8月30日，记者从相关人士获得了一份注明有国税总局稽查局的文件，文件显示，针对今年以来股权转让检查工作中各地反映的一些政策适用问题，税务总局相关司局进行相关研究后，下发了有关指导意见，并要求各地税务局稽查局参照执行。
该文件表示，在检查中发现有些地方政府为发展地方新经济，引进投资类企业，自行规定投资人合伙企业的自然人合伙人，按照“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率为20%。但是根据个人所得税法规定，合伙企业的投资者为纳税人的，其转让股票所得，应按照“先分后税”原则确定合伙企业投资人的应纳税所得额，要求按照“个体工商户生产经营所得”项目，即5%-35%的超额累进税率征税。
而根据《征管法》第三条，任何部门、单位和个人作出的与税收法律、行政法规相抵触的决定一律无效，税务机关不得执行，并应当向上级税务机关报告的规定，地方政府的做法应予以纠正。
“还能怎么办呢？”当被问到对此变化的看法时，一家成立了7年的投资机构合伙人显得有些无奈，他所在的机构在近期收到了国税局补缴过往税收的要求。国税总局突然下达的内部文件让他们有些猝不及防。
北京德恒律师事务所合伙人郭卫峰介绍，其实有关有限合伙企业税收的风险点一直存在。早在2014年11月，《国务院关于清理规范税收等优惠政策通知》（以下简称为“通知”）出台，该通知要求全面清理已有的各类税收等优惠政策。统一税收政策制定权限，坚持税收法定原则，除依据专门税收法律法规和《中华人民共和国民族区域自治法》规定的税政管理权限外，各地区一律不得自行制定税收优惠政策。
每日经济新闻在当时报道中称，该《通知》在规定地方未来不得自行制定税收优惠政策的同时，对于目前已有的各类优惠政策，《通知》指出，各地区、各有关部门要开展一次专项清理，并要求于2015年3月底前报送财政部，由财政部汇总报国务院。
当时深圳市地方税务局对此响应，表示将停止执行地方政府有关合伙制股权投资基金个人所得税有关规定。不过到了2015年5月，中国政府网发布了一则新的通知，暂停《通知》中规定的专项清理工作，待以后另行部署后再进行。
郭卫峰称，“合伙企业法出来之后，行业内并没有明确针对有限合伙企业的税法的规定，属于一个没有办法的依据，一直处于模糊地带，一些地方出于招商引资的目的存在越权行为，对于个人LP的税收征收，各地方出台了相关的文件，多数按照20%税率执行。现在这种变化，就等于是重申了之前的规定。”
对于个人LP来说，如果按照最新国税总局内部文件规定，其税收负担将提升75%，也将高于个人直接在二级市场投资所得需缴纳税负。
对于此次税收上的变化，行业中也存在不同意见。大成律师事务所合伙人李寿双在文章中指出，对于所有有限合伙企业的自然人合伙人，来自合伙企业的全部所得一律按照“个体工商户生产经营所得”征收有所不妥，应该分情况讨论。“合伙制股份基金场景下，对于自然人LP，仅为被动投资，不参与实际经营，其取得的分红跟自然人直接作为股东从企业取得分红从性质上是一样的，按照税收中性原则，应按照‘利息、红利所得’征收，股权转让所得应视为财产转让所得征收，适用20%的税率。”李寿双称。
此外，国税总局下达的内部文件中另一个重大变更是，对于合伙企业自然人合伙人征收方式不再适用代扣代缴的征收方式，而是要求按照自行申报的方式征收。
此前个人LP由GP代扣代缴，缴纳的所得税留在当地，而现在这个文件出来后，意味着由个人LP自己在所在地缴纳。郭卫峰推测，征收方式的变化，可能与金税三期工程的推行、税务数据的打通有关，“可能不仅仅是限于基金的投资人，对于高收入人群的纳税申报，未来在税源监控上可能更为严格。”
