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被细胞渣后,实验前功尽弃,师姐含泪祭出「鉴渣」指南

生物学霸  · 公众号  · 生物  · 2024-10-23 17:21

正文

名词解释

「渣胞」——指在实验中表现出不忠诚、不负责行为的细胞,常常给天真的实验室打工人带去伤害。


没想到母胎 solo 的我居然被小小一个细胞渣了,还是反复被渣。「渣胞」有明显的胞传胞行为,大家快自查下,看看自家的细胞是不是「渣胞」!文末有胎牛血清试用活动(点此申请),参与就有机会赢取华为手表、Redmi 投影仪、午休椅、猫王蓝牙音箱等精美好礼。


「渣胞」鉴别指南

1

喜欢和其他细胞厮混

具体表现为:细胞间交叉污染,导致实验结果异常,严重者导致已发表文章被撤稿!

2017 年发表在 PLoS One 的一篇文章中发现 32,755 篇文章报告了研究中细胞识别错误;

2010 年《国际癌症杂志》(IJC)统计出一列表,在 346 篇文章中,有 103 篇存在细胞被 Hela 细胞污染的情况;

2017 年武汉大学病毒学国家重点实验室对国内 28 个研究机构的 278 株常见人源肿瘤细胞系进行 STR 鉴定后发现,22 个研究机构的 128 株细胞存在交叉污染/错误鉴定的情况,错误率高达 46%。


2

性格挑剔,阴晴不定

具体表现为:好吃好喝供着,说翻脸就翻脸。昨天刚传的代,今天就能马上死给我看;正常 1~2 天就可以长满的细胞,4~5 天才能勉强长起来;原本梭形的细胞养着养着就变成圆形了。


3

表里不一,挂羊头卖狗肉

具体表现为:提供虚假信息,冻的细胞 A,标签写的细胞 B;地摊买的劣质 marker 笔偷偷掉色,从液氮罐里捞出来早已看不清是什么细胞,以为是 HK2 细胞,实际是 HT22 细胞,真是大意失荆州。








你在实验过程中是否也遇到过这些情况?下游实验效果差,数据根本无法复现!用错细胞,后果真的很严重!


实验结果不正确、影响研究结论有效性

严重影响实验可靠性、重复性

影响生物药的研发、疾病治疗机制的研究

投稿被拒、延期毕业、文章被撤、前功尽弃!


下面是三大细胞避渣措施,希望大家避开细胞培养陷阱,找到真正值得「托付」的细胞,一同顺利发文,顺利毕业:


 1. 通过 STR 鉴定确认细胞系身份

STR 鉴定通过检测细胞中的短串联重复位点(Short Tandem Repeat,简称 STR),通常由 2 到 7 个碱基对组成,不同细胞系在该位点的重复次数不同,以此确定细胞系的来源和纯度。


01

细胞 DNA 提取

02

DNA 质检

03

PCR 扩增

04

DNA 片段检测

05

软件分析得到基因分型和图谱

06

与数据库对比并获取分析结果


国际细胞系认证委员会(ICLAC)关于细胞鉴定的指南(Guide to Human Cell Line Authentication)中重点介绍了这种广泛使用和接受的方法,并且被 ATCC 等机构强烈推荐。

美国的 ATCC 细胞库、德国的 DSMZ 细胞库以及日本的 JCRB 细胞库等为 STR 分型提供了各细胞株的数据库供对比使用。

ICLAC 定期整理了已知因交叉污染或其他机制而被错误识别的细胞系登记册(https://iclac.org/databases/cross-contaminations/)。


根据 ICLAC、ATCC、IJC 等机构的指南,以下情况建议进行细胞 STR 鉴定

 刚获得的细胞系或新建立的细胞系

 细胞系冻存保种或长期冻存后准备使用前

 使用细胞进行临床治疗(试验)前

 涉及细胞的实验项目开始/结束/或文章投稿前

 细胞系表型出现任何变化时或结果与预期差别较大时

 细胞系经历耐药实验后

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 2. 避免支原体污染

 佩戴个人防护设备,如一次性灭菌手套、口罩、实验服和护目镜等,操作前认真手消毒。

 操作时避免说话或打喷嚏,避免液体飞溅、溢出。避免将未高压灭菌的液体带进操作台并开盖使用,防止气溶胶污染。

 定期清空并消杀水浴设备,培养箱,包括水盘。

 细胞复苏几天后,对新细胞培养物进行支原体检测,所有进入实验室的细胞培养物都需经过支原体检测。


 3. 选用合适的血清

血清是细胞培养基的重要成分,对维持细胞正常生长和功能有重要作用。细胞培养过程中,血清浓度和血清质量都需要严格把控。


完全培养基中的血清浓度一般为 5%~20%。血清浓度过低,会导致细胞生长速度缓慢,处于「饥饿」状态的细胞形态可能也会发生改变;血清浓度过高,会导致细胞过度增殖及分化,可能影响细胞特定功能。

确保血清品质,需使用不含支原体、细菌、真菌、BVDV、BPV 等优质血清,保证经过灭菌处理,符合质控标准,保障细胞的生长状态良好和营养成分充足。

尽量选用批次间差异小的血清,确保血清质量的稳定性,还能减少实验结果的不可重复性。


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内容策划:王丹琦

内容审核:吴军

题图来源:图虫创意