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赛事推荐 | “数字人体”视觉挑战赛——宫颈癌风险智能诊断

AI开发者  · 公众号  · AI  · 2019-10-17 18:40

正文

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‍‍‍赛题背景

大赛旨在通过提供大规模经过专业医师标注的宫颈癌液基薄层细胞检测数据,选手能够提出并综合运用目标检测、深度学习等方法对宫颈癌细胞学异常鳞状上皮细胞进行定位以及对宫颈癌细胞学图片分类,提高模型检测的速度和精度,辅助医生进行诊断。

赛题数据

本次大赛提供数千份宫颈癌细胞学图片和对应异常鳞状上皮细胞位置标注,数据为kfb格式,需要使用大赛指定SDK读取。每张数据在20倍数字扫描仪下获取,大小300~400M。
初赛环节允许选手下载数据,初赛提供的数据如下:宫颈癌细胞学图片800张,其中阳性图片500张,阴性图片300张。阳性图片会提供多个ROI区域,在ROI区域里面标注异常鳞状上皮细胞位置,阴性图片不包含异常鳞状上皮细胞,无标注。初赛讨论的异常鳞状上皮细胞主要包括四类:ASC-US(非典型鳞状细胞不能明确意义),LSIL(上皮内低度病变),ASC-H(非典型鳞状细胞倾向上皮细胞内高度),HSIL(上皮内高度病变)。(特别注明:阳性图片ROI区域之外不保证没有异常鳞状上皮细胞)
在复赛环节,通过线上赛的方式,不允许选手下载数据,在线完成模型训练,同时在线赛也为选手模型的代码复现和成果落地过程中的工程化开发提供支持。复赛预计提供1000份宫颈癌细胞学数据,通过检测多种细胞类别,进一步判断整个细胞学图片的类别。
本次大赛将合理划分训练集和测试集,隐藏测试标注数据作为模型测评依据。初赛的数据分为train和test两部分:train用来给选手训练模型,会提供给选手宫颈癌细胞学图片kfb文件和对应标注json文件,test用来进行评测。标注json文件内容是一个list文件,里面记录了每个ROI区域的位置和异常鳞状上皮细胞的位置坐标(细胞所在矩形框的左上角坐标和矩形宽高)。类别roi表示感兴趣区域,pos表示异常鳞状上皮细胞。json标注文件示例如下:
[{"x": 33842, "y": 31905, "w": 101, "h": 106, "class": "pos"},
{"x": 31755, "y": 31016, "w": 4728, "h": 3696, "class": "roi"},
{"x": 32770, "y": 34121, "w": 84, "h": 71, "class": "pos"},
{"x": 13991, "y": 38929, "w": 131, "h": 115, "class": "pos"},
{"x": 9598, "y": 35063, "w": 5247, "h": 5407, "class": "roi"},
{"x": 25030, "y": 40115, "w": 250, "h": 173, "class": "pos"}]
本次大赛还特别设置附加赛—VNNI赛道,VNNI赛的赛题和复赛一样,但是限定了深度学习训练框架(TensorFlow和MXNet),要求根据intel提供的模型压缩工具进行模型压缩,并在intel提供的VNNI平台上进行推理测评。VNNI赛道在复赛开赛后开放,需要单独报名,只有报名前30只队伍有资格参加比赛,要求必须在10天内提交一次有效结果,否则报名资格取消,其他队伍可以替补继续报名。
本次比赛将从数据安全角度保证医疗数据安全。本次比赛数据集将基于专门的数据安全脱敏软件,所有宫颈癌细胞学影像数据严格按照国际通行的医疗信息脱敏标准,进行脱敏处理,脱敏信息包括:医院信息、患者信息和标注医师信息,所有数据不可溯,切实保障数据安全,保护患者的隐私。

提交说明

参赛者提交多个json文件组成的文件夹打包压缩成ZIP文件,文件夹名自由选定,用英文小写表示(如:tianchi.zip),文件夹内的每个文件对应一个宫颈癌细胞学图片的检测结果,文件名是图像id号(如: 20160050033533_ano.json),json文件的内容是一个list文件,每个元素对应检测到的一个肿瘤细胞位置坐标,依次为包含肿瘤细胞的矩形左上角坐标xy,矩形宽高wh的数值以及置信度p。样例如下:
20160050033533_ano.json
[{"x": 22890, "y": 3877, "w": 396, "h": 255,"p": 0.94135},
{"x": 20411, "y": 2260, "w": 8495, "h": 7683,"p": 0.67213},
{"x": 26583, "y": 7937, "w": 172, "h": 128,"p": 0.73228},
{"x": 2594, "y": 18627, "w": 1296, "h": 1867,"p": 0.23699}]

评估指标

赛题组会初赛采用目标检测任务常用的mAP(mean Average Precision)指标作为本次宫颈癌肿瘤细胞检测的评测指标。我们采用两个IoU阈值(0.5,0.7)分别来计算AP,再综合平均作为最终的评测结果。
具体地,对于每张宫颈癌细胞学图片,参赛选手通过检测模型输出整张图像多个预测框位置和置信度,我们后台评测算法会随机生成一些ROI区域,且只在ROI区域中计算mAP。
AP计算过程:首先固定一个IoU阈值,计算每个预测框和真实标签的IoU大小,根据阈值判断预测框是否正确。然后在对预测框根据置信度排序,设定不同的置信度阈值得到一系列召回率和精确率值,在不同的召回率下对准确率求平均,即为AP。
Recall(召回率)= TP/ (TP+FN)Recall(召回率)=TP/(TP+FN)
Precision(精确率)= TP/ (TP+FP)
Precision(精确率)=TP/(TP+FP)



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