大多数没有拿到项目资助的申请人还处在卷的忧虑中，而对于已经拿到基金项目的申请人来说，项目的结题就成为首要目标。实际上申请人在拿到基金项目结题的过程中遇到的问题同样不少，在与多位申请人沟通讨论后，
我总结了一些常见的问题，并分析其中原因及应对策略，供大家参考
。
注：由于申请的项目级别、项目类型和方向不同，如果大家有不同的观点，请大家按照自己观点就行，你看到的就是对的，没必要抬杠。
虽然大多数项目在假说和设计思路上没有问题，但是我也遇到过一些的项目
在一开始的假说和设计上就有问题的
。这种问题不是理论上完全不可能，而是如果能做出来就是主刊级别的发现（真的是颠覆教科书的发现……）
，而项目则是一个院级或者市级课题。
当然还有一些是一开始设计不严谨造成的，
举个例子：某项目中发现
X
基因在肿瘤中显著高表达
且预后差（
数据支持：公共数据分析，如
TCGA
），所以被认为是癌基因，
生信分析还发现癌
X
基因与肿瘤微环境巨噬细胞
M2
极化有关
（
数据支持：Cibersort等相关性分析
）
，相关机制是肿瘤细胞
X
基因通过抑制免疫原性死亡（铁死亡）
（
数据支持：GSEA数据分析发现X基因高的样本中铁死亡通路活性显著低于低的样本
）
，从而导致肿瘤相关巨噬细胞浸润和
M2
极化。
而通过抑制
X
基因，则可以诱导肿瘤细胞铁死亡，并增加巨噬细胞浸润和诱导
M1
极化，从而发挥抗肿瘤，甚者是改善免疫治疗效果的作用。
做相关研究的读者可以看出来
这个假说大致上是没有问题的，甚至还不错
：涉及到一个新基因
X
，还有细胞的铁死亡、以及肿瘤相关巨噬细胞和巨噬细胞极化
，还有一个改善肿瘤免疫治疗效果的临床意义，
再加上有
X
基因的前期基础，
从项目评审的角度来说，是有一定几率获得资助的
。
但是，如果仔细考虑，就会发现
有很多细节问题没有体现，而这些细节问题都是在执行过程中是非常重要的
，比如：
X
基因是表达在肿瘤细胞中吗？有没有可能不表达在肿瘤细胞上呢？比如表达在
M2
型肿瘤相关巨噬细胞上。
为了让大家有个对照，我们把数据支持的证据列出来，提出另外一个假说。
这是三个
数据的证据
：
-
X
基因在肿瘤中显著高表达
且预后差（
数据支持：公共数据分析，如TCGA
）
-
X
基因与肿瘤微环境巨噬细胞
M2
极化有关
（
数据支持：Cibersort等相关性分析
）
-
X
基因抑制免疫原性死亡（铁死亡）
（
数据支持：GSEA数据分析发现X基因高的样本中铁死亡通路活性显著低于低的样本
）
提出的另外一个假说就是：
在肿瘤细胞驯化巨噬细胞到
M2
型巨噬细胞过程中，
X
基因在肿瘤相关巨噬细胞中被诱导表达，诱导表达的
X
基因则让
M2
型肿瘤相关巨噬细胞抵抗铁死亡，所以
X
基因高表达的
M2
型肿瘤相关巨噬细胞比例高。
换句话说：
再来看一下
数据证据，是不是都符合？
-
M2
型巨噬细胞促进肿瘤进展正相关，
X
基因在
M2
型巨噬细胞中显著高表达，所以
X
在肿瘤中显著高表达且预后差
，
没问题吧？
-
X
基因在
M2
型巨噬细胞中显著高表达，在
相关性分析中正相关
，
没问题吧？
-
X
基因
M2
型巨噬细胞抵抗铁死亡：
X基因高的样本中铁死亡通路活性显著低于低的样本
，
也没问题吧？
所以，关于
X
基因到底在肿瘤细胞、还是巨噬细胞，还是基质细胞表达？以及
X
基因是促进巨噬细胞
M2
极化，还是在
M2
型巨噬细胞中高表达（并抑制其铁死亡），就是要考虑和验证的地方。反过来说，
如果没有预实验结果排除后面这些可能性
，
这个项目的假说就只是证明的其中的一个可能，专家也未必会指出来，但是在执行中就会遇到问题：
比如你已经默认了
X
就是表达在肿瘤细胞的，然后你检测细胞系中
X
的表达，发现细胞系中
X
根本不表达或者表达很低，那还怎么做敲降呢？
当然这个问题是大家遇到比较多的，实际上遇到的问题多得多，而且假说和设计一开始可能未必能完全想到，有很多问题是实验完成后仔细分析才能发现的。
这个问题也很常见，特别是这几年比较卷以后，有很多项目的内容越来越多，假说也越来约复杂，比如青年项目基本上对着面上项目内容靠（资助经费增加也是一个合理的原因），如果假说都能完成基本都是
15
分以上的研究了，而面上项目则更加复杂化。反倒是对某个科学问题的探讨不够深入，这样反倒让评审专家很容易抓到设计上存在的问题。
我们看一下如果一个课题设计特别复杂后，可能会带来多少问题：
以常见的细胞间通讯串扰为例，常见的思路是A细胞表达B配体，结合C细胞的D受体，进而调控D细胞的E表型，最终参与F临床问题
。
我们列一下要考虑的问题：
-
为何是
A
细胞调控
D
细胞？有没有可能
D
细胞调控
A
细胞，或者
A
细胞
-D
细胞需要互相调控，这样信号在
A-D
之间不断放大才能发挥作用？
-
为何是
A
细胞，而不是其它细胞？甚至是
D
细胞自己？
-
为何是
A
直接到
D
细胞，有没有可能
A
细胞通过另外一个
X
细胞，再到
