专栏名称: 小张聊科研
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免费:《医学部30科研热点》作用机制导览图(Snapshots).rar

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2019-01-16 14:53

正文

2019年里,无论是写标书的,还是正在找课题思路的科研汪,综述、文献是不是看的头都大了!反正小师弟我是熬夜眼睛发直了!最近小师弟发现了一些好东西,让大家通过一张图就秒懂该热点的所有分子调控机制,再也不用熬夜看文献啦!

听说你的标书思路又被主任喷了(推广)

《科研什么最值钱?导师:Idea儿,Idea儿,还是Idea儿》一文中,我们为大家总结了目前研究课题由来的几种方式:实验室本身的课题,隔壁实验室来的灵感,审稿人给的思路,拍脑袋拍出来的思路等等。

但是,不管是哪一种方式,我们都需要对课题目前的研究现状有所了解,主要包括以下一些方面:

  • 这个课题属于什么范畴呢?甲基化,表达调控,还是表观遗传学?

  • 这个课题还算是研究热点吗?万一都凉透了(比如,心肌干细胞),还指望此课题发表高IF的文章?得了吧,能发够3分保毕业就不错了。

  • 这个领域有哪些大牛呢?大牛因为哪些发现/发明或者回答了哪些问题,因此成为大牛?

围绕这个课题,哪些问题/idea是已经研究过了,哪些问题/idea还没有被研究过?被研究过的问题/idea,发表的论文能够充分解释或者说明这些问题/idea吗?如果不能够充分解释,我还能从哪些角度来研究/回答呢?如果没有被研究过,是因为大部分研究者没有想到,还是因为课题研究难度太大,所需设备过于高大上?针对这些问题我所提出的idea,可行性如何?需要做哪些实验来验证我所提出来的idea?符合预期的实验结果,又能够多大程度支持我的假设?

医学部国自然30大热点(包括信号通路pathway图)


文件之一:肿瘤相关miRNA


为了回答上述问题,有的童鞋选择在实验室泡上一年半载,在师兄师姐导师强大的学术氛围浸淫下,终于有所感知(更别提有些坑huo导师,就是把学生当奴隶使,根本不跟学生讨论课题,根本不告诉学生做这些实验的目的,而且让学生忙得团团转,连看文献时间都没有)。有的童鞋选择阅读大量文献,个把月后终于对研究现状有所了解(但是,在论文爆炸的年代,童鞋们经常遇到的事情是,lost in details,被各种互相矛盾的报道搞得晕头转向,再也出不来了)。

不知道童鞋们,尤其是科研新手,或者刚刚进入某个领域的童鞋,是不是经常被这些问题困扰呢?


很多童鞋肯定会说,我一般都是看几篇文章,然后找到相关领域的重要综述,多读几篇综述就好了。对的,小师弟以前一直也都是这么干的,直到发现了这个网站- SnapShots(https://www.cell.com/snapshots),简直就是综述中的综述。通过它,个把小时就可以将课题研究内容及其研究现状了解个大概。更妙的是,通过SnapShots,我连寻找综述以及寻找大牛的时间都省了大半,直接看它的参考文献就可以了。SnapShots简直就是业界良心啊,有木有?

 

20大信号通路Snapshots简图


打开SnapShots首页,简单粗暴的全是PDF缩略图,根本就是赤裸裸的秀肌肉!小师弟去年年初用IDM进行批量下载的时候,发现一共有295个主题PDF(现在肯定超过300个了),而且图文俱佳,制作精良,都是海报级制作。更为关键的是,这些PDF都可以免费下载。此外,所有PDF都没有超过4页,模式基本上都是一张图(一图胜千言哪),一页文字介绍,然后就是几篇重要的参考文献(以综述类文献居多)。妥妥的武功秘籍精要既视感!!


页面上方有不同的标签,点击标签,就可以展示所有细分领域下的研究主题。不过小师弟很少去点击不同的标签,一般都是用浏览器的查找功能(ctrl+F),输入关键词直接定位到相关研究主题。

下面小师弟以选择性自噬为例,为大家展示一下SnapShots的精妙。(原谅图片不清楚,毕竟手机页面太窄,而这些图片都是bigpictures。下面我会拆解开来让大家看清楚。)

从这张图上面,我们立刻可以看到选自噬的全景图:自噬可以分为microautophagy(微自噬,小自噬),macroautophagy(巨自噬,大自噬)以及chaperon mediatedautophagy(分子伴侣介导的自噬,也是具有选择性的)。其中,microautophagy以及macroautophagy又都可以分为selective和unselective两种类型(参见下图,图由于篇幅所限并没有出现unselectivemicroautophagy,毕竟PDF主题是selectiveautophagy)。而我们平时常说的自噬,一般指的都是巨自噬。

在真菌、线虫以及哺乳动物中,自噬发生发展的分子机制并不是相同的。底物识别分子,受体分子,支架蛋白都是不一样的(详细参见下表)。

其中,selective microautophagy又包含如下几个分类:Endosomal Microautophagy(e-MI)和Micronucleophagy/Piecemeal Microautophagy of the Nucleus or PMN。此分类并没有出现在图中,而是出现在下一页的文字中。此外,这个综述中没有出现的micropexophagy, micromitophagy也属于selective microautophagy。

即使是在哺乳动物中,根据自噬底物的不同,selective macroautophagy也可以进一步划分为多种不同类型的自噬,分别为:mitophagy(线粒体),pexophagy(过氧化物酶体),reticulophagy(内质网),ribophagy(核糖体),midbophagy(midbody,见于细胞分裂过程中),xenophagy(外来病毒或者细菌),以及glycophagy(糖类), lipophagy(脂滴),aggrephagy(错误折叠蛋白),和 zymophagy(zymogen granules,酶原粒)。

还有一个未被分类的Chaperone-Assisted Selective Autophagy(CASA)


在文字部分,作者还对部分自噬都做了简单介绍。包含了下图所有信息。

尽管存在这些不同类型的自噬,但是selective autophagy的分子机制都可以用cargo/ligand-receptor-scaffold模型来解释。Receptor负责自噬底物的识别,scaffold负责将底物招募到自噬泡附近。而且从这些图中,我们可以非常直观地看到Mitophagy中的明星分子PINK1,Pexophagy中的明星分子PEX14。还有,很明显,LC3是位于自噬泡上的一个分子marker,可以用来指征自噬的发生水平(当然,更具体的说明需要参考文字及其参考文献)。

那么,SnapShots能够告诉我当前研究热点以及尚未解决的问题吗?当然可以。如下图所示,黄色高亮告诉我们,自噬底物的选择性是当前研究热点;而红色高亮告诉我们,在哺乳动物中,尚未找到酵母自噬支架蛋白Atg11的同源物。类似的例子有很多,大家可以自己去实践(不过也有不少研究主题中并没有指出这些)。

那么,参考文献可以告诉我这个领域的大牛吗?答案也是可以的。我们以其中的一个通讯作者Klionsky DJ(这个名字应该不会重名的吧)在pubmed中进行搜索,出来的结果,我的乖乖,吓死了,N Engl J Med,nature review系列,CNS系列,应有尽有,完美诠释什么叫做顶刊随便灌水。截个图,大家感受一下(标题中autophagy都用黄色高亮标出)。

 

但是比较悲伤的一点是,在参考文献中并没有出现因为发现自噬机制而获得2016年诺贝尔生理学或医学奖的日本学者Yoshinori Ohsumi,算是稍有遗憾。小师弟猜测,这主要是因为SnapShots引用的基本都是综述,而Yoshinori Ohsumi是因为原创发现而获奖,他老人家写的高分综述并不多(可以自己去搜索验证)。也就是说,我们可以用SnapShots快速了解一个研究领域,但是为了做好科研,更多的功夫还是需要自己付出。所谓师傅领进门,修行在自身,SnapShots不失为一个好师傅,大家好好利用吧。

 

参考资料:

1.SnapShots(https://www.cell.com/snapshots)

2.  www.cellsignal.com/contents/science/cst-pathways/science-pathways


下载方式(左下角”阅读全文“)

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务必备注:机制导览图

务必备注:机制导览图

务必备注:机制导览图


另附资源:免费:《医学部20大科研热点》高分必读综述合集.rar

另附资源:免费:《医学部20大科研热点》技术路线、实验方案合集.rar

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