15
年前如果你不做mRNA表达谱你就out了,10年前如果你不做miRNA表达谱你就out了,5年前如果你不研究lncRNA表达谱你就out了,最近几年如果你没听说过circRNA你就落伍了。ceRNA又是何物,各种RNA的相互作用网络如何构建?
审时度势,与时俱进,本次培训将带你了解这些研究热点,这些非编码RNA如何产生,如何行使生物学功能,如何相互作用构成生物网络,我们将为你一一道来。
他山之石可以攻玉
同行是如何研究这些热点的,哪些方法可以为我所用。我们将和你分享一些成功案例,梳理研(fa)究(wen)思(tao)路(lu)。
纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行
看着人家发文章似乎很容易,自己做起来却无从下手。本次培训将手把手教你如何从RNAseq数据(mRNA, lncRNA, miRNA)得到差异表达基因,基因功能富集,生存分析,ceRNA网络构建。教你画出火山图,柱状图,聚类图,热图,气泡图,KM生存曲线,ceRNA网络图。
课程亮点
1、展示高质量paper,阐述非编码RNA发文套路;
2、讲解从mRNA, lncRNA, miRNA数据筛选差异表达基因的方法,直通关键分子;
3、传授非编码RNA靶点的预测方法,构建网络机制;
4、介绍miRNA,circRNA,lncRNA各种数据库、实用工具及其使用方法,充实科研武器库;
5、动手实操,构建ceRNA网络,TCGA和GEO数据一网打尽
6、系统性重复非编码RNA文章中的常见图,用模块化代码绘制一整套分析图,自己修改少量参数便可直接上手,比如这个:
还有这个,
统统都给你!
会议信息
上海班
,时间:
2018年12月08-09日(周六、周日)
地点:上海闵行区吴中路1389号
上海书香世家酒店
广州班
,时间:
2018年12月22-23日(周六、周日)
地点:广东省广州市天河区禺东西路40-2号
广州歌尔爵斯酒店
主讲人
李老师,生物信息学博士,有八年的测序数据分析经验。博士期间参与多个课题项目,涉及机器学习,芯片数据分析,核酸及蛋白序列分析,全基因组甲基化测序数据分析,全转录组测序数据分析,miRNA及靶基因分析,癌症相关基因预测及预后分析等,发表SCI论文32篇,其中一作及并列一作15篇。
工作期间积累了丰富的DNA,甲基化,RNA捕获测序,Amplicon捕获测序实验流程和数据分析经验。具有ctDNA数据分析经验,对变异数据进行注释, 指导临床用药。自行搭建Linux集群,开发测序数据全自动分析平台。
武汉班现场
适合人群
广大临床/科研工作者,研究生,
有无生信基础均可参加
,有R语言基础者更佳。
课程表
Day1
|
8:00-9:00
|
报道,领取资料
|
9:00-12:00
|
背景知识介绍
|
miRNA
,circRNA,lncRNA的产生,作用机制,功能
|
miRNA
,circRNA,lncRNA相关数据库及工具介绍,使用及数据下载
|
ceRNA
案例分享 (包括mRNA-miRNA-lncRNA网络和mRNA-miRNA-circRNA网络)
|
12:00-13:00
|
午休
|
13:00-17:00
|
R
语言简介
|
R
语言概述
|
R
软件及R包安装
|
R
语言语法及数据类型
|
条件语句
|
循环
|
函数
|
17:00-17
:30
|
学员提问及讨论
|
Day 2
|
9:00-12:00
|
利用TCGA数据构建ceRNA网络(实操,基于R)
|
TCGA
简介及数据下载
|
寻找差异表达基因
|
火山图,热图,聚类图,柱状图
|
差异表达基因GO,KEGG富集分析,气泡图,柱状图,KEGG通路图展示
|
mRNA
,lncRNA表达相关性分析,点状图
|
mRNA, lncRNA, miRNA
网络构建,cytoscape展示,hub基因筛选
|
12:00-13:00
|
午休
|
13:00-17:00
|
利用GEO数据构建ceRNA网络(实操,基于R)
|
GEO
简介及数据下载
|
寻找差异表达基因
|
火山图,热图,聚类图,柱状图
|
差异表达基因GO,KEGG富集分析,气泡图,柱状图,KEGG通路图展示
|
mRNA
,lncRNA表达相关性分析,点状图
|
mRNA, lncRNA, miRNA
网络构建,cytoscape展示,hub基因筛选
|
17:00-17:30
|
学员提问及讨论
|
注:
1
、实际授课过程中,老师可能根据学员学习速度对课程进行微调。
2
、请学员自带电脑,尽量使用windows系统(mac系统有可能部分软件无法使用,
请勿使用XP系统,推荐win10
),老师用win10系统进行讲解;电脑配置推荐
8G
及以上内存
,否则部分软件运行可能会卡;想做个生信小能手,8G内存是标配!
3
、本次课程第一天不需要编程,会使用一些带有图形用户界面的工具。第二天课程
会使用R,
会对用到的代码进行详细讲解。
4、本次课程以TCGA数据为例,
但课程中使用的方法对各类疾病RNAseq测序数据都适用,并非仅限于癌症研究;不限于数据库挖掘的数据,也可以是自己的样本送测序公司测序得到的数据
。
报名费:
上海场
12
月2日前
|
12
月3日至7日
|
现场报名缴费
|
3000
|
3200
|
3500
|
广州场
12
月16日前
|
12
月17日至21日
|
现场报名缴费
|
3000
|
3200
|
3500
|
两人组团报名,每人可优惠100元
三人组团报名,每人可优惠200元
四人及以上组团报名,每人可优惠300元
注:
本次学习班提供两天的午餐,其余食宿费用自理,本次培训班按报名顺序排座位号,建议尽早报名。
特别说明:
之前参加过依凡老师
“实用数据挖掘及案例实操班”
线下数据挖掘培训课程的学员参加本次培训效果可能更佳,为了鼓励以往学员在之前的基础上更进一步,
之前参加过“实用数据挖掘及案例实操班”的学员,报名本次培训班
立减200
元
。
反之,参加本次培训班的学员报名
“实用数据挖掘及案例实操班”,也可
优惠200
元。
报名
请联系
特雷西
(微信号:teleixi1001),加微信时请注明“
姓名+报名咨询
”
长按二维码识别关注“小张聊科研”