iMeta | 近2年最高引论文30篇(2025.3更新)

01 Sangerbox 2: 临床生信分析平台

Sangerbox 2: Enhanced functionalities and update for a comprehensive clinical bioinformatics data analysis platform

Sangerbox 2.0 (http://vip.sangerbox.com) 在SangerBox (http://vip.sangerbox.com)基础上进行了功能扩展和性能优化，旨在为研究者提供一个集成化、高效且易于使用的数据分析解决方案，满足科研人员的多样化需求，为数据分析来带前所未有的效率。

02 美吉生物云 2024：升级单细胞转录组和多组学云流程

Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows

本研究在已开发的美吉生物云(https://cloud.majorbio.com/) 在线数据平台上发布了3款单组学云流程，2款多组学流程以及流程拓展工具助力多组学数据的挖掘和意义阐释。

03 使用fastp进行超快的FASTQ数据预处理、质量控制和去重

Ultrafast one-pass FASTQ data preprocessing, quality control, and deduplication using fastp

本研究表明fastp已经得到了许多生物信息学用户的认可，并且一直在持续维护和更新，根据Google Scholar的数据，fastp论文目前已经被引15000多次。

04 ImageGP 2.0：用于生物医学研究的强大数据可视化与可重复性分析工具

ImageGP 2 for enhanced data visualization and reproducible analysis in biomedical research

本文在升级版ImageGP 2.0（https://www.bic.ac.cn/BIC/#/）中，引入了最新网络开发技术，重新设计了用户使用界面，大大丰富和增强了原有功能，并显著改善了用户使用体验。

05 iNAP2.0：代谢互补在微生物网络分析中的应用

iNAP 2.0: Harnessing metabolic complementarity in microbial network analysis

本研究中提出了更新的iNAP2.0，其最重要的进步是整合了代谢模型的构建与分析模块，用于根据宏基因组测序数据进行微生物代谢互作的研究。

06 使用PhyloSuite进行分子系统发育及系统发育树的统计分析

Using PhyloSuite for molecular phylogeny and tree-based analyses

本文主要介绍并演示使用 PhyloSuite 进行分子系统发育树重建的所有步骤以及最新开发的11种基于树文件的统计分析功能，包括介绍每一个步骤的背景信息（what）、执行该步骤的原因（why）和具体操作流程（how）。旨在帮助初学者快速入门（多基因联合）系统发育分析，同时提升使用者的分析效率。

07 OmicStudio: 可组合的高品质生物信息学云平台

OmicStudio: A composable bioinformatics cloud platform with real-time feedback that can generate high-quality graphs for publicatio

本研究提供了一个基于云技术的生物信息学平台：OmicStudio。该云平台能够快速获取生信分析的图表结果，生成高质量的图表供发表，并自动与下游分析模块连接。此外，不受开发者审美的限制，用户可以自定义定制更优雅的图形。模块化设计，让用户在不同的应用场景下获得最舒适的体验。

08 MetOrigin 2.0：推动微生物代谢物的发现和溯源

MetOrigin 2.0: advancing the discovery of microbial metabolites and their origins

本文推出最新版本MetOrigin 2.0在线分析软件(http://metorigin.met-bioinformatics.cn)，旨在推进微生物组和代谢组大数据整合分析，加快微生物代谢物的发现和溯源。

09 易扩增子(EasyAmplicon)：微生物组研究中易用的扩增子分析流程

EasyAmplicon: An easy-to-use, open-source, reproducible, and community-based pipeline for amplicon data analysis in microbiome research

本研究提供了一个跨平台、开源和社区支持的分析流程——易扩增子（EasyAmplicon）。易扩增子包括30多个跨平台模块和该领域常用的R包。流程由文章作者和“宏基因组”公众号编辑团队维护和更新，定期发布最新的中英文教程，阅读用户的反馈，并在微信公众号和GitHub中为用户提供帮助。该流程可在 GitHub (https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon) 和 Gitee (https://gitee.com/YongxinLiu/EasyAmplicon)上获得。

10 hLchsp：毛螺菌科菌株资源库

Metabolite profiling of human-originated Lachnospiraceae at the strain level

本文构建了人源毛螺菌株资源库，包含148株来自33个属77个物种，对代表性毛螺菌科菌株进行体外挥发代谢谱表征，共检测到17类、242种在传统肠道代谢组学研究中鲜少关注的挥发性代谢产物。

11 微科盟生科云(Wekemo Bioincloud)：一个专为宏组学数据设计的用户友好型在线分析平台

Wekemo Bioincloud: A user-friendly platform for meta-omics data analyses”

本文开发了微科盟生科云(Wekemo Bioincloud)——一个专业的宏组学(meta-omics)数据分析平台。该平台提供了全面的分析解决方案，方便用户在处理大量组学数据中选择适用的工具。Wekemo Bioincloud可以通过以下链接获取：https://www.bioincloud.tech/。目前“Wekemo”已经被引用300余次(Google Scholar，截止2024年2月)，欢迎大家使用本平台并正确引用。

12 盐度胁迫下失稳的微生物生态网络：丰富与稀有物种在维持生态网络中的差异化表现

Destabilized microbial networks with distinct performances of abundant and rare biospheres in maintaining networks under increasing salinity stress

本研究通过深入挖掘环境胁迫下的微生物生态模式，强调了在环境压力不断增加的人类世下平衡对丰富物种和稀有物种的保护策略以维持生态系统功能和服务的重要性。

13 土壤微生物网络复杂性介导了土壤多功能性在降水改变下的变化

Decreased soil multifunctionality is associated with altered microbial network properties under precipitation reduction in a semiarid grassland

本研究结果提供了关于降水改变控制土壤功能的潜在机制的新见解。这些发现表明，地下微生物之间的相互作用应该被纳入未来气候变化情景下半干旱草地的土壤功能预测中。

14 JCVI：用于比较基因组学分析的多功能分析套件

JCVI: A versatile toolkit for comparative genomics analysis

本研究开发了基于 Python 的多功能JCVI库，该库采用模块化设计，为格式解析、图形生成和基因组组装和注释操作等任务提供了非常实用的程序，使研究人员能够以更简洁的方式进行全面的基因组学分析。

15 IPGA原核微生物泛基因组与基因组分析平台

IPGA: A handy integrated prokaryotes genome and pan-genome analysis web service

本研究提供了一个可以对较大规模微生物基因组进行比较分析的平台IPGA，平台提供了基于基因组注释与泛基因组注释的包括进系统发育分析、基因组共线性分析和核心基因差异分析等后续分析在内的整合流程，并提供了免费、简单的页面操作环境。

16 SeqKit2：序列和比对数据操作的瑞士军刀

SeqKit2: A Swiss army knife for sequence and alignment processing

本文介绍已被广泛使用的序列分析工具SeqKit新的版本SeqKit2，它具有更多的功能、更高的性能并增加对更多压缩格式的支持。

17 新视角：高脂饮食介导的肠菌紊乱与慢性疾病的互作机制研究

New Insights into the Mechanisms of High Fat Diet Mediated Gut Microbiota in Chronic Diseases

本研究系统总结了在高脂饮食（HFD）介导的慢性疾病发病机制中，胆汁酸、脂多糖、短链脂肪酸和氧化三甲胺与特征肠道菌的协同机制，并提供了相关新的见解，指出 HFD 介导慢性疾病中肠道菌群紊乱的潜在生物标志物。

18 MBPD：践行一体化健康的多种病原细菌检测流程

MBPD: A multiple bacterial pathogen detection pipeline for One Health practices

本研究提出了一个多病原细菌检测系统(MBPD)，以识别动物、植物和人畜共患类病原菌。与其他方法(如16SPIP和MIP)相比，MBPD可检测到的病原菌范围更广，还能够从生物和环境样本中识别潜在的复合感染病菌。综上，该流程为一体化健康背景下的农业、畜牧业、医药和环境病原菌风险监测及预防等提供重要参考依据。

19 shinyCircos‐V2.0: 易用性提高和功能增强的Circos图绘制工具

shinyCircos-V2.0: Leveraging the creation of Circos plot with enhanced usability and advanced features

本研究开发的shinyCircos-V2.0是shinyCircos的升级版本，包括了一个新的用户界面，增强了其易用性，并提供许多用于创建高级Circos图形的新功能

20 OmicShare tools: 零代码交互式的在线生物数据分析与可视化工具

OmicShare tools: A zero-code interactive online platform for biological data analysis and visualizatio

本研究介绍的OmicShare tools是一个用户友好且高效的数据分析与可视化在线工具，包含161款生物信息分析小工具，主要用于生物数据特别是高通量测序数据的分析与可视化。

21 “塑料际”微生物：研究方法、多样性、功能性

Plastisphere microbiome: Methodology, diversity, and functionality

本研究探讨了不同环境中研究“塑料际”的试验设计和表征方法、评估了“塑料际”的群落组成、多样性和潜在生态机制、对该领域存在的问题和挑战以及未来的研究重点进行了讨论。本文对全面认识“塑料际”微生物具有重要指导意义。

22 益生菌发酵中草药的研究进展

Research advances in probiotic fermentation of Chinese herbal medicines

本文综述了使用益生菌发酵中草药的优点、发酵技术、益生菌菌株，并展望了中草药发酵的未来发展。先进的微生物组学和合成生物学工具能够利用微生物细胞工厂以低成本生产大量中草药来源的生物活性天然产物，这将有助于推动中草药现代生物制造的发展。

23 肠道菌群重塑癌症免疫治疗疗效:机制和治疗策略

Gut microbiota reshapes cancer immunotherapy efficacy: Mechanisms and therapeutic strategies

本文回顾了微生物菌群组成及微生物菌群衍生的代谢物是否与免疫治疗反应和irAEs有关。此外，本文还讨论了通过调节微生物菌群组成来提高免疫治疗疗效或减轻毒性的各种方法。

24 ViWrap：用于从宏基因组中识别、归类和预测病毒的宿主关系的模块化工具

ViWrap: A modular pipeline to identify, bin, classify, and predict viral-host relationships for viruses from metagenomes

ViWrap的设计旨在便于广泛使用，以研究人类和环境系统中的病毒。ViWrap可通过GitHub（https://github.com/AnantharamanLab/ViWrap）公开获取。有关软件的详细描述、使用方法和结果解释可以在该网站上找到。

25 最全可视化集合工具EVenn使用手册

Visualizing set relationships: EVenn's comprehensive approach to Venn diagrams

本文概述了EVenn的各种应用，包括韦恩图的代表性结果解读、数据中心管理数据，多个案例演示。通过这些功能，使EVenn成为一个用户友好的集合关系探索工具，为深入探索多组学数据提供强大的支持。

26 调控肠道菌群的宿主源代谢分子概述

An overview of host-derived molecules that interacted with gut microbiota

本研究综述了宿主调节肠道菌群的机制，涉及肠源性分子，包括肠源性免疫系统分子、肠源性粘膜分子相关来源、肠源性外泌体 ncRNA 以及来自肠道以外其他器官的分子。这为了解肠道菌群和宿主的相互作用提供了系统的概述，为操纵肠道菌群的潜在方法提供了全面的来源，并为未来利用肠道菌群的个性化治疗奠定了坚实的基础。

27 火山极端环境下不同岩石表层土壤微生物组的模式和驱动因素

Patterns and drivers of microbiome in different rocksurface soil under the volcanic extreme environment

本研究以乌兰哈达火山群全新世玄武岩、全新世花岗岩和晚更新世玄武岩表层土壤为研究对象，采用Illumina MiSeq高通量测序分析细菌和真菌群落的组成和结构。

28 定量微生物组分析揭示鸡肠道微生物发育轨迹及其与宿主代谢的关系

Quantitative microbiome profiling reveals the developmental trajectory of the chicken gut microbiota and its connection to host metabolism

本研究以绝对定量的方式描绘鸡肠道微生物群发育过程，肠道微生物与血清代谢物之间的关联分析进一步凸显了肠道微生物对鸡生长发育的影响。

29 极端环境原核微生物培养策略

Cultivation strategies for prokaryotes from extreme environments

本研究首先介绍了嗜极微生物的通用分离步骤，然后总结了多种从极端环境中获取纯培养原核微生物的策略，提出了一系列在微生物分离工作中容易被忽视但重要的技巧，并指出多组学指导的培养方式将在未来大有可为。

30 丁酸梭菌和碳水化合物活性酶有助于减少猪的脂肪沉积

Clostridium butyricum and carbohydrate active enzymes contribute to the reduced fat deposition in pigs

本文研究揭示了不同脂肪沉积表型金华猪肠道微生物丁酸梭菌 Clostridium butyricum 和碳水化合物活性酶（CAZymes）功能之间的联系，为深入了解肠道微生物功能与宿主脂肪沉积的关联机制奠定了理论基础。