肝炎E病毒（HEV）属于Hepeviridae科，是一种单股正义RNA病毒，具有约7.2 kb的基因组。它主要通过口服途径传播，尤其是在缺乏良好卫生设施的地区。
HEV感染通常引起急性肝炎，并可能导致严重的临床表现，特别是在孕妇中，可能引发致命的肝衰竭。
HEV是全球范围内引起急性肝炎的主要原因之一，尤其在发展中国家更为常见。根据世界卫生组织（WHO）的估计，
HEV每年导致超过40,000人死亡。其传播途径主要是口-粪途径，尤其是通过受到污染的饮用水和食物。
尽管目前已有针对HEV的疫苗上市，但HEV的传播依然广泛，特别是在工业化国家。
因此，了解HEV的主要载体和基因演化就显得至关重要。
2024年12月9号，
PNAS
在线发表了一篇名为“Ancient evolutionary origins of hepatitis E virus in rodents”的研究论文，该研究
探讨了与肝炎E病毒（HEV；Hepeviridae科）相关的啮齿动物和蝙蝠携带病毒的潜力。
通过对全球多个地区（包括非洲、亚洲和拉丁美洲）108种啮齿动物和鼩鼱的2,565个肝脏样本进行基因组数据挖掘，并使用RT-PCR技术进行hepevirus的检测，研究者发现了两种基因上差异较大的啮齿动物相关hepeviruses，以及两种与已知蝙蝠相关的hepeviruses相似的病毒株。
研究结果揭示了人类HEV的家族谱系，强调了对啮齿动物相关hepeviruses的监测和实验风险评估的必要性。
HEV感染每年造成超过40,000人死亡，主要由有蹄类动物传播，偶尔由大鼠传播，
突显了啮齿动物携带的hepevirus的潜在跨物种传播风险。HEV在全球范围内每年造成大约2000万例感染和44000例死亡，且传播广泛，特别是在工业化国家和发展中国家。在这里，作者
探讨了来自不同动物宿主的不同类型的肝炎E病毒（HEV）及其基因演化，特别是啮齿类动物（如老鼠）在HEV基因组树中的作用。
图
1. HEV
基因组，及与
HEV
相关的宿主相互作用因素
啮齿动物作为病毒的宿主
研究表明，啮齿动物，特别是老鼠，可能是肝炎E病毒基因谱系的重要驱动因素。通过大规模的数据挖掘和田野调查，研究人员发现啮齿动物中存在多种新型的HEV类型，这些类型与已知的HEV存在显著的基因差异。
与人类相关的HEV（主要是基因型1和2）主要由猪和其他偶蹄动物宿主提供，但来自啮齿动物的病毒表现出高度的遗传多样性，且这些病毒在演化上与人类HEV相对较远。
病毒基因组分析
通过对7.67百万条测序数据的分析，研究发现137种HEV中有4种病毒在基因组上与已知的HEV显著不同。
这些差异主要集中在开放阅读框1（ORF1）、ORF2和ORF3的氨基酸序列上，表明这些病毒可能具有与宿主适应相关的基因特征。
研究还发现，啮齿类动物的HEV与其他种类的HEV，如蝙蝠、鸟类等病毒的基因组差异显著，进一步证明了
啮齿类动物在HEV的演化树中的特殊地位。
HEV的宿主转移
通过贝叶斯分析和祖先状态重建，研究人员发现，HEV的进化历史表明，人类相关的HEV可能在猪等偶蹄动物中起源，并且这种病毒可能经历了多次宿主转移事件。
啮齿动物被认为是HEV宿主转移的主要来源，特别是这些小型哺乳动物在病毒传播中的作用至关重要。
图
2.
肝炎病毒流行病学和进化
病毒跨物种传播
在某些情况下，啮齿动物和与其共生的鼩鼱之间存在病毒的跨物种传播，这可能导致新型病毒株的出现。文章中指出，啮齿类动物可能是多种HEV基因型的来源，特别是那些未被充分研究的地区，如西非和中亚。
研究的局限性与挑战
本研究存在一些局限性，如样本采集的时间和空间分布不完全，RT-PCR检测可能未能发现一些遗传差异较大的病毒类型，以及公共数据库中宿主基因组数据的不完整。
虽然已有研究模型如RHEV（鼠类肝炎E病毒模型）可以用来研究HEV，但对人类相关HEV的动物模型仍然难以建立。
结论和未来的研究方向
该研究强调了啮齿动物在HEV基因谱系中的关键角色，尤其是在病毒的宿主转移过程中。
研究人员呼吁加强对啮齿动物和鼩鼱等小型哺乳动物中HEV的监测和风险评估。此外，考虑到啮齿动物与HEV的关系，可能需要优化现有的HEV动物模型，以便更好地研究人类相关HEV的传播机制。
总结
该研究表明，啮齿类动物在HEV的传播和进化中起着重要作用，特别是在未被广泛研究的地区。
通过基因组分析和田野调查，研究人员发现，啮齿类动物中存在大量具有遗传差异的HEV类型，这些类型可能对HEV的基因演化和宿主适应产生深远影响。
鉴于啮齿类动物在HEV的传播中扮演重要角色，未来应加强对这些动物中的HEV病毒的监测和风险评估，以应对可能的健康威胁。
论文链接：https://doi.org/10.1073/pnas.2413665121
