转录因子的实验研究方法简单介绍

现有主流的转录因子鉴别方法可分为两种：传统实验鉴别（experimental methods）以及通过计算机进行的生物信息学鉴别（computational methods）。简单来说，实验方法主要用于寻找不同类型目标，即通过已知TF寻找未知TFBS，或通过已知TFBS找出其对应TF。而生物信息学方法更多是用于同类型的预测，即通过序列保守性分析，通过已知TF预测未知TF，或通过已知TFBS预测未知TFBS。

实验筛选方法主要有两种思路：

1.通过已知TF寻找未知TFBS；

2.通过已知TFBS寻找未知TF。

无论哪种手段，前提都是基于蛋白与DNA之间的结合关系寻找，即交叉寻找目标，这有别于计算机技术的同类型寻找。

通过已知TF寻找未知TFBS

如果已经锁定了一个感兴趣的TF，那常用思路是确定其TFBS，然后得知道它控制的下游基因。从已知TF定位到未知TFBS的过程，主要的实验方法包括ChIP-seq、DNaseI-seq、DamID-seq等体内实验，以及DIP-seq、SELEX(-seq)、PBM等体外实验。

通过已知TFBS寻找未知TF

比较常见的实验研究方法是酵母单杂交（Yeast one Hybrid，Y1H）及被称为反向ChIP实验 的PICh（Proteomicsof Isolated Chromatin segments）。

注意事项

1.体外实验虽然可以鉴别很多蛋白-DNA相互作用，但由于生物体复杂性（共调控因子，竞争性转录因子等），这些体外识别的相互作用难以在体内重复或发现。

2.体内实验比较真实地还原转录因子-DNA之间的作用，却难以鉴别出直接还是间接作用关系。

3.利用PBM方法可以完成de novo TFBS鉴别。

4.检测通量一般受限于蛋白质的纯化质量及数量。

5.大多数方法难以分析解离系数，因此对DNA或蛋白质的洗脱难以把握。

6.除了实验方法，通过计算机技术鉴别结合位点的保守性从而预测新的转录因子目标区域已经被大量使用。但无论何种算法，这些预测都过于简单化TF-DNA之间的作用关系，从而造成极高的预测假阳性率。