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“宏基因组”文章目录

软件和数据库使用

SILVAngs: 扩增子16S/18S免费在线分析
antiSMASH: 微生物次生代谢物基因簇查询和预测
微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达  

测序分析常用图表解读

1箱线图：Alpha多样性，老板再也不操心我的文献阅读
2散点图：Beta多样性，组间整体差异分析
3热图：差异菌、OTU及功能
4曼哈顿图：差异OTU或Taxonomy
5火山图：差异OTU数量及变化规律
6韦恩图：比较组间共有和特有OTU或分类单元
7三元图：美的不要不要的，再多用也不过分
8网络图：节点OTU或类Venn比较

科研经验

1云笔记积累个人知识体系
2云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台
3公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口
宏基因组14天原创-诚邀同行共享研究经验
如何注册一个名字好记的公众号  

文献笔记

Nature Review：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
Nature：功能微生物组—甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature: 植物微生物组开山—拟南芥根微生物组的结构和组成
Microbiome: 简单套路发高分文章—白杨内生和根际微生物组结构  

QIIME2教程

1简介和安装
2人体微生物组分析实战Moving Pictures
3粪便菌群移植分析实战FMT
4沙漠土微生物组分析实战Atacama soil
5数据导入  6数据导出  7实验设计编写
8数据筛选  9训练物种分类器

QIIME

1虚拟机安装  2Docker安装  3管理员安装  

生信宝典精选文章

软件使用

提取指定位置的基因组序列
查找指定基因的调控网络  

经验心得

生物信息之程序学习
如何优雅的提问  

Linux Shell

命令运行监测和软件安装
管道、标准输入输出
常见错误和快捷操作
文件排序和FASTA文件操作
文件列太多，很难识别
服务器数据定期同步和备份方式

Python学习极简教程

1   2  3   4   5   6   Pandas像R一样处理数据  ETE绘制进化树  

R统计绘图

入门环境Rstudio
基础概念和矩阵操作
一文看懂PCA主成分分析
热图绘制 (heatmap)  热图美化  热图简化
线图绘制  线图一步法
箱线图,小提琴图,区域散点图  箱线图一步法
散点图绘制  富集分析泡泡图   火山图  

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