【品牌】钳制病魔，基因有招

钛媒体 · 公众号 · 科技媒体 · 2017-06-07 10:23

正文

钛媒体 TMTPost.com

TMT ｜创新｜创业

关注这个不一样的微信号：钛媒体（ ID：taimeiti ）

对于基因变异复杂的相互作用以及治疗如何影响分子路径的研究，需要基于对样本反复学习，而这将成为机器学习新的研究领域之一。通过全球菁英的合作，英特尔工程师正在运用人工智能来应对即将到来的重大挑战。

近期，基因组学研究领域迎来了一个重大里程碑：隶属于麻省理工学院和哈佛大学的博德研究所开源了 GATK4 的源代码，这一全球最受欢迎的基因组分析软件，如今又实现了重大进步。英特尔一直在推动这一在基因组学研究领域中具有划时代意义成果的完成。

英特尔和博德研究所开发了一个名为 “ 博德 - 英特尔基因组学堆栈（ BIGstack ） ” 的突破性参考架构方案，这一方案采用英特尔处理器、 Omni-Path Fabric 和固态盘等技术，使得博德基因组学分析流程提升了 5 倍的性能。这个堆栈还包括针对即将发布的英特尔 CPU+FPGA 集成产品的优化。

同时，在应用层面，作为中国基因组学研究领域领导者的华大基因宣布采用最新的 GATK 工具，包括博德和英特尔的优化方案，从而在快速发展的基因组学领域中迈出向全球化联盟进军的突破性的一步。

同时，华大基因还宣布，将在与阿里云合作的华大基因在线平台 (BGI Online) 上提供 GATK4 、博德的工作流管理系统 Cromwell 和 WDL （工作流定义语言）。

这意味着中国和美国领先的基因组研究机构将使用相同的开源软件工具。这也推动了数据标准化和共享，有助于未来进行体量更大、更好的科学研究。

为什么英特尔会和博德进行合作？

首先，英特尔和博德有着共同的愿景，那就是充分发挥基因数据的威力，把这些数据广泛地提供给全球各地研究人员，推动重大科学发现。基因组学提供了有关生物体 DNA 内部工作原理的信息。同时，基因组学的进步推动了探索性科研工作，帮助人们更好地理解生物系统的复杂性。

几乎所有人都了解癌症给患者及其所在家庭会产生怎样灾难性的影响。英特尔与博德研究所携手加强基因组学研究解决方案可以帮助人们进一步从分子层面理解癌症和其它疾病的诱因并加快实现精准医疗。

这就是英特尔和博德推出 BIGstack 的原因，它以此前版本 5 倍的速度运行新的 GATK4 Best Practices 分析流程，支持空前的海量数据，并通过生产环境就绪的脚本来简化部署。基于英特尔处理器、 Omni-Path Fabric 和固态盘的组合，该架构提升了性能。 BIGstack 还包括基于英特尔 FPGA 的优化，早期结果显示，有望在 PairHMM 算法上实现超过 35 倍的提升。