我理想中的科研应该是据理力争的辩论，而不是居高临下的指出对方明显的事实错误！
因为在科研中， 应该追求真理、理性探讨，并且勇于质疑和验证假设。科研的本质是探索未知、发现新知，这一过程往往伴随着对现有知识和理论的挑战。以下是科研中应遵循的一些原则：
- 科研人员应该基于证据和逻辑，对任何假设和结论提出质疑，包括那些被广泛接受的观点。
- 科研环境应该鼓励开放和坦诚的讨论，允许不同的观点和意见得以表达和探讨。
- 科研应该基于客观事实，任何观点和理论都需要通过实验数据和科学方法来支持。
- 在同行评审和学术讨论中，应该公正无私，避免任何形式的偏见和利益冲突。
- 科研人员应该清晰、透明地报告研究方法、结果和局限性，以便其他研究者可以复制和验证。
在科研交流中，如果发现对方有明显的事实错误，应该以尊重和建设性的方式提出指正，而不是采取居高临下的态度。通过理性的辩论和讨论，科研界可以不断进步，更接近真理。
但是现实情况是
我看到的都是事实性的错误，指正它就完了，压根就没有辩论的空间！比如交流群的各个小伙伴提供的素材，大概有100多单细胞文献都或多或少有一些“无关痛痒”甚至“致命”的bug，我稍微整理了其中5个文献，有意思的是感兴趣的小伙伴很少很少，而且没有人参与讨论。
2024的3月份在Nature Medicine 杂志的文章
标题是：《Single-cell transcriptomic analyses reveal distinct immune cell contributions to epithelial barrier dysfunction in checkpoint inhibitor colitis》，这个文章是发表在2021的预印本的研究，也就是说早在2020左右就已经完成了152个样品的单细胞转录组，那个时候起码还得三四万一个样品，这就是500万人民币的经费在燃烧了。
对应的数据集是：GSE206301，下载它提供的每个样品的表达量矩阵文件和cellranger报表，就会发现每个样品质量都惨不忍睹！
详见：质量不够就靠数量来凑的顶刊单细胞文章
2024的 sorted CD45+CD19+ B cells 细分亚群
标题是：《Intratumoral CD38+CD19+B cells associate with poor clinical outcomes and immunosuppression in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma》，如果是复现作者的数据分析，可以看到作者定义的 SSR4+ cluster 就很尴尬了其实是流式细胞技术的缺陷让b细胞里面混入了pDC这个单细胞亚群而已。详见：流式细胞筛选能保证多大程度的细胞亚群纯度呢。
详见：公共数据库验证出来了就是对的吗
2024的 淋巴管血管侵犯相关肿瘤成纤维细胞
中山大学孙逸仙纪念医院的新鲜出炉的单细胞文章：PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞通过 ITGA11-SELE 相互作用促进早期癌症的淋巴血管侵袭和淋巴转移，是13个scRNA样本，包括4个癌旁，6个淋巴血管侵犯（LVI）positive，3个LVI negative。对应的数据集是：GSE222315。关注点就是 PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞就是作者的 编号1的成纤维亚群 ，它确实是可以非常好的区分成为两个单细胞亚群，作者的编号2和3亚群其实就是免疫细胞和上皮细胞，但是因为并不是文章的重点所以这个小瑕疵就无伤大雅了。
详见：如果你定位到了个不纯粹的单细胞亚群，因为算不上什么大错误的成纤维细胞亚群的细分操作
2024的软骨（cartilage）组织的单细胞转录组
文章：《Unveiling inflammatory and prehypertrophic cell populations as key contributors to knee cartilage degeneration in osteoarthritis using multi-omics data integration》，它对应的数据集是：GSE255460 ，详细的解读见：样品分组都弄错了，数据分析结论还可靠吗。文章定义的InfC可能是巨噬细胞和t细胞等免疫细胞，而preInfC可能是成纤维和内皮细胞周细胞等间质细胞。
详见：在本来就不应该存在某单细胞亚群的实验中发现了它？其实这个是最有可能发展为科研辩论的，可惜的是现有的科研环境不支持这样的事情发生！！！
在科学史上，有许多著名的科研辩论案例
这些辩论往往推动了科学的进步和知识的发展。以下是一些经典的科研辩论案例：
- 伽利略支持哥白尼的日心说，即太阳而非地球位于宇宙中心。这一观点与当时的教会支持的地心说相冲突，导致了历史上著名的科学与宗教的辩论。
- 查尔斯·达尔文提出了自然选择理论，这一理论挑战了当时普遍接受的物种不变论。《物种起源》的出版引发了关于生物进化的激烈辩论。
- 阿尔弗雷德·魏格纳提出大陆漂移假说，认为地球上的大陆曾经是一个整体，后来逐渐漂移分开。这一理论最初遭到怀疑，但最终被板块构造理论所证实。
- 詹姆斯·沃森和弗朗西斯·克里克提出了DNA的双螺旋结构模型，这一发现是分子生物学领域的重大突破，但在当时也经历了与其他科学家的激烈讨论。
- 斯蒂芬·霍金关于黑洞辐射的理论引发了关于黑洞是否摧毁信息的辩论，这一问题至今仍然是理论物理学中的一个活跃话题。
- 格雷戈尔·孟德尔的遗传定律在19世纪末被重新发现后，对于遗传的理解和生物进化的研究产生了深远影响，尽管在他生前并未得到广泛认可。
- 安东尼·范·列文虎克通过自制显微镜观察到了细菌和原生动物，他的发现挑战了当时关于自然发生的普遍信仰。
- 艾萨克·牛顿和戈特弗里德·莱布尼茨之间的微积分发明权之争是数学史上著名的科学辩论之一。
- 西格蒙德·弗洛伊德的精神分析理论在20世纪初引发了广泛的讨论和争议，对心理学和文化产生了深远影响。
- 埃里克·罗森伯格关于肥胖基因的研究引发了关于遗传与环境因素在肥胖中作用的辩论。
这些辩论案例展示了科学知识是如何通过不断的质疑、讨论和实验验证来发展的。在科研过程中，辩论是科学进步的重要驱动力。我记得咱们华语科研圈也参加有过一次辩论：
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虽然没有我理想的辩论，不过大家在处理自己的单细胞转录组数据的时候或多或少都有瑕疵，我当然理解大家“孤军奋斗”的苦恼，所以我这里提供事无巨细的答疑给大家！
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