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【客户文章】PBJ|DAP-seq助力四倍体草莓基因组研究

伯远生物  · 公众号  ·  · 2024-05-22 08:55

正文


发表杂志: Plant Biotechnology Journal

影响因子:13.8

伯远生物提供的服务:DNA亲和纯化测序(DAP-seq)


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技术路线



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内容概要

1. 鉴定出性别决定区域(SDR): 在F. moupinensis的W染色体上发现了一个非重组的、约33.6kb的W特异区域,其中只包含一个候选性别决定基因FmoAFT。

2. 性别决定基因表达分析: FmoAFT在雌性植株中特异性表达,表明它在性别决定中可能发挥作用。

3. 系统发育分析: 通过重测序整个草莓属的物种,发现W特异区域在所有四倍体物种中保守地特异性表达于雌性,表明四倍体和八倍体草莓的雌雄异体是独立演化的。

4. 功能分析: 通过病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术,敲低了栽培草莓中FmoAFT同源转录本的表达,发现其在早期心皮发育中促进雌性功能。

5. DNA亲和纯化测序识别FmoAFT下游基因: 结合酵母单杂交实验,鉴定了FmoAFT的潜在直接靶标。






References

Qiao Q, Cao Q, Zhang R, et al. Genomic analyses provide insights into sex differentiation of tetraploid strawberry ( Fragaria moupinensis )[J]. Plant Biotechnology Journal , 2024.







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