短序列比对好帮手---Bowite的使用

a)    Bowtie1出现的早，所以对于测序长度在50bp以下的序列效果不错，而bowtie2主要针对的是长度在50bp以上的测序的。

b)    Bowtie 2支持有空位的比对

c)    Bowtie 2支持局部比对，也可以全局比对

d)    Bowtie 2对最长序列没有要求，但是Bowtie 1最长不能超过1000bp

a)    安装bowtie2

1. 下载： http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/ ；例如bowtie2-2.1.0-source.zip

2. 编译：解压下载文件，让terminal进入解压后的某一个目录，比如bowtie2-2.1.0， 运行“make”。 若编译没有异常，编译好以后分别运行：chmod 777 bowtie2和./bowtie2；若无问题，则会出现bowtie2的使用信息

3. 添加环境变量：在当前用户的主目录下找到隐藏文件”.profile”或者类似的文件，在这个文件后添加PATH，比如：export   PATH=$PATH:/home/lib/ProgramFiles/bowtie2-2.1.0/

   ##这里的路径添加安装路径；最后注销或者运行source ./profile,这样就可以在当前任何目录下使用bowtie2.

b)    安装bowtie1

1. 下载： http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/ ；例如bowtie-1-0.0-src.zip

2. 同bowtie2安装相同，最后环境变量更换相应的路径即可；

a. 对Reference文件(GENOME.fa)建库：

bowtie-build GENOME.fa GENOME.fa；建库步骤可能需要几个小时，建议在后台执行（nohup bowtie-build GENOME.fa GENOME.fa &）。

b. 用法示例 ：

bowtie -f -a -m 20 -v 1 --al Reads_aligned --un Reads_unaligned --norc GENOME.fa Reads.fa Reads.bwt 2> log

• -f 指定query文件为fasta格式

• -a 保留所有比对结果

• -m 指定最大比对到基因组的次数

• -v 允许最大错配数，为[0-2]

• --al 能map到GENOME的reads，fasta格式

• --un 不能map到GENOME的reads，fasta格式

• --norc 不输出匹配到负链的结果；如果不想输出比对到正链的结果，则用'--nofw'。不指定该选项则正负链结果都输出

• 后面依次写上GENOME索引文件，Reads文件，输出结果文件Reads.bwt，日志文件log。