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测序数据可视化,你需要配备哪些软件?

解螺旋  · 公众号  · 医学  · 2017-05-18 17:59

正文


科研经验 | 文献 | 实验 | 工具 | SCI写作 | 国自然

作者:麦子(转载请注:解螺旋·医生科研助手)

工欲善其事,必先利其器。对于复杂的基因组数据,用恰当的可视化工具做分析是必不可少的。从基因组测序诞生至今,各种工具、可视化方法也都在同步演进,现在已经像万花筒一样斑斓。选对了工具,那么检验假设、发现新东西就是小菜一碟。

下面就从三个研究层面来推荐几个常用工具。

基因组浏览器

首先咱们要了解待研究的对象,即核酸序列和其中的各种结构单元。基因组浏览器,就是用来浏览基因组数据的图形交互界面。它们免费向公众开放,并提供各种工具用于基因组数据检索、阅览、分析,以简洁紧致的图形方式呈现。


它们会详细展现已知基因的位置,以及每个基因的功能类别。还整合了各种基因组数据,可查到SNP、EST和保守序列模式的详细情况。

你也可以上传自己的研究数据(如序列和注释)与别人共享。

UCSC Genome Browser

地址:https://genome.ucsc.edu/



Ensembl

地址:http://asia.ensembl.org/index.html








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