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ggplot2快速入门

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2021-01-06 22:05

正文

ggplot2是一个做科研都会用到的R包。其实它的使用并不难,这次推文我将会使用ggplot2自带的测试数据,和大家快速了解,入门ggplot2。

从 diamonds 数据集中,随机抽取一些数据:

  1. ###加载包

  2. library(tidyverse)

  3. install.packages("ggsci")

  4. library(ggplot2)

  5. data("diamonds")

  6. set.seed(1000)

  7. ###使用sample_n进行抽取

  8. small_diamondssample_n(diamonds, size=500)

画图首先需要构建一个画布,画出对对应的坐标轴。

  1. ggplot(data=small_diamonds,aes(x=carat,y=price))+theme_classic()

构建好画布之后,就可以在画布上加点了,又叫做添加几何对象:

  1. ggplot(data=small_diamonds,aes(x=carat,y=price))+

  2. geom_point()+theme_classic ()

接着我们可以根据这个数据中,cut的类型给这些点上色。

  1. ggplot(data=small_diamonds,aes(x=carat,y=price))+

  2. geom_point(aes(color=cut))+

  3. theme_classic()

除了默认的配色之外,还可以使用一些调色版来配色,例如使用ggsci,一个我之前提到过的发CNS配色必备的R包。

R包ggsci:一步完成CNS级别的图片配色

  1. ###这里选用nature期刊推荐的配色

  2. library(ggsci)

  3. ggplot(data=small_diamonds,aes(x=carat,y=price))+

  4. geom_point(aes(color=cut))+

  5. scale_color_npg()+

  6. theme_classic()

下面继续调整点的大小和形状,让它看起来更有质感。

  1. ggplot(data=small_diamonds,aes(x= carat,y=price))+

  2. geom_point(shape=21,size=4,color='black',aes(fill=cut))+

  3. scale_fill_npg()+

  4. theme_classic()

再继续使用labs(),设置标题,横轴纵轴标题,图例标题:

  1. ggplot(data=small_diamonds,aes(carat,y=price))+

  2. geom_point(shape=21,size=4,color='black',aes(fill=cut))+

  3. scale_fill_npg()+

  4. labs(title='test point plot',

  5. x='weight of the diamond',

  6. y='price in US dollars',

  7. fill='quality of the cut')+

  8. theme_classic()

最后就是使用scale函数对横轴轴进行刻度的调整:

  1. ggplot







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