奥生物首发。
接下来，继续为大家分享6篇以模式生物斑马鱼为研究对象的最新单细胞文章供大家学习参考，也欢迎有相关意向的老师留言咨询。
水产相关参考文章：
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英文标题：
A multimodal zebrafish developmental atlas reveals the state-transition dynamics of late-vertebrate pluripotent axial progenitors
发表期刊：
Cell
发表时间：
2024.11.24
技术策略：
scRNA-seq
影响因子：
45.5
物种样本：
斑马鱼胚胎
DOI：
10.1016/j.cell.2024.09.047
这项研究介绍了Zebrahub，一个斑马鱼胚胎发育的动态图谱，该图谱结合了斑马鱼胚胎细胞行为的高分辨率延时视频与大量基因表达数据，为研究者提供了一个前所未有的工具，用以追踪和描绘单个细胞在发育过程中的行为轨迹。研究发现了斑马鱼尾部神经-中胚层祖细胞（neuro-mesodermal progenitor）的一些新特性。原本认为这些细胞只能产生单一类型组织，但实际上它们能够分化为多种细胞类型，包括肌肉细胞和神经元，这为理解细胞多能性提供了新视角。
图1. Zebrahub-多模态斑马鱼发育图谱
先天免疫调
节因子MyD88抑制斑马鱼心脏再生的纤维化
英文标题：
The innate immune regulator MyD88 dampens fibrosis during zebrafish heart regeneration
发表期刊：
Nature Cardiovascular Research
发表时间：
2024.9.13
技术策略：
scRNA-seq
影响因子：
9.4
物种样本：
斑马鱼心脏
DOI：
10.1038/s44161-024-00538-5
本研究发现先天免疫反应的关键因子MyD88，在斑马鱼心脏再生过程中不仅控制炎症反应，还控制纤维化反应。研究发现在冷冻损伤的myd88敲除心室中，中性粒细胞和巨噬细胞数量显著减少，富含胶原的心内膜细胞数量增加。进一步分析表明myd88心内膜中PI3K/AKT通路激活受损，肌成纤维细胞和疤痕形成增加。总之，这些发现阐明了MyD88在组织再生过程中调节炎症和纤维化的关键作用。
图2. 冷冻损伤myd88敲除心室组织中促炎细胞数量减少
单细胞RNA-seq揭示量子点对斑马鱼对视觉系统的影响
英文标题：
Quantum Dots-caused Retinal Degeneration in Zebrafish Regulated by Ferroptosis and Mitophagy in Retinal Pigment Epithelial Cells through Inhibiting Spliceosome
发表期刊
：
Advanced Science
发表时间：
2024.10.17
技术策略：
scRNA-seq
影响因子：
14.3
物种样本：
斑马鱼视网膜
DOI：
10.1002/advs.202406343
本研究利用荧光成像、拉曼光谱以及质谱成像等技术，发现InP/ZnS量子点主要吸附富集到斑马鱼眼睛部位。剥离视网膜进行常规转录组测序和单细胞RNA测序等技术，进一步发现InP/ZnS量子点暴露会导致视网膜各类群细胞数量改变，尤其是感中长波的视锥感光细胞（PR-RGB）数量增多，而感短波的视锥感光细胞（PR-UV）数量减少。研究阐明了InP/ZnS量子点被视网膜外RPE细胞内吞后，通过抑制
prpf8
剪接因子，从而降低
gpx4b
剪接和成熟，引起RPE铁死亡和线粒体自噬，进一步导致斑马鱼视网膜退行性损伤。总之，这项研究阐明了InP/ZnS量子点对眼睛发育的潜在健康风险，并为InP/ZnS量子点引起视网膜变性的潜在机制提供了有价值见解。
图3. 暴露于InP/ZnS量子点的斑马鱼视网膜变性损伤单细胞分析
英文标题：
Antigen presentation plays positive roles in the regenerative response to cardiac injury in zebrafish
发表期刊
：
Nature Communication
发表时间：
2024.4.29
技术策略：
scRNA-seq
影响因子
：
14.7
物种样本：
斑马鱼心脏
DOI：
10.1038/s41467-024-47430-1
与成年哺乳动物相比，成年斑马鱼可以完全再生受损的心脏组织，这种再生过程需要严格控制免疫反应，本研究报道了抗原呈现-适应性免疫轴在斑马鱼心脏再生中的积极作用。研究发现在最初的先天免疫应答后，活化的心内膜细胞(EdCs)以及免疫细胞开始表达抗原呈现基因，还观察到Cd4+ T细胞与这些抗原呈递EDC非常接近。总之，这些发现揭示了抗原呈现在心脏再生过程中的积极作用，可能涉及活化的EdCs、经典抗原呈现细胞和Cd4+ T细胞之间的相互作用。
图4. 斑马鱼心脏的scRNA-seq数据分析
egr3
是心脏瓣膜形态发生所
需的机械敏感转录因子
英文标题：
egr3
is a mechanosensitive transcription factor gene required for cardiac valve morphogenesis
发表期刊：
Science Advances
发表时间：
2024.5.15
技术策略：
scRNA-seq
影响因子：
11.7
物种样本：
斑马鱼心脏
DOI：
10.1126/sciadv.adl0633
本研究发现转录因子EGR3是一个保守的生物力学力传感器，对心脏瓣膜的形成至关重要。研究表明egr3缺失的斑马鱼表现出高度渗透的瓣叶缺失，导致严重的血液回流。在发育中的斑马鱼心脏和猪瓣膜内皮细胞中，以及在人主动脉瓣重塑期间，机械力上调egr3/EGR3的表达。总之，EGR3对于转导斑马鱼心脏瓣膜形态发生所需的生物力学信号是必要的，并且对于人类病理性主动脉瓣重塑具有潜在作用。
图5. 心脏瓣膜形成需要Egr3
脑周细胞的发育需要中间前体中转录因子nkx3.1的表达
