小编最近关注到今年3月刚刚发表在Communications Biology( IF:5.9/Q1)杂志上一篇识别TCGA泛癌免疫检查点(ICP)相关lncRNA的纯生信文章，看到后不禁陷入了思考。都2024年了，公共数据的纯生信TCGA泛癌挖掘lncRNA为何还能发一区的近6分杂志呢？带着这样的疑惑小编仔细阅读了文章，结果发现该文章使用了一个连Nature Communications都在用的lncRNA分析方法：偏相关分析。偏相关分析(Partial Correlations Analysis)也称净相关分析，是指当两个变量同时与第三个变量相关时，将第三个变量的影响剔除，只分析将要探索的两变量间相关程度的过程。
小编查阅文献也发现近两年多篇质量不错的泛癌层面识别热点相关lncRNA的文章都是使用该方法进行lncRNA挖掘。不过统计方法只是研究手段，研究中更重要的是思维，课题开展的关键是因果推断是否合理。因此小编通过整理相关文章为大家总结了适用该方法的泛癌lncRNA发文思路：首先选择一个关注点，选择热点的话会很加分呦；接着使用偏相关分析识别泛癌中该热点相关的lncRNA；最后就是对识别的热点lncRNA进行多角度刻画。接下来小编通过3篇典型文章带大家了解该分析思路。
文章一：该文章就是上面提到的今年3月发表在Communications Biology杂志上识别TCGA泛癌免疫检查点相关lncRNA的文章。文章内容丰富，逻辑清晰，值得一提的是结果的可视化也比较好。文章主要内容如下：
The landscape of immune checkpointrelated long non-coding RNAs core regulatory circuitry reveals implications for immunoregulation and immunotherapy responses
免疫检查点相关的长链非编码RNA核心调控回路图谱揭示免疫调节和免疫治疗反应
文章的主要流程如图1所示。该研究通过识别泛癌中ICP相关lncRNA，分析了ICP、lncRNA和免疫基因间的调控关系。接着识别了免疫调节中发挥核心作用的关键ICP相关lncRNA。此外，研究也根据ICP相关lncRNA对癌症进行分型。研究也分析并验证了ICP相关lncRNA对预后和免疫治疗应答的预测效能。
图1 ICP相关lncRNA的识别流程
文章二：该文章是发表在BMC Medicine(9.3/Q1)杂志上利用TCGA泛癌队列识别糖酵解相关lncRNA的纯生信文章。文章聚焦糖酵解相关lncRNA，逻辑清晰，很具有代表性，其主要内容如下：
Glycolysis-associated lncRNAs identify a subgroup of cancer patients with poor prognoses and a high-infiltration immune microenvironment
基于糖酵解相关lncRNA识别预后不良和高浸润性免疫微环境的癌症亚型
文章的主要流程如图2所示，文章基于TCGA泛癌症队列利用偏相关分析识别了糖酵解相关的lncRNA，并基于这些lncRNA对患者进行分型分析。研究进一步分析了不同亚型间患者的基因组、转录组、表观组及临床结局等的差异。此外，研究也分析了关键的糖酵解相关lncRNA与免疫微环境的关联及参与调控的功能。
图2 泛癌糖酵解相关lncRNA的识别及分析流程
文章三：其实和这两篇文章类似的，早在2020年Nature communications(16.6/Q1)就发表过一篇使用偏相关识别泛癌免疫相关lncRNA的文章。文章的主要内容如下：
Pan-cancer characterization of immune-related lncRNAs identifies potential oncogenic biomarkers
基于泛癌免疫相关lncRNA的特征识别潜在的致癌生物标志物
文章的主要流程如图3所示，研究识别了33种癌症中免疫相关的lncRNA。研究也分析了免疫相关lncRNA与免疫细胞浸润的关联。此外，研究也基于免疫相关lncRNA对癌症样本进行分型，并进一步分析了这些亚型间突变负荷、免疫细胞浸润、免疫调节基因表达、治疗应答及预后差异。
图3 识别免疫相关lncRNA的流程
我们可以看到今天分享的这三个文章都关注了泛癌lncRNA，只不过选择的关注点有所区别，20年时的热点是肿瘤免疫，接着第二篇文章则关注了当时大火的糖酵解。进一步随着免疫治疗的发展，今年免疫检查点相关lncRNA的纯生信分析也同样发了近6分。将这三篇文章整合起来一个潜力巨大的受到nature communications认可的发文思路也就呼之欲出了。
其实时隔四年仍有这一系列泛癌lncRNA挖掘文章的出现也提示我们：目前识别热点相关的lncRNA，并对识别的lncRNA进行多角度刻画，仍然是一个稳定的5+泛癌纯生信发文思路，毕竟热点年年有。
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