本文介绍了温州医科大学附属第二医院博士生发表在J Adv Res上的关于巨噬细胞研究文章的内容。文章研究了ARDS(急性呼吸窘迫综合征)的发病过程,通过RvD1药物抑制炎症的机制。文章通过一系列实验验证巨噬细胞在其中的作用,并利用二代测序寻找潜在靶基因,发现S100A8/A9是其中一个关键基因。然而,文章在机制研究和逻辑推理方面存在不足,对实验结果的分析和解释不够充分。
研究通过假设RvD1对RAM产生影响来抑制炎症,采用LPS诱导小鼠ARDS后使用RvD1治疗,发现炎症反应被缓解。通过耗竭巨噬细胞后,RvD1的治疗效果被覆盖,表明RvD1促进的炎症消退依赖于巨噬细胞。此外,研究发现RvD1增加RAM增殖并促进巨噬细胞吞噬作用和对M2极化的作用。
研究发现S100A8/A9是潜在的RvD1靶基因之一,通过验证发现使用RvD1后能有效抑制S100A8/A9的表达。此外,通过对S100A8/A9的敲减分析,发现其对巨噬细胞细胞周期和吞噬能力的影响。
文章逻辑推理存在不足,机制研究相对单薄。需要进一步深入研究RvD1造成S100A8/A9表达抑制的具体原因和调控机制。
文章对巨噬细胞在ARDS中的作用及RvD1的潜在机制进行了一定的研究,但存在分析和解释不足的问题。需要进一步深入研究以明确机制并深入探讨其背后的逻辑。
本来想找一篇10分+ 的巨噬细胞文献来看看,但是找到了这么一篇温州医科大学附属第二医院博士生,发表在11.4分的J Adv Res上的文章,反正我看完之后是欲言又止,在思考为啥有人会这么幸运。这篇文章机制的研究上吧,显得稍微有点过于简单了,并没有通过验证得到特别深入的结果(
一篇高分文章应该是通过合理的假设及推理,一步步将课题研究的方向深入辖区,探索到基因层面的机制,假设和假设的迭代是推理过程中至关重要的一部分,不清楚科研推理和假设迭代的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》和《信号通路是什么鬼?》系列
)。我们就来看看他们都做了点什么吧:
他们研究的是ARDS(急性呼吸窘迫综合征,是由脓毒症引起的肺部炎症过程),对于这种疾病,他使用了RvD1(Resolvin D1)这种药物来抑制炎症,由于巨噬细胞在炎症过程中的作用,于是他们提出了第一个假设,假设RvD1对于RAM(常驻肺泡巨噬细胞 )会产生影响,从而抑制炎症(
假设就是通过已有的结果或者已知的信息,提出一个合理的,可以证伪的命题,也就是假设,接着要通过对命题的验证来明确真伪,不清楚假设提出的话可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》
)。他们使用LPS诱导小鼠的ARDS后,使用RvD1进行治疗,结果发现炎症反应被缓解。为了明确巨噬细胞在其中扮演的角色,他们决定耗竭巨噬细胞,然后再看RvD1治疗ARDS的效果,结果发现耗竭巨噬细胞后,RvD1的治疗效果被覆盖了。也就是说,RvD1促进的ARDS的炎症消退,是依赖于巨噬细胞的。而RvD1增加LPS诱导的ARDS中的RAM增殖,促进了巨噬细胞对LPS荧光标记的大肠杆菌的吞噬作用,同时促进了巨噬细胞M2极化:
那到底RvD1是通过什么途径来导致巨噬细胞产生如此的表型的呢?他们就进行了二代测序(
二代测序其实就是通过归纳法中,米勒五法的求同求异法来进行分析的,通过不同组别之间的差异,寻找组别内共同的基因,他们在这里需要找出两组之间,LPS诱导升高,且RvD1降低的基因,才可能是潜在的由RvD1的下游基因,不清楚归纳法或者米勒五法的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼?》系列
),结果找出了7个潜在的RvD1靶基因,其中就有S100A8/A9和MAPK14,其中S100A8/A9表达差异最显著。通过验证他们发现使用RvD1后,的确能有效抑制S100A8/A9的表达:
那么S100A8/A9对于巨噬细胞会有什么影响呢?他们通过对S100A8/A9的敲减后,分析巨噬细胞的细胞周期变化,发现敲减了S100A8/A9后,巨噬细胞的G2M期增多(
这个要是熟悉细胞周期信号通路的话,应该记得G2M期是细胞分裂的时期,也就是G2M期增多,代表了细胞自我更新的增强,不熟悉细胞周期信号通路的话,可以去看看《信号通路是什么鬼?》系列
)。同时巨噬细胞在敲减了S100A8/A9后,吞噬能力增强。体外实验也显示RvD1能抑制LPS诱导的S100A8/A9表达,并影响巨噬细胞的自我更新:
然而,在敲减了S100A8/A9后,RvD1对于巨噬细胞的影响变小了,于是他们认为RvD1是以S100A8/A9依赖性方式促进RAM自我更新和吞噬功能(
这个推理很明显存在逻辑谬误,由于RvD1并不一定仅通过S100A8/A9产生影响,而S100A8/A9产生影响又不能作为RvD1造成表型的唯一途径,所以这里两个概念的外延是不一致的,这就导致了最后得到的这个结论其实不一定成立,不清楚概念的外延和内涵的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》
)。随后他们对S100A8/A9敲除小鼠,使用了RvD1后,发现效果不明显,所以得出了RvD1依赖于S100A8/A9抑制炎症反应这个结论。怎么说呢,得到这个结论的依据并不充分,并不能通过这样简单的验证来说明问题:
最后就形成了这样的示意图(
这个图是夏老师随便画的,实际上我开始是没有明白这个过程的,ALX是RvD1的受体,而在其中并没有涉及MAPK14作为S100A8/A9上游,或者ALX下游的具体验证,不清楚示意图怎么用PPT画的话,可以去看看《夏老师带你读文献》
)。他们认为RvD1通过受体ALX,抑制了巨噬细胞的MAPK14,从而抑制了S100A8/A9表达,从而促进了巨噬细胞的自我更新、吞噬作用和胞葬:
总的来说这篇文章的机制研究还是十分单薄的,机制研究上只能说是浅尝辄止了,逻辑上也有些不够严谨。如果深入研究,应该去分析具体的RvD1造成S100A8/A9表达抑制的原因,然后分析期间具体的调控机制。这样的话,可能才能显得更为充实。好了,今天就先策到这里吧,有兴趣的话可以看看原文,祝你们心明眼亮。
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