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几篇综述带你迅速入门环状RNA研究

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2017-06-27 18:36

正文

LncRNA火了也有一阵子了,它的好基友环状RNA(circular RNA,circRNA)也是越来越热了,今天本宫就给大家分享几篇环状RNA的综述,为小伙伴们打开新世界的大门。


先给大家简单科普一下circRNA。相比于普通RNA(链状RNA),circRNA不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴,它以共价键连接首尾,形成封闭环状结构,这一结构使它不易被核酸外切酶RNaseR降解,故而比RNA更加稳定。目前认为,circRNA是由前体RNA(pre-mRNA)通过反向剪接反应(back-splicing)这一特殊的选择性剪接产生的。circRNA多数源于外显子(exon),少部分由内含子(intron)直接环化形成,一般来说circRNA具有高度的保守性。




机智的分割线






1、Biogenesis of Circular RNAs (Cell, September 25, 2014)

想要研究circRNA,首先得了解它是怎么来的。Ashwal-Fluss [1], R.和Zhang, Y. [2]两位大牛的研究为我们理解circRNA的产生机制打下了坚实的基础,而这篇综述则能够让你最快速地了解先前研究的结论,为你提供巨人之肩。

mRNA转录本的转录后命运


2、The biogenesis and emerging roles of circular RNAs.(Nat Rev Mol Cell Biol, 2016 Apr)

circRNA在机体内的表达水平通常比较低,但近来研究发现一些circRNA在特定的细胞或组织中存在着异常表达,这些circRNA能够影响miRNA,或是调节转录,亦或是影响剪切,这些新的发现都极大地拓展了我们对真核生物转录组的了解。这一篇综述详尽地介绍了circRNA的生成机制以及在真核生物转录组中的作用机制。

circRNA在基因调节中的作用机制。(A)吸附miRNA;(B)促进相应的编码基因的Pol II的转录;(C)结合相应基因的启动子序列;(D)与普通mRNA的剪切竞争,影响对应基因表达。


3、Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges (Nat Rev Genet. 2016 Oct 14)

circRNA的研究离不开测序和各种生物信息学方法,但是目前还没有检测circRNA的金指标,利用生物信息学算法做的预测也有着很大的偏差。如果你想通过circRNA测序进行circRNA的研究,这篇综述非看不可,它能够你检测circRNA的过程中可能会遇到哪些问题,以及如何处理。

利用RNA-seq检测circRNA所面临的挑战


4、Circular RNAs in human cancer(Mol Cancer. 2017 Jan 31)

肿瘤研究怎能少得了circRNA?这篇综述算是中规中矩,可以当个资料库用用,可以方便我们查一查哪些肿瘤中有哪些circRNA已经研究过了。另外这篇综述中还提供了不少有关circRNA的数据库,小伙伴们可以收藏一下!

有关circRNA研究的数据库


5、Circular RNAs in Brain and Other Tissues: A Functional Enigma (Trends Neurosci. 2016 Sep)

circRNA在神经形成以及突触可塑性等生物学过程中起到了重要作用,但是还有许多未知的东西在等待着我们,愿这篇综述能够成为你在神经相关的circRNA研究中的引路人!

circRNA在突触神经纤维网中存在富集


6、Circular RNAs in heart failure (Eur J Heart Fail. 2017 Jun)

说完神经领域,心血管领域也是有一篇大作的。由于circRNA的稳定性和保守性,所以在作为biomarker方面,它是比lncRNA或者miRNA更具有优势的,本文着重介绍了心衰竭相关的circRNA biomarker,并且在文章的最后展望了一下未来研究方向(Discussion有内容写了,有木么?!实验设计有方向了,有木有?)。

RNA分类

有关ceRNA机制的综述还请参见之前的文章有关lncRNA不得不看的十篇综述!

最后希望杭州的盆友积极响应X湿兄的讲座哦~这样他才有动力准备circRNA的讲座嘛!


参考文献:

1.             Ashwal-Fluss, R., et al., circRNA biogenesis competes with pre-mRNAsplicing. Mol Cell, 2014. 56(1):p. 55-66.

2.             Zhang,Y., et al., Circular intronic longnoncoding RNAs. Mol Cell, 2013. 51(6):p. 792-806.

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