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“原来穷真的是一种病“!孟德尔随机化+UKBank数据四图一表拿下21分+nature子刊!小伙伴看完都连夜赶去赚钱!

生信图书馆  · 公众号  ·  · 2024-09-01 19:00

正文

Hello!各位小伙伴们,马上就要开学啦,还不快跟着馆长一起看文献为开学做好准备嘞!今天馆长再次给小伙伴们提一提孟德尔随机化,现在孟德尔随机化分析仍然火热,内卷也愈加严重,技术已经比较成熟,这时候更考验大家的就是选题与创新啦。今天馆长要分享的是一篇 nature子刊21.4分 的文章,在现在的情况下还能拿下不知有什么过人之处呢?快来跟我看一看吧!

本文使用 UKB库和精神病基因组联盟数据,利用孟德尔随机化(MR)探究了贫困与9种精神疾病之间的因果关系 ,没想到贫穷真的可以致病呐,好奇的话快来看一看!

1、数据量庞大 :使用UKB(UK Biobank)和PGC(Psychiatric Genomic Consortium)得到了贫困因素和精神疾病相关的公开数据,对贫困与九种精神疾病因果关系进行研究,庞大的数据量大大提升了研究结果的可靠性。

2、结合MR的新型研究角度 :通过基因组结构方程模型评估了贫困共同因素,使用双向单变量MR分析每个贫困因素和精神疾病之间的因果关系,多变量MR评价独立于CA的贫困对精神疾病的直接影响,思路新颖,解释贫困和精神疾病之间潜在的因果效应。

3、与社会问题结合提升讨论度: 通过分析贫困对精神疾病的影响,引起社会各方面的注意,为相关研究人员提供参考。 (PS:孟德尔随机化作为目前大火的工具之一,馆长这里有超多高分思路与新颖的选题方向,赶快扫码联系馆长一起学习吧!迫不及待发高分啦!)

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题目: 在英国生物银行中使用孟德尔随机化方法调查贫困对精神疾病的影响

杂志: Nature human behaviour

影响因子:IF=21.4

发表时间:2024年7月

公众号回复“666”即可领取原文献,文献编号240901
Ps:馆长已经把原文信息放在末尾啦~~~小伙伴们自己去拿哦

研究背景

早期一项研究中首次证明了精神疾病和社会阶层之间的联系,发现社会经济背景较低的人患严重和持续性精神疾病的几率更高,接受的治疗也更少。世界各地的流行病学研究表明,精神健康与社会经济地位(SES)之间存在关联,精神疾病在社会阶层较低的人群中更为常见。尽管在这些研究中贫困和精神疾病之间的联系很强,但尚不清楚贫穷和精神疾病是否有因果关系。

研究思路

在本研究中,使用 UKB(UK Biobank)和PGC(Psychiatric Genomic Consortium)数据研究贫困对九种精神疾病的因果影响,其中包括 注意力缺陷和多动障碍(ADHD)、神经性厌食症(AN)、焦虑症(ANX)、自闭症谱系障碍(ASD)、双相情感障碍(BD)、重度抑郁症(MDD)、强迫症(OCD)、创伤后应激障碍(PTSD)和精神分裂症(SZ) 。运用MR检验贫穷对于九种精神疾病的因果关系,应用基因组结构方程模型从家庭收入(HI)、职业收入(OI)和社会剥夺(SD)推导一个贫困因素并调查贫困的共同因素和贫困的三个指标中的每一个与九种精神疾病的因果关系。

图1 研究设计流程图

研究结果

1.潜在贫困因子估计

通过GWAS分析贫困共同遗传结构,潜在贫困因子(PF)的多变量GWAS由 HI、SD和OI三个指标 建模,潜在贫困因子的GWAS在阈值处鉴定出 90个显著相关的独立位点 (图2)。

图2 潜在贫困因子曼哈顿图

2.共同因素贫困对精神疾病的双向单变量MR

对考虑的精神疾病进行前向IVW分析,PF未对ADHD、ANX、MDD、PTSD和SZ显示出显著的因果效应。使用加权中位数(WM)方法对ADHD、AN、MDD、PTSD和SZ的因果效应估计在量级上是一致的,但对ANX和OCD则不一致。精神疾病对PF的逆向IVW分析显示, ADHD、BD和SZ对PF有显著的因果关系 (图3)。

图3 贫困与精神疾病的单变量双向MR分析结果

为了进一步探讨贫困对精神疾病的影响是否由特定指标驱动,使用每个贫困指标作为暴露量进行了双向单变量MR(图4), HI GWAS比OI和SD GWAS具有更高的功率水平 ,使用贫困共同因素获得的关联方向与每个指标获得的关联方向一致。

图4 针对精神疾病的各贫困指标的单变量双向MR分析结果

3.ES-LUAD连接的微生物群与宿主mrna之间的关联

为探索HI与心理健康之间的关系,研究使用了HI类别的GWAS数据,并调查了每个类别对所考虑的精神疾病的影响。创建了四个二分类虚拟变量:低HI(LHI),中低HI(LMHI),中高HI,高HI(HHI)。对于这些类别中的每一个,进行双向单变量MR(图5)。 在ANX,BD,MDD和PTSD上处于最低HI类别的具有显著因果效应 。在低收入人群中观察到的关联方向保持不变,效应大小减小,说明在非常低的收入水平上,贫困对心理健康的有害影响更大。值得注意的是,ADHD和SZ在收入水平上表现出一致的双向模式,即低收入与这些疾病有因果关系,而这些疾病也是低收入的因果因素。这一证据支持贫穷和严重精神疾病之间的恶性循环。

图5 HI水平对精神疾病的单变量双向MR分析结果

4.贫困因素的多变量MR与精神疾病的CA

本研究使用多变量MR(MVMR)来估计贫困对每种精神疾病的影响,同时控制CA(表1)。研究通过CA对精神疾病进行了双向单变量MR,发现 CA与ADHD之间存在双向反向因果关系 。当将CA纳入模型时,PF对精神疾病的单变量MR结果略有偏差。这些结果表明,PF对精神疾病的单变量MR结果略受CA的影响,但PF对ADHD、AN和ANX的直接影响仍然存在。CA拟合作为一个复杂的因果关系的上游组成部分,将贫困与精神疾病联系了起来。

表1 MVMR对贫困和CA对精神疾病的影响

文章小结

本文使用大量的样本数据(英国生物银行和精神病学基因组联盟数据),研究了贫困与九种精神疾病之间因果关系,研究的可靠性非常强。使用UKB数据库的数据进行GWAS分析,应用基因组结构方程模型评估贫困共同因素,利用双向单变量和多变量MR探讨贫困与精神疾病的因果关系,前后呼应,逻辑严谨清晰有条理,不愧能拿下高分!还不快点来学! PS:小伙伴是不是也觉得MR+数据库组合非常强呢?如果你也想在孟德尔随机化发光发热,找到正确的研究方向和思路设计是最重要的,巧了这方面馆长拿手啊!感兴趣的快来扫码联系馆长吧!)

本文信息:

Investigating the impact of poverty on mental illness in the UK Biobank using Mendelian randomization

https://doi.org/10.1038/s41562-024-01919-3

馆长有话说

馆长会持续为大家带来最新生信思路,也可以提供特色数据库构建、免费思路评估、付费生信分析和方案设计以及实验项目实施等服务,对数据库构建和生信分析感兴趣的朋友可以咨询馆长哦!







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