基因组数据分析的多面手，使用Partek全面高效不用愁

文|冯培乾

Partek公司成立于1993年，是一家位于美国密苏里州圣路易斯的生物信息数据分析软件公司。Partek公司致力于开发和整合用于生命科学研究的数据分析软件，同时也可以提供基因组数据分析的整体解决方案，是一家可以提供各种主流生物芯片和测序平台的数据综合分析解决方案的商业软件公司。

Tom Downey

Tom Downey目前担任Partek公司总裁兼首席执行官。从1993年Partek公司成立以来，Downey就在Partek公司工作，并在计算机和电气工程与基因数据分析方面拥有了二十多年的丰富经验。Downey也在遗传流行病学和基因组生物学的杂志上发表过多篇论文。

Affymetrix

Partek在今年1月份宣布，其Genomics Suite已经与Affymetrix 的GeneChip技术平台实现兼容性，帮助进行SNP相关性研究。

Partek的Genomics Suite存储、分析和整合遗传学数据，支持对等位基因上的单、多SNP相关性以及显性/隐性模型上的基因型进行检测。

同时，Partek公司表示，Genomics Suit是与GeneChip兼容，实现基因表达分析、外显子表达分析、染色体拷贝数分析、调节分析和SNP分析的“首个商业化软件工具”。

Partek公司的科学团队拥有超过50年的数据分析经验，其中包括博士生物信息学家、统计学家、生物学家和遗传学家，软件产品包括：Partek Flow、Partek Genomics Suite、Partek Pathway、Partek Discovery Suite、Partek Screening Solution和Partek QSAR Solution。Partek软件在支持所有主要微阵列和下一代测序平台方面是独一无二的，超过6000篇同行评审的科学论文使用Partek软件来研究分析基因表达、miRNA表达、LOH、CHIP-Seq、RNA-Seq、DNA-Seq、DNA甲基化、可变剪接、关联分析和qPCR。

Partek系列软件帮助研究人员无需编写单行代码，轻松执行基因组数据分析。并可以导入和分析所有的主要芯片平台的原始数据和中间数据。预置的各种芯片分析工作流程帮助用户完成一站式的数据分析，并可以将分析结果图形化展示予其他科研工作者交流。

Partek系列软件已经被优化到可以在标准的台式电脑甚至笔记本上运行，不同软件的最低配置要求可以在官网上查阅。Partek还向用户提供15天免费的试用版本，用户可以在Partek官网进行注册并申请试用。

Partek Flow

Partek Flow软件专为下一代测序应用（包括RNA、miRNA和DNA测序）的分析需求而设计，通过简单易懂的图形操作界面，用户可以自定义构建测序分析的程序，执行校准、定量、质量控制、统计和可视化等操作。Partek Flow软件可以帮助用户轻松得到基因数据中的生物学意义。

主要功能包括：

测量基因表达水平

发现编码SNP

识别在基因和转录水平上的差异化表达

检测基因融合

Partek Genomics Suite

Partek Genomics Suite软件的功能十分强大，它具有快速、灵活和高效的特点，让用户可以方便地分析大型基因数据集。主要适用于以下多种数据的处理和分析：

基因表达分析：Partek GS中预置了各种芯片分析工作流程，用户可以方便的导入和分析基因的表达量或者其他基因组数据。

外显子表达量分析：Partek GS提供了一种混合模型的方差分析，这种算法可以帮助用户将参数优化，筛选出理想的差异剪辑基因，同时还可以排除掉低表达的基因或者外显子对结果的干扰。

microRNA芯片分析：可以计算microRNA的表达量，并计算Peak值，同时根据软件内置的microRNA的结合位点数据库，结合同样本的表达谱数据联合分析，研究microRNA的差异表达对整体转录组的表达影响。

分析表达调控芯片数据：Partek GS可以将芯片原始数据导入，进行均一化，将检测到的探针信号比对回基因组区域，注释该区域的基因功能，SNP和序列信息，并将结果图形化。

相关性芯片（SNP芯片）分析：可以基于多种算法进行分型，例如Chi，Hardy-Weinberg Equilibrium和Linkage Disequilibrium，还可以计算每个位点的P-value。

 Partek Pathway

Partek Pathway软件与Partek GS集成，允许用户交互浏览KEGG数据库，应用高级统计模型（Pathway ANOVA）获得准确的生物学分析结果。

Partek Discovery Suite

多年来，研究人员一直希望有一个完美的解决方案来统计和可视化分析科学数据中所蕴含的规律和模式。使用Partek Discovery Suite，用户可以轻松导入、分析和可视化数字数据并与组织中的其他研究人员共享。此外，该软件可以方便地导入和集成各种第三方应用程序、数据库和网站。

Partek Screening Solution是强大的统计分析和交互式可视化工具的集成套件，用户可以快速准确地从基于芯片的高通量筛选中识别选择活性化合物，确定质量问题。

Partek的基因组分析技术已经被发表在高影响力的期刊，如细胞、科学、PNAS、新英格兰杂志医学、临床调查杂志、自然医学、自然等许多其他科学杂志共达6000多次，其中主题包括癌症基因组学、神经退行性疾病、发育生物学和生物标志物研究，对该领域的贡献堪称伟大。

Partek首席执行官Tom Downey表示：“我们很自豪能够在生物芯片研究中发挥作用，并对所有使用我们软件进行研究的科学家表示感谢。虽然这是Partek软件的一个里程碑，但我们感谢所有的研究人员和他们每天所做的贡献，希望我们共同努力以促进科学和医学。”

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