我博士生导师都没教过我们科研逻辑！看完这中山大学博士生的14.3分，线粒体代谢重编程的SCI文章，我是豁然开朗了……

其实近年来，OXPHOS（氧化磷酸化）的文章屡见不鲜了，但在机制上并不一定都做得很好。今天这篇中山大学肿瘤医院博士生发表在14.3分的Adv Sci (Weinh)上的文章，真的是让我刮目相看。在机制的验证上，他们能做到这种地步，就基本上已经算得上是极致了（ 这篇文章在机制的验证上，是全部通过结合位点的突变，以及互作，作为验证的着眼点，这样的验证方法，有效地缩小了验证命题中概念的外延，避免了肯定后件的逻辑谬误，这可以算得上是一篇优秀机制验证的典范，不清楚科研的推理，以及概念的内涵和外延，或者不清楚逻辑谬误的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。那么我们就来看看，他们到底都做了点什么吧：

他们主要做的是BCa（膀胱癌）的顺铂耐药，通过耐药株的构建后，他们发现耐药株的OXPHOS明显增强。既然OXPHOS增强，那么相对应的线粒体相关基因的表达就可能会有差异，于是他们进一步分析了电子传递链中基因的表达情况（ 这一步，其实就是通过已有现象，提出了一个科学的假设，也就是从OXPHOS的差异，衍生到了电子传递链基因表达的差异上，通过假设产生一个可证伪的命题，来推进课题的进展，不清楚科研假设的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。通过数据挖掘，他们发现电子传递链的复合体IV中的组装因子TACO1的表达，敲减后会影响有氧呼吸，同时与BCa的进展有关：

通过微小球实验，他们发现TACO1的表达与否，会影响BCa细胞的细胞干性，同时高表达TACO1会促进BCa细胞的顺铂耐药。TACO1主要的亚细胞结构定位，是在线粒体内，通过coIP实验，他们发现TACO1能与HSP90β结合。那么与HSP90β的结合，对于TACO1有什么影响呢？他们通过敲减了HSP90β后，发现TACO1在HSP90β表达缺失后，线粒体的定位也减少了。也就是说HSP90β与TACO1的结合，可能与TACO1的线粒体定位有关（ 这部分验证，其实是通过敲减移除HSP90β，来分析TACO1的亚细胞结构定位变化来分析的，也就是一个柯霍氏法则的验证，通过这个验证来明确HSP90β与TACO1之间的关联性，不清楚柯霍氏法则的话，可以去看看《轻松的文献导读》和《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》 ）。有意思的是HSP90β的敲减，降低了线粒体中MTCO1蛋白的表达，在敲减HSP90β后过表达TACO1也无法恢复，同样敲减TACO1后过表达HSP90β也是一样的，这些数据都证明了HSP90β结合诱导的TACO1的线粒体易位，是MTCO1蛋白的表达的关键：

TACO1是一个RNA结合蛋白，于是他们想看看RNA结合是否和TACO1-HSP90β的形成有一定的关系，于是他们使用了两种RNA酶进行消化，结果发现消化线性RNA对TACO1-HSP90β的形成没有影响，而消化总RNA，能抑制两者结合。也就是说，可能是一个circRNA对于TACO1-HSP90β的结合起到了作用（ 这里其实就是假设的迭代，通过TACO1的功能，分析其与RNA的结合，再排除了线性RNA，才得到了一个有意思的新的假设，这也就是假设迭代的过程，假设迭代才能推进课题的进展，就比如这里，就将原有的蛋白互作推进成了有circRNA参与的蛋白互作，不清楚假设迭代的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。通过筛选，他们找到了一个circRNA——circFOXK2，是能与TACO1结合的。敲减了circFOXK2，能影响TACO1-HSP90β符合体的形成，并且影响MTCO1的表达：

而接下去，他们就筛选找到了TACO1与circFOXK2的结合位点，就是R196残基，通过突变该残基，直接影响了TACO1的线粒体定位。而另一方面，在circFOXK2上也有对应的结合TACO1的序列，两者的结合位点突变后，也阻止了TACO1的线粒体定位（ 这里的验证其实是十分关键的，通过将两者的结合作为验证命题中的重要概念，也就缩小了原有的两者表达作为概念的外延，可以有效缩小验证过程中不必要的范围，如果直接对两者进行敲减或者敲除来分析，则会犯肯定后件或者中项不周延的逻辑谬误，这里的验证很显然是十分严谨且值得学习的，不清楚概念的外延和内涵的话，以及逻辑谬误，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。同样，他们也筛选了HSP90β上的结合位点，发现Q279A的突变显着降低了HSP90β-circFOXK2-TACO1复合体的形成。接着他们从复合体的形成，以及TACO1的线粒体易位，这两个表型，进一步扩展到了HSP90β-circFOXK2-TACO1三者的结合突变，对于MTCO1表达的影响、对于OXPHOS的影响，以及对于BCa细胞干性和顺铂耐药性的影响：

最后他们就分析了一下， HSP90β、circFOXK2的表达水平和TACO1在顺铂治疗应答和无应答者中的分布。最后就形成了这样的示意图（ 这个夏老师自己用PPT画的，方法其实也都介绍过，可以去看看《夏老师带你读文献》复习下，里面都有讲过 ）， HSP90β、circFOXK2和TACO1形成复合体，促进了TACO1的线粒体易位，促进了MTCO1的表达，激活了OXPHOS，促进了BCa细胞的顺铂耐药性：

这篇文章优秀的地方十分明显，就是通过蛋白与circRNA之间的结合来进行表型分析，而不是跟很多27点几分的水刊一样，直接敲减蛋白或者敲减circRNA。他们的验证是逐步递进的，从突变无法结合，到影响TACO1的线粒体易位，到MTCO1的表达，再到OXPHOS的影响，最后到顺铂耐药，这都是通过circRNA的突变，TACO1的突变作为验证基础的。这篇文章真的能算得上是我近期看过的文章里，机制研究最精彩的了。好了，今天就先策到这里吧，有兴趣的话可以看看原文，祝你们心明眼亮。

喜欢夏老师讲文献 的话， 可以点点星标，点点赞，点点“在看 ”，多分享多转发。