我一定是用了假的KEGG！如何用KEGG分析芯片

我叫林平之，是莫愁师姐的师弟，我想我之前用的都是假的KEGG……

KEGG大家应该都知道，是用来分析浏览信号通路的，但是……为啥KEGG还能分析芯片数据……没错，就是有这样的数据库，叫KEGG Expression：

是的，就是KEGG的表达芯片数据库，左边这个是数据库，右边这个就是用来分析这个芯片数据库的工具KegArray，这玩意还能分析代谢组芯片……艾玛，太人性化了……

于是我下载了一下，是一个Java软件。

蓝后点击这个“.bat”文件，就能进入这个界面了，如果你一直停留在这个界面的话，说明……说明你没有把软件解压在英文目录下面。

等了一会儿，会出现这样的Java软件界面，文件打开Gene从Expression数据库里导入数据。

会弹出这样的对话框，好多芯片，随便选一个哈，右边的就是芯片具体数据了。

导入后需要调整下面这种参数，比如荧光强度阈值，还有比值的阈值。然后会有这样的结果：

还有这样的芯片数据结果：

双荧光芯片的数据图：

拉倒底下，有绘制KEGG信号通路图的功能，点击一下GO：

可以选择是显示上调基因还是下调基因，还是没变化的基因：

确认后会弹出网页，没错，是一堆信号通路的超链接：

随便点一个进去后，你就会发现，产生这样的信号通路图黄色是高表达，绿色是低表达，灰色是表达不变：

是不是很好用？！！！

李莫愁博士：咳咳~现在要给你们讲重点了，重点是这个KEGG数据库主要是微生物的芯片数据，真正人类芯片数据，只有2张……哈哈哈哈……是否可以导入你自己的芯片数据呢？当然是可以的，但是你的数据必须要符合下面这种格式：

是不是觉得……好吧，其实并没有什么卵用呢？有兴趣的可以自己试一试，起码这玩意还挺好玩的。好了，今天就先策到这里吧。