100篇！华大时空组学Stereo-seq助力生命科学成果大爆发

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根据PubMed等公开数据库查询显示，截至2025年1月15日，华大时空组学技术Stereo-seq助力发表研究文章数量突破100篇。此外，基于Stereo-seq发表的综述文章达到26篇、部分引用文章85篇，预印71篇。

发文涵盖领域广泛

发育研究

在生命发育研究中，时空组学技术Stereo-seq能够在分子水平绘制发育过程中各种细胞类型复杂的相互作用，以前所未有的精度和复杂度促进该领域的研究进展。目前，Stereo-seq已助力研究人员在国际上首次绘制了小鼠、斑马鱼、果蝇、蝾螈、拟南芥等重要模式生物的高精度发育或再生全景时空基因表达地图集，重构了首个高分辨率人类数字3D原肠胚，解析了妊娠早期子宫微环境的建立和稳态维持等。

其中，北京时间2022年5月4日，华大生命科学研究院联合多家机构，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq等，构建出了世界上首个小鼠器官跨时期空间基因表达图谱集。这也是首次在单细胞分辨率水平上解析空间基因表达谱，为哺乳动物发育研究提供了重要的数据参考，将助力研究人员更好地认识胚胎的成长和器官发生，也将为未来的出生缺陷相关研究提供指导。该研究成果在Cell以封面形式发表。

小鼠胚胎器官发育图谱

衰老研究

时空组学技术Stereo-seq在衰老研究中也展现出了显著的优势，它能够提供高分辨率的时空图谱，使研究人员能够清晰地观察到身体各个器官衰老的微观过程。

北京时间2024年11月5日，中国科学院动物研究所携手华大生命科学研究院、北京基因组研究所（国家生物信息中心），在Cell上发表研究成果，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，构建了全球首份多器官衰老时空图谱，增强了对衰老生物学机制的理解，找到了可用于衰老预警和评估的新型生物学标志物，并为进一步探索衰老的干预策略奠定了理论基础。

衰老时空图谱

再生研究

在再生医学领域，通过时空组学技术Stereo-seq，研究人员能够绘制出高分辨率的时空转录组图谱，解析细胞在再生过程中的基因表达变化和空间动态分布，从而揭示关键的分子调控机制和细胞亚型在再生中的功能。当前，研究人员已利用Stereo-seq构建了全球首个蝾螈端脑再生时空图谱、全面的小鼠肝脏高精度时空图谱等。

其中，北京时间2022年9月2日，华大生命科学研究院联合多家机构绘制了首个蝾螈端脑发育与再生的单细胞时空转录组图谱，鉴定了蝾螈端脑再生过程中的重要神经干细胞亚型，并比较了其状态与发育时期神经干细胞的相似性，这也是全球首个脑再生时空图谱。该成果以背靠背封面文章的形式发表于国际顶级学术期刊Science，为认知脑结构和发育提供助力，为神经系统的再生医学研究和治疗提供新的方向。

蝾螈脑再生时空图谱

疾病研究

在疾病研究领域，时空组学技术Stereo-seq可以为科研人员提供探索疾病异质性、免疫微环境、空间结构、生态系统等的全新维度。目前研究人员已利用时空组学技术Stereo-seq在宫颈鳞癌、黑色素瘤、结直肠癌、糖尿病、牙周炎等高发疾病领域进行了深入探索，并取得重要进展。

其中，北京时间2023年6月19日，华大生命科学研究院等团队基于Stereo-seq结合单细胞建库平台，首次解析了肿瘤细胞侵袭正常肝细胞过程中交界线周围区域的细胞组成、分子特征及交互作用，精确定义了以肿瘤边界为中心500 μm宽的区域为肿瘤“侵袭前沿区”，在肿瘤侵袭与进展中发挥关键作用。该研究成果以封面形式发表于国际学术期刊Cell Research，为开发肝癌治疗新策略提供新见解。

人类原发性肝癌中多个区域的单细胞与空间转录组学分析

演化研究

在演化研究领域，利用时空组学技术Stereo-seq可绘制进化过程中不同物种的相同器官结构和发育图谱，能够深入理解器官在细胞与分子水平的进化机制，为新的组织及其功能的研究提供基础。

其中，2024年3月29日，中国海洋大学海洋生物进化与发育研究中心联合青岛华大生命科学研究院使用Stereo-seq和单细胞RNA测序技术，成功构建了海鞘内柱的单细胞空间图谱，揭示了其细胞组成。主要发现包括：确定了与血液和淋巴系统起源相关的细胞群，以及在内柱中发现了一群与脊椎动物听觉系统毛细胞具有转录组相似性的细胞类型。这些发现为理解基础脊索动物咽部的发育和咽部器官的进化起源提供了新的视角和线索。

海鞘内柱单细胞空间图谱的构建

植物研究

在植物研究上，时空组学技术Stereo-seq可以深度解析邻近区域细胞通讯、浸润、互作情况，以及不同环境下细胞在空间上的耐药性、应激反应、抗胁迫等机制，从而揭示不同植物细胞的发育趋势和空间异质性。目前，时空组学技术已被成功应用到拟南芥、花生、番茄、大豆、水稻等植物研究中，在识别细胞类型、构建不同发育阶段的时空图谱、揭示植物重要性状形成和演化的分子机制方面发挥了重要作用。

其中，北京时间2023年11月6日，西北工业大学研究团队联合华大生命科学研究院，利用Stereo-seq技术成功绘制洋葱鳞茎组织在不同发育阶段的时空图谱。这项研究完成了威尔士洋葱、大蒜和普通洋葱的高质量基因组组装，并揭示了这些葱属作物基因组的大规模和高质量特征。通过深入分析，发现编码风味化合物关键酶基因可能与古老植物防御机制相关，并在葱属中显著强化。同时利用Stereo-seq技术，精确定位了洋葱鳞茎形成过程中的细胞类型及其基因表达变化，为葱属作物的遗传改良和育种提供了重要的分子基础和策略指导。

Stereo-seq揭示洋葱球茎形成基因的空间表达模式

发表成果影响力高

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