专栏名称: 小张聊科研
聊聊跟科研有关的感想心得,如基金,文章和实验。
目录
相关文章推荐
51好读  ›  专栏  ›  小张聊科研

既能发paper又能设计基金的生信实操教学,上海、广州约!

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2018-11-21 12:07

正文

请到「今天看啥」查看全文


15 年前如果你不做mRNA表达谱你就out了,10年前如果你不做miRNA表达谱你就out了,5年前如果你不研究lncRNA表达谱你就out了,最近几年如果你没听说过circRNA你就落伍了。ceRNA又是何物,各种RNA的相互作用网络如何构建?

审时度势,与时俱进,本次培训将带你了解这些研究热点,这些非编码RNA如何产生,如何行使生物学功能,如何相互作用构成生物网络,我们将为你一一道来。

他山之石可以攻玉

同行是如何研究这些热点的,哪些方法可以为我所用。我们将和你分享一些成功案例,梳理研(fa)究(wen)思(tao)路(lu)。

纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行

看着人家发文章似乎很容易,自己做起来却无从下手。本次培训将手把手教你如何从RNAseq数据(mRNA, lncRNA, miRNA)得到差异表达基因,基因功能富集,生存分析,ceRNA网络构建。教你画出火山图,柱状图,聚类图,热图,气泡图,KM生存曲线,ceRNA网络图。


课程亮点

1、展示高质量paper,阐述非编码RNA发文套路;

2、讲解从mRNA, lncRNA, miRNA数据筛选差异表达基因的方法,直通关键分子;

3、传授非编码RNA靶点的预测方法,构建网络机制;

4、介绍miRNA,circRNA,lncRNA各种数据库、实用工具及其使用方法,充实科研武器库;

5、动手实操,构建ceRNA网络,TCGA和GEO数据一网打尽

6、系统性重复非编码RNA文章中的常见图,用模块化代码绘制一整套分析图,自己修改少量参数便可直接上手,比如这个:

还有这个,


统统都给你!

会议信息

上海班 ,时间: 2018年12月08-09日(周六、周日)

地点:上海闵行区吴中路1389号 上海书香世家酒店

广州班 ,时间: 2018年12月22-23日(周六、周日)

地点:广东省广州市天河区禺东西路40-2号 广州歌尔爵斯酒店


主讲人

李老师,生物信息学博士,有八年的测序数据分析经验。博士期间参与多个课题项目,涉及机器学习,芯片数据分析,核酸及蛋白序列分析,全基因组甲基化测序数据分析,全转录组测序数据分析,miRNA及靶基因分析,癌症相关基因预测及预后分析等,发表SCI论文32篇,其中一作及并列一作15篇。

工作期间积累了丰富的DNA,甲基化,RNA捕获测序,Amplicon捕获测序实验流程和数据分析经验。具有ctDNA数据分析经验,对变异数据进行注释, 指导临床用药。自行搭建Linux集群,开发测序数据全自动分析平台。

武汉班现场


适合人群

广大临床/科研工作者,研究生, 有无生信基础均可参加 ,有R语言基础者更佳。


课程表

Day1

8:00-9:00

报道,领取资料

9:00-12:00

背景知识介绍

miRNA ,circRNA,lncRNA的产生,作用机制,功能

miRNA ,circRNA,lncRNA相关数据库及工具介绍,使用及数据下载

ceRNA 案例分享 (包括mRNA-miRNA-lncRNA网络和mRNA-miRNA-circRNA网络)

12:00-13:00

午休

13:00-17:00

R 语言简介

R 语言概述

R 软件及R包安装

R 语言语法及数据类型

条件语句

循环

函数

17:00-17 :30

学员提问及讨论

Day 2

9:00-12:00

利用TCGA数据构建ceRNA网络(实操,基于R)

TCGA 简介及数据下载

寻找差异表达基因

火山图,热图,聚类图,柱状图

差异表达基因GO,KEGG富集分析,气泡图,柱状图,KEGG通路图展示

mRNA ,lncRNA表达相关性分析,点状图

mRNA, lncRNA,  miRNA 网络构建,cytoscape展示,hub基因筛选

12:00-13:00

午休

13:00-17:00

利用GEO数据构建ceRNA网络(实操,基于R)

GEO 简介及数据下载

寻找差异表达基因

火山图,热图,聚类图,柱状图

差异表达基因GO,KEGG富集分析,气泡图,柱状图,KEGG通路图展示

mRNA ,lncRNA表达相关性分析,点状图

mRNA, lncRNA,  miRNA 网络构建,cytoscape展示,hub基因筛选

17:00-17:30

学员提问及讨论

注:

1 、实际授课过程中,老师可能根据学员学习速度对课程进行微调。

2 、请学员自带电脑,尽量使用windows系统(mac系统有可能部分软件无法使用, 请勿使用XP系统,推荐win10 ),老师用win10系统进行讲解;电脑配置推荐 8G 及以上内存 ,否则部分软件运行可能会卡;想做个生信小能手,8G内存是标配!

3 、本次课程第一天不需要编程,会使用一些带有图形用户界面的工具。第二天课程 会使用R, 会对用到的代码进行详细讲解。

4、本次课程以TCGA数据为例, 但课程中使用的方法对各类疾病RNAseq测序数据都适用,并非仅限于癌症研究;不限于数据库挖掘的数据,也可以是自己的样本送测序公司测序得到的数据

报名费:

上海场

12 月2日前

12 月3日至7日

现场报名缴费

3000

3200

3500

广州场

12 月16日前

12 月17日至21日

现场报名缴费

3000

3200

3500

两人组团报名,每人可优惠100元

三人组团报名,每人可优惠200元

四人及以上组团报名,每人可优惠300元

注: 本次学习班提供两天的午餐,其余食宿费用自理,本次培训班按报名顺序排座位号,建议尽早报名。

特别说明:

之前参加过依凡老师 “实用数据挖掘及案例实操班” 线下数据挖掘培训课程的学员参加本次培训效果可能更佳,为了鼓励以往学员在之前的基础上更进一步, 之前参加过“实用数据挖掘及案例实操班”的学员,报名本次培训班 立减200

反之,参加本次培训班的学员报名 “实用数据挖掘及案例实操班”,也可 优惠200 元。

报名 请联系 特雷西 (微信号:teleixi1001),加微信时请注明“ 姓名+报名咨询



长按二维码识别关注“小张聊科研”







请到「今天看啥」查看全文